TkA01G185080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G185080

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 47482295-47489011 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3786 bp · TkA01G185080|TK1151|cDNA

TTGAAAAAGAAAGTTTGAATTTTCAGAAAAAAAAAAAACATAATGAAAAGAAAGGTAAAAGGGAAATAGATATATCCCAGAAATTCTCCGCGCAAAGGTGCGCTGTCTGCTCTCATCTCTCTACGCCTTCCCTAAATTGTTGTTGACAGAGAAACAGAAAGGAAAGACCAAACCCTTTCTCTGTTAGAATCATTTTCATTCAAATTTTCAACATAAAACAGAAATAAATCTTGAGTTTTGTGTATTTTACATTACAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2889 bp · TkA01G185080|TK1151|CDS

ATGAAGAAGGCATTTGATCAAACCTTCAGAGATATTAAAAGAGGAGTAAATAAGAAAGTTCTTAAAGTTCCTTCAATAGAACAGAAGGTTCTTGATGCTACCAGCAATGAGCCATGGGGTCCTCATGGAACCCATCTTTCTGATATTGCACAAGCTTCAAAAAACTACCATGAATACCAAATGATTATGACAATAGTTTGGAAGCGCCTCAATGATACTGGGAAGAACTGGCGCCACGTCTACAAGGGTTTAACGATTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

962 aa · TkA01G185080|TK1151|PROTEIN

MKKAFDQTFRDIKRGVNKKVLKVPSIEQKVLDATSNEPWGPHGTHLSDIAQASKNYHEYQMIMTIVWKRLNDTGKNWRHVYKGLTILEYLVANGSERVIEDIREHAYQITSLSAFQYIDSTGRDQGSNVRKKSQLLVALVNDKDKIQEARDKAASSRDKLREGRNGGREEDRNGYGREREWGGEDEYRGRSTSNDGSDNGPRSRSSDRYWEDDGHHSSRGSNARVEDASPDASRLEPKSSGAPPGYEDAMNATVPADTNI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G185080`
TK1151 ID	TkA01G185080
OH-1004 ID	LXL04_004203
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G185080

位置 Chr01:47482295-47489011 (+)

描述 Similar to EPSIN3: Clathrin interactor EPSIN 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59290`	结合富含磷脂酰肌醇4,5-二磷酸（PtdIns(4,5)P2）的膜。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q67YI9`	可能在通过网格蛋白包被囊泡从反式高尔基体网络到内体的运输中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g11710`	可能在通过网格蛋白包被囊泡从反式高尔基体网络到内体的运输中发挥作用。	Arabidopsis EPSIN1 plays an important role in vacuolar trafficking of soluble cargo proteins in plant cells via interactions with clathrin, AP-1, VTI11, and VSR1.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039123

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004203 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0048268 clathrin coat assembly 生物过程

GO:0072659 protein localization to plasma membrane 生物过程

GO:0090148 membrane fission 生物过程

GO:1905445 positive regulation of clathrin coat assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G59290

ath:AT5G11710

hsa:29924

mmu:13854

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.637

排名 1 · TkA01G185080 · TK1151

高尔基体0.291

排名 2 · TkA01G185080 · TK1151

细胞核0.147

排名 3 · TkA01G185080 · TK1151

细胞膜0.112

排名 4 · TkA01G185080 · TK1151

内质网0.103

排名 5 · TkA01G185080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01417ENTH25-145 aa

PF07651ANTH27-137 aa

PF19805DUF628863-110 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G185080	`PF01417`	ENTH	25	145	3.8e-47	160.1
TkA01G185080	`PF07651`	ANTH	27	137	0.0015	18.3
TkA01G185080	`PF19805`	DUF6288	63	110	0.22	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YP4`	拟南芥	sp\|Q93YP4\|EPN3_ARATH Clathrin interactor EPSIN 3	37.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q67YI9`	拟南芥	sp\|Q67YI9\|EPN2_ARATH Clathrin interactor EPSIN 2	35.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VY07`	拟南芥	sp\|Q8VY07\|EPN1_ARATH Clathrin interactor EPSIN 1	60.800%	Swiss-Prot	低置信

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