TkA01G199030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G199030

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 50738975-50739448 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

474 bp · TkA01G199030|TK1151|cDNA

ATGATATTACTCCTCGCGGATCTTGTTATGGTAGTTCTCGAACTCTCAAAAACTCTGGTTTCATGCCCAAAGAGCAGGAGAATAAACAAGAAAGTAGATATGTGGTACCATTGGGTAGGAATTGGAATCTTGGTGATTCTTGCTATGAAGAGTGTGGCATTGGTAGTGGGGTGTGGGAGGTCATTTTTTAAACGCCCGGGTCTAGTAGCCGATGGTGTGGTGTTGATTGGGGCGTTGGTGTGTGAGGTTTTGGTTGAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

474 bp · TkA01G199030|TK1151|CDS

ATGATATTACTCCTCGCGGATCTTGTTATGGTAGTTCTCGAACTCTCAAAAACTCTGGTTTCATGCCCAAAGAGCAGGAGAATAAACAAGAAAGTAGATATGTGGTACCATTGGGTAGGAATTGGAATCTTGGTGATTCTTGCTATGAAGAGTGTGGCATTGGTAGTGGGGTGTGGGAGGTCATTTTTTAAACGCCCGGGTCTAGTAGCCGATGGTGTGGTGTTGATTGGGGCGTTGGTGTGTGAGGTTTTGGTTGAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

157 aa · TkA01G199030|TK1151|PROTEIN

MILLLADLVMVVLELSKTLVSCPKSRRINKKVDMWYHWVGIGILVILAMKSVALVVGCGRSFFKRPGLVADGVVLIGALVCEVLVERVGVGLIVVVSLWRVLRVVESVFELSDAAIEVQITSILCQFELLKQENENLRGIVAEKEKIIDELQEELDK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G199030`
TK1151 ID	TkA01G199030
OH-1004 ID	LXL04_004129
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 67.094 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G199030`
位置	Chr01:50738975-50739448 (-)
描述	Similar to HVCN1: Voltage-gated hydrogen channel 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004129` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009268 response to pH 生物过程 GO:0010043 response to zinc ion 生物过程 GO:0051453 regulation of intracellular pH 生物过程 GO:0071294 cellular response to zinc ion 生物过程 GO:0071467 cellular response to pH 生物过程 GO:1902600 proton transmembrane transport 生物过程 GO:1903426 regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0030670 phagocytic vesicle membrane 细胞组分 GO:0034702 monoatomic ion channel complex 细胞组分 GO:0030171 voltage-gated proton channel activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	gga:416871 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.318

排名 1 · TkA01G199030 · TK1151

内质网0.258

排名 2 · TkA01G199030 · TK1151

高尔基体0.232

排名 3 · TkA01G199030 · TK1151

溶酶体／液泡0.213

排名 4 · TkA01G199030 · TK1151

细胞质0.192

排名 5 · TkA01G199030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00520Ion_trans2-106 aa

PF22954DUF70272-81 aa

PF04039MnhB23-99 aa

PF27193VcrB34-85 aa

PF28907ZapB_rel116-156 aa

PF29964NEJ1_C120-155 aa

PF27636CCPG1_N121-157 aa

PF30966At4g38062_C128-154 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G199030	`PF00520`	Ion_trans	2	106	0.0019	18.2
TkA01G199030	`PF22954`	DUF7027	2	81	0.69	10.6
TkA01G199030	`PF04039`	MnhB	23	99	0.0013	19.7
TkA01G199030	`PF27193`	VcrB	34	85	0.027	15.5
TkA01G199030	`PF28907`	ZapB_rel	116	156	0.00012	23.3
TkA01G199030	`PF29964`	NEJ1_C	120	155	0.083	13.3
TkA01G199030	`PF27636`	CCPG1_N	121	157	0.03	15.6
TkA01G199030	`PF30966`	At4g38062_C	128	154	0.0062	16.3
TkA01G199030	`PF16808`	PKcGMP_CC	141	157	0.019	15.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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