TkA01G268630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G268630

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 67381258-67388668 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1417 bp · TkA01G268630|TK1151|cDNA

ATCGCAACGGGAATTTGGAGTTGAATCAACATACAGTCTCGCCCGAGTCAACTCGTTACGTTTAACCCACCTATAACTTACAGCCCCTGTATCTTCCCCCTTCTGCCATTGTATCAAACCCTAGACAACATTATCGCAATTTTCTTTTATCATAATCACTTTCGTCTTCTAAGAAACCCCTGATTCCTCACCCCGATTTCTTTGATTTTCTTTAGAAAGCTATGGATTCTCAACCTAACAACTTATACGAAACGGCGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3744 bp · TkA01G268630|TK1151|CDS

ATGGATTCTCAACCTAACAACTTATACGAAACGGCGTCTCAGCCCGATACCGGCAACGATGACGCGTACACGTTCCTGGAATTCAACACGCAAGGCGAGGAAGACTTCAATTACCCGGACTTTCAAGAGCTCTCACAGCCCAATGCTGTTCGATCTTCACCGTCTTCATCAGTATGGCCCACACCATCCGACTCTATATCCGTCGACACCTCCGCCGCCGTCGACCACCGCTCTGACAGCAACGCCTCCCCTGGCTCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1247 aa · TkA01G268630|TK1151|PROTEIN

MDSQPNNLYETASQPDTGNDDAYTFLEFNTQGEEDFNYPDFQELSQPNAVRSSPSSSVWPTPSDSISVDTSAAVDHRSDSNASPGSATSGKGGGGRGNNNVNQTSAVDALAAGMSGLNFEETGDDESYEYGKGDFMEHACKYCGVQNPACVVRCNVPSCRKWFCNSRGNTSGSHIVNHLVRAKHKEVCLHKDSPLGETILECYNCGCRNVFLLGFISAKTESVVVLLCREPCLNVNALKDMNWDLSQWCPLIDDRCFLQW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G268630`
TK1151 ID	TkA01G268630
OH-1004 ID	LXL04_035456
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	34.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 33.039 / OH-1004 38.298 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G268630

位置 Chr01:67381258-67388668 (+)

描述 Similar to IGHMBP2: DNA-binding protein SMUBP-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47010`	通过与核外显子连接复合物关联并充当 EJC 核心和 NMD 机制之间的连接，参与包含过早终止密码子的 mRNA 的无义介导的衰变。	Genome-wide suppression of aberrant mRNA-like noncoding RNAs by NMD in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0808902106 Nonsense-mediated mRNA decay factors, UPF1 and UPF3, contribute to plant defense.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr144 Alternative splicing and nonsense-mediated decay modulate expression of important regulatory genes in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/nar/gkr932 Arabidopsis plants having defects in nonsense-mediated mRNA decay factors UPF1, UPF2, and UPF3 show photoperiod-dependent phenotypes in development and stress responses.2012 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2012.01093.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035456 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:1903459 mitotic DNA replication lagging strand elongation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016604 nuclear body 细胞组分

GO:0033203 DNA helicase A complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

hsa:3508

maua:101836074

rno:29532

spo:2539412

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.552

排名 1 · TkA01G268630 · TK1151

细胞核0.522

排名 2 · TkA01G268630 · TK1151

线粒体0.065

排名 3 · TkA01G268630 · TK1151

细胞膜0.057

排名 4 · TkA01G268630 · TK1151

内质网0.057

排名 5 · TkA01G268630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09416UPF1_Zn_bind138-291 aa

PF18141UPF1_1B_dom343-432 aa

PF13604AAA_30391-455 aa

PF13086AAA_11488-608 aa

PF13604AAA_30488-689 aa

PF04851ResIII488-558 aa

PF00580UvrD-helicase489-580 aa

PF02562PhoH490-545 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G268630	`PF09416`	UPF1_Zn_bind	138	291	7.4e-73	244.2
TkA01G268630	`PF18141`	UPF1_1B_dom	343	432	4.3e-27	94.7
TkA01G268630	`PF13604`	AAA_30	391	455	5.2e-15	56.4
TkA01G268630	`PF13086`	AAA_11	488	608	3.2e-52	178.6
TkA01G268630	`PF13604`	AAA_30	488	689	5.2e-15	56.4
TkA01G268630	`PF04851`	ResIII	488	558	3e-06	28.0
TkA01G268630	`PF00580`	UvrD-helicase	489	580	0.00047	20.6
TkA01G268630	`PF02562`	PhoH	490	545	0.0067	16.6
TkA01G268630	`PF00270`	DEAD	493	558	0.00034	21.1
TkA01G268630	`PF13245`	AAA_19	495	689	1.6e-11	45.2
TkA01G268630	`PF20720`	nSTAND3	500	538	0.0015	19.0
TkA01G268630	`PF06745`	ATPase	502	569	0.0033	17.5
TkA01G268630	`PF24883`	NPHP3_N	503	542	0.0012	19.8
TkA01G268630	`PF13401`	AAA_22	503	552	0.035	15.1
TkA01G268630	`PF13191`	AAA_16	504	594	0.018	16.3
TkA01G268630	`PF13481`	AAA_25	504	533	0.16	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJR0`	拟南芥	sp\|Q9FJR0\|RENT1_ARATH Regulator of nonsense transcripts 1 homolog	77.300%	Swiss-Prot	高置信

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