TkA01G222520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G222520

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 56611868-56613301 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

855 bp · TkA01G222520|TK1151|cDNA

ATGGTGGCGGGAGAAGAAATTATAGACAATAAACTCCCACAATACAAAAGAAACAATTTATCGGCATGCCTGAACATTCCTAGCCGTAAGAGAGGCATGGGATATGAAGAACTGGTGAAATTCATTCTAGGACACCCTCTGTCTACTGCGTTCACTGAAGACACCCCTAAGTTAGACTATAAGATGTTCAATGGGAATATACAAGATAACGAAGTAGAAATGTCATCCACAATGAGGTTCTGGATCAGTAATCCCTTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

855 bp · TkA01G222520|TK1151|CDS

ATGGTGGCGGGAGAAGAAATTATAGACAATAAACTCCCACAATACAAAAGAAACAATTTATCGGCATGCCTGAACATTCCTAGCCGTAAGAGAGGCATGGGATATGAAGAACTGGTGAAATTCATTCTAGGACACCCTCTGTCTACTGCGTTCACTGAAGACACCCCTAAGTTAGACTATAAGATGTTCAATGGGAATATACAAGATAACGAAGTAGAAATGTCATCCACAATGAGGTTCTGGATCAGTAATCCCTTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

284 aa · TkA01G222520|TK1151|PROTEIN

MVAGEEIIDNKLPQYKRNNLSACLNIPSRKRGMGYEELVKFILGHPLSTAFTEDTPKLDYKMFNGNIQDNEVEMSSTMRFWISNPFQPASSSSEATDPASGSSKSMNEHNPTLPPPPSTSVAAPYYTSLHSLDILAQAANVTSRNQVTADISELTREVRDLASSFQSYKKVQDNRYDDMQNEMLRMRSVQESLQKAVQDLKDHNPRTSELDKSIKIIKDNSVSIDMTKNDDNDKKGESTKRRRESDEEGETSYKRYKRRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G222520`
TK1151 ID	TkA01G222520
OH-1004 ID	LXL04_003241
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	49.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 62.360 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G222520`
位置	Chr01:56611868-56613301 (-)
描述	Similar to JMJ25: Lysine-specific demethylase JMJ25
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_003241` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0009908 flower development 生物过程 GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程 GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程 GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程 GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程 GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G09060 ath:AT1G11950 ath:AT1G62310 ath:AT3G07610 ath:AT4G00990 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.917

排名 1 · TkA01G222520 · TK1151

细胞质0.214

排名 2 · TkA01G222520 · TK1151

线粒体0.027

排名 3 · TkA01G222520 · TK1151

细胞膜0.020

排名 4 · TkA01G222520 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA01G222520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07400IL11105-122 aa

PF07400IL11128-200 aa

PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N129-178 aa

PF20503DUF6730132-185 aa

PF11123DNA_Packaging_2144-173 aa

PF07851TMEM120A-B145-220 aa

PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N189-242 aa

PF11123DNA_Packaging_2197-247 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G222520	`PF07400`	IL11	105	122	0.32	11.3
TkA01G222520	`PF07400`	IL11	128	200	0.32	11.3
TkA01G222520	`PF27021`	BOS1_GOSR2_MEM11-like_N	129	178	0.025	15.6
TkA01G222520	`PF20503`	DUF6730	132	185	5.5	8.6
TkA01G222520	`PF11123`	DNA_Packaging_2	144	173	0.04	14.7
TkA01G222520	`PF07851`	TMEM120A-B	145	220	6.7	6.6
TkA01G222520	`PF27021`	BOS1_GOSR2_MEM11-like_N	189	242	0.025	15.6
TkA01G222520	`PF11123`	DNA_Packaging_2	197	247	0.04	14.7
TkA01G222520	`PF20503`	DUF6730	199	252	5.5	8.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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