TkA01G214450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G214450

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 54621927-54631632 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7602 bp · TkA01G214450|TK1151|cDNA

TGACTGGTCTGACAGTCATCCGTGACAGCCCGTGACAGGCGGCTACCTTTTAGATTCTATTCCAAACAGCGAAAGTATCGCCATTCTCTCTCAAAAATAAAACATGTGCCGACATCCTCGCCGTCAAAGGAACGGCGCCGGCAGTAGTCGCAATGTAGAGTCCACGTCGCAAACGATTGCGATGATCGACGGCGCTGTAGTGAAATCTCACTCTGATCTTCTTGCCGCCGGCGAAAGCATATCTGCATGGGGAGTCTTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

6153 bp · TkA01G214450|TK1151|CDS

ATGAAGTTTGGTTTTTGGGATTGTATGAGCTCAGCCCCTCAAGCAAACAATAAAGAGGCAGCATTTTATGAACACTCAAGAATGGATGATGATCCATTTGATGTGAATACATGGATGTTCATCAAGATTTGGAAGGACACATGTCAAAAAGAGAACGTATTTGAGGCATTTGGCAAGATGCTTGACTTTTATTATGGTGGAAAGAAGAAAACTAAAGCTTTGAAGAGTATGACATTATCATATCCATATGTTGGTTTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2050 aa · TkA01G214450|TK1151|PROTEIN

MKFGFWDCMSSAPQANNKEAAFYEHSRMDDDPFDVNTWMFIKIWKDTCQKENVFEAFGKMLDFYYGGKKKTKALKSMTLSYPYVGLVNVAIASIKFGMWDHKISTLQENTKEVLAYTNSIMCALDVNTEEKDVLEGCVCIALEDVVKYIKADFVFPDHVLDDVNSFPKKQFILLREIWKLERSLNQKFSIKDFEILGFGDIFTFLADHMWLLPTTWQNCFVITDKNENPSVKAFMNQHYLLQFLSEAANSLQENETLTKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G214450`
TK1151 ID	TkA01G214450
OH-1004 ID	LXL04_004011
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.886 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G214450

位置 Chr01:54621927-54631632 (+)

描述 Similar to NOV: Protein NO VEIN

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13750`	胚胎发生过程中决定细胞命运所必需的核心蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g08300`	无脉蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004011 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08300

ath:AT4G13750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.728

排名 1 · TkA01G214450 · TK1151

细胞质0.272

排名 2 · TkA01G214450 · TK1151

细胞膜0.061

排名 3 · TkA01G214450 · TK1151

内质网0.042

排名 4 · TkA01G214450 · TK1151

高尔基体0.029

排名 5 · TkA01G214450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25794SACS620-714 aa

PF13589HATPase_c_3627-699 aa

PF25794SACS776-804 aa

PF13020NOV_C1930-2016 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G214450	`PF25794`	SACS	620	714	2.5e-11	44.6
TkA01G214450	`PF13589`	HATPase_c_3	627	699	0.013	16.3
TkA01G214450	`PF25794`	SACS	776	804	2.5e-11	44.6
TkA01G214450	`PF13020`	NOV_C	1930	2016	1.8e-20	73.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JTS8`	拟南芥	sp\|F4JTS8\|NOV_ARATH Protein NO VEIN	42.500%	Swiss-Prot	中等置信
`A0A1P8ARG1`	拟南芥	sp\|A0A1P8ARG1\|NVL_ARATH Protein NO VEIN-LIKE	47.500%	Swiss-Prot	低置信

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