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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G212110
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 54020667-54023204 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2383 bp · TkA01G212110|TK1151|cDNA

CGTTAACAAGACATAAGATGACAGCCAAAGATTGAACGCTACGGAACAGAATGAAAGCCCTCCGTCTTCTGTTTACAAACACCAAAAACCGCTCTCCCGCCAAGAAACCTTCCATTGCTCCGCTCTTCACCGACGAAACCCAATTCATCTCGCTAATCCACGCCTCCAAGACCATCAAACACCTCCAACAAATCCACGCCCAAATCATTCTCCACCAACAGTTCTCAAACACCCGAATCGTCACCCAGTTAATTTCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2013 bp · TkA01G212110|TK1151|CDS

ATGAAAGCCCTCCGTCTTCTGTTTACAAACACCAAAAACCGCTCTCCCGCCAAGAAACCTTCCATTGCTCCGCTCTTCACCGACGAAACCCAATTCATCTCGCTAATCCACGCCTCCAAGACCATCAAACACCTCCAACAAATCCACGCCCAAATCATTCTCCACCAACAGTTCTCAAACACCCGAATCGTCACCCAGTTAATTTCTTCCGCTTCTTTTAAAAATAACTTCATCAACTACGCCCTTTCGATCTTCCGCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

670 aa · TkA01G212110|TK1151|PROTEIN

MKALRLLFTNTKNRSPAKKPSIAPLFTDETQFISLIHASKTIKHLQQIHAQIILHQQFSNTRIVTQLISSASFKNNFINYALSIFRHSKNPNLYLFNSLIRALADNSYYMSSISYFLLMLRSGIHPDRLTFSFFLKSTSALQEGWLGMQIHSQISKLGLLYDRFVLFSLVDMYAKVGLLENASQLFDESSQSEYQSQSTLLWNALIDGFCKSGNCSKAFELFENMPEKYDSTWSILINGLMKAGEINTAMELWHSMEEKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G212110
TK1151 IDTkA01G212110
OH-1004 IDLXL04_004021
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G212110
位置Chr01:54020667-54023204 (+)
描述Similar to PCMP-H64: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g04840 含五肽重复序列蛋白 At1g04840。 暂无已核实直接文献
At5g48910 含五次肽重复序列的蛋白At5g48910。 暂无已核实直接文献
At3g08820 推测含五重复肽蛋白 At3g08820。 暂无已核实直接文献
At4g37380 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。 暂无已核实直接文献
At5g06540 含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004021 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04840
ath:AT1G74630
ath:AT3G08820
ath:AT4G37380
ath:AT5G06540
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.647
排名 1 · TkA01G212110 · TK1151
质体0.182
排名 2 · TkA01G212110 · TK1151
细胞核0.063
排名 3 · TkA01G212110 · TK1151
细胞质0.040
排名 4 · TkA01G212110 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA01G212110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N28-109 aa
PF13812PPR_331-48 aa
PF04733Coatomer_E38-56 aa
PF19189Mtf253-96 aa
PF12921ATP1360-84 aa
PF12854PPR_190-103 aa
PF13041PPR_291-136 aa
PF13812PPR_391-136 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G212110PF29070MSC6_N281094.8e-1762.8
TkA01G212110PF13812PPR_331484.1e-2278.8
TkA01G212110PF04733Coatomer_E38560.1312.4
TkA01G212110PF19189Mtf253960.99.9
TkA01G212110PF12921ATP1360840.0002121.9
TkA01G212110PF12854PPR_1901037.6e-37125.5
TkA01G212110PF13041PPR_2911362.1e-53178.9
TkA01G212110PF13812PPR_3911364.1e-2278.8
TkA01G212110PF23276TPR_24931323.4e-1556.8
TkA01G212110PF01535PPR951241.7e-56185.3
TkA01G212110PF27933CCDC61_N1101350.05214.1
TkA01G212110PF12854PPR_11231337.6e-37125.5
TkA01G212110PF23276TPR_241461863.4e-1556.8
TkA01G212110PF13812PPR_31581884.1e-2278.8
TkA01G212110PF29407CFAP70_TPR_C1612040.06913.4
TkA01G212110PF12854PPR_11641887.6e-37125.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9MAT2拟南芥sp|Q9MAT2|PPR10_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0484050.300%Swiss-Prot高置信
Q9FI80拟南芥sp|Q9FI80|PP425_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4891037.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SR82拟南芥sp|Q9SR82|PP219_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0882032.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SZT8拟南芥sp|Q9SZT8|PP354_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein ELI1, chloroplastic40.600%Swiss-Prot中等置信
Q9FG16拟南芥sp|Q9FG16|PP367_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0654036.400%Swiss-Prot中等置信

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