TkA01G180090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G180090

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 46165881-46174614 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6357 bp · TkA01G180090|TK1151|cDNA

CGAAGACCGGAAAAAGAAGGGCGAATAAAAAGGAAAGGAAAAAGAGTCGGATTCTTCACAGGAGAATCAAGCACAGCACTTACCGTCCCCAACACAAAAAACCCTTCGATTTTTTTGCTAAAAAAGGGAAATTTTCAACCCCAGGGTTCGATTCCTGTTTGCTGTTTCATCAAATTTCTCGACCATTTCCCAGAATTCTCCCATTACAGATCTCATCCACCCACCTGAAATTAAAACCCTCAGTAGCTGAAACTTGCGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

5478 bp · TkA01G180090|TK1151|CDS

ATGTGGACAAATGTCTTCAAAATCGGTGGTCTACACCAAGTGTCATGGTTCCAGTTTCTCCCAAACGAATCTGATCCCAACATCTCTGATAGAAGTGGAAAACTAAATCAAAGAGATTTTGCTGCACAAATAGTGCTTTCATCCCATTTGCAATTACAAAAAGATGGGTTCCTTAGCACATGGGGTAATTCATTTGTTGGCCCATGGGATCCATCTCAGGGCCTACATAACCCTGATGAGAAAATCAAGCTGTGGCTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1825 aa · TkA01G180090|TK1151|PROTEIN

MWTNVFKIGGLHQVSWFQFLPNESDPNISDRSGKLNQRDFAAQIVLSSHLQLQKDGFLSTWGNSFVGPWDPSQGLHNPDEKIKLWLFIPGRHSSPNDKAKSVVSKLRVLASGVWLAPGDSEEVAAALSQALRNCIERALVNLSYMRFGDVFSRYHPSSQGESFRRGRPVLEFIFTATEEAVFVHVIISAKHVRSLSNGDMEAILKRTSSHSKDRLPVIVSPHGMRGRLTGFCPGDLVKQLYFSSGKFKASNGIVGLPNQM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G180090`
TK1151 ID	TkA01G180090
OH-1004 ID	LXL04_004241
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G180090

位置 Chr01:46165881-46174614 (-)

描述 Similar to MED13: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55325`	介体复合物的组成部分，是参与几乎所有 RNA 聚合酶 II 依赖性基因的转录调节的共激活剂。	The MED12-MED13 module of Mediator regulates the timing of embryo patterning in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/dev.043174 MACCHI-BOU 2 is required for early embryo patterning and cotyledon organogenesis in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr013

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004241 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0040034 regulation of development, heterochronic 生物过程

GO:0042632 cholesterol homeostasis 生物过程

GO:0045165 cell fate commitment 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048870 cell motility 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55325

ddi:DDB_G0282375

dme:Dmel_CG9936

dre:564707

mmu:327987

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.727

排名 1 · TkA01G180090 · TK1151

细胞质0.251

排名 2 · TkA01G180090 · TK1151

线粒体0.061

排名 3 · TkA01G180090 · TK1151

细胞膜0.039

排名 4 · TkA01G180090 · TK1151

高尔基体0.030

排名 5 · TkA01G180090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11597Med13_N2-322 aa

PF06333Med13_C547-547 aa

PF06333Med13_C630-656 aa

PF06333Med13_C1038-1085 aa

PF18296MID_MedPIWI1055-1292 aa

PF06333Med13_C1406-1802 aa

PF11597Med13_N1731-1786 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G180090	`PF11597`	Med13_N	2	322	9e-27	95.1
TkA01G180090	`PF06333`	Med13_C	547	547	1.4e-16	61.5
TkA01G180090	`PF06333`	Med13_C	630	656	1.4e-16	61.5
TkA01G180090	`PF06333`	Med13_C	1038	1085	1.4e-16	61.5
TkA01G180090	`PF18296`	MID_MedPIWI	1055	1292	2.7e-37	129.2
TkA01G180090	`PF06333`	Med13_C	1406	1802	1.4e-16	61.5
TkA01G180090	`PF11597`	Med13_N	1731	1786	9e-27	95.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I096`	拟南芥	sp\|F4I096\|MED13_ARATH Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13	51.800%	Swiss-Prot	高置信

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