TkA01G289870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G289870

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 72252360-72255653 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1416 bp · TkA01G289870|TK1151|cDNA

CATCTGGCCGTCTCCTTCCTGGCTTCATGAGCTCCTATCAATTTCGAAATTGAACTTTGAGCCACTCCCAACTCACAAGTGACCGCCTTCTCAGCTCTACTCCTCCGCCTCTCGTCGACGACGGCCCTCAGCTCCTCCGGAATCGTAATCGCAGGCTCGCAGGTCGAAATTCAGTCGCCGTTTCTCTGCTCCAGTGCTCCCGTCTAACCGTCGATTGACTCGATTCCGTCGCAGTCCTCTGCTCGTCTCTCCGTTTCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

366 bp · TkA01G289870|TK1151|CDS

ATGTGTATCTTTGATACAACAGATGGTGATTCTCGTTTGTTAAAATTCAGAAGTGGTCATAGTGCACCTCCTCGTTGTATAAGGTTTTATGCTAATGGGAGACATGTTCTATCTGCTGGTCAAGATCGTGCATTCCGCCTCTTCTCTGTTATTCAAGATCAAAAAAGTAGAGAGCTTTCTCAACGCCATATAACAAAAAGAGCAAAAAAACTCAAATTGAAGGCTTCTTATTTGGAAAAACGCGAAGAATTAGAAGCAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

121 aa · TkA01G289870|TK1151|PROTEIN

MCIFDTTDGDSRLLKFRSGHSAPPRCIRFYANGRHVLSAGQDRAFRLFSVIQDQKSRELSQRHITKRAKKLKLKASYLEKREELEATGEYVDDDSIFYEVVGGHDRKRRLYSFGSNGKVIP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G289870`
TK1151 ID	TkA01G289870
OH-1004 ID	LXL04_024862
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	85.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.174 / OH-1004 42.140 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G289870`
位置	Chr01:72252360-72255653 (-)
描述	Similar to SPCC1672.07: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 homolog (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_024862` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分 GO:0032153 cell division site 细胞组分 GO:0034388 Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome 细胞组分 GO:0072686 mitotic spindle 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:134430 spo:2539299 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.934

排名 1 · TkA01G289870 · TK1151

细胞质0.148

排名 2 · TkA01G289870 · TK1151

线粒体0.017

排名 3 · TkA01G289870 · TK1151

细胞膜0.015

排名 4 · TkA01G289870 · TK1151

细胞外0.010

排名 5 · TkA01G289870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25175Beta-prop_WDR53-58 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st3-60 aa

PF24796WDR557-64 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st11-59 aa

PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd13-64 aa

PF00400WD4014-48 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st17-61 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd18-53 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G289870	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	3	58	0.0048	16.9
TkA01G289870	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	3	60	0.052	14.0
TkA01G289870	`PF24796`	WDR55	7	64	0.0089	15.8
TkA01G289870	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	11	59	0.0019	18.3
TkA01G289870	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	13	64	0.21	11.2
TkA01G289870	`PF00400`	WD40	14	48	0.00083	20.5
TkA01G289870	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	17	61	0.0064	16.4
TkA01G289870	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	18	53	0.18	11.7
TkA01G289870	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	18	50	0.24	11.3
TkA01G289870	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	20	69	0.068	12.9
TkA01G289870	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	26	72	1.6e-09	38.2
TkA01G289870	`PF30361`	TRM82_WD	29	74	0.013	15.1
TkA01G289870	`PF03004`	Transposase_24	59	116	0.034	15.0
TkA01G289870	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	98	117	0.0019	18.3
TkA01G289870	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	100	111	0.24	11.3
TkA01G289870	`PF00400`	WD40	102	106	0.00083	20.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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