TkA01G179830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G179830

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 46092616-46094329 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

678 bp · TkA01G179830|TK1151|cDNA

ATGTTCGCTGCTTCTCTGCTTCTTCAGTCGTTCGTCCTCCTGGGTTCGCTGCGCCACAGATTCCGGGTTTTGGAAGGTAAGGTTACCACTCTTGATTACGATCATATAGGTCAGCTTATGTTTTGGGAATTGCACATTGAATGTCTAGACCCTTTTCATGTTCCTGAATGTGAGGCATTTGACATCTTTGTTAACGAGAGTCTGTTTGCTGGCAAAGTTAAGATGGTTCTTCAACAGGGACTGCATATGCAACGTCTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

678 bp · TkA01G179830|TK1151|CDS

ATGTTCGCTGCTTCTCTGCTTCTTCAGTCGTTCGTCCTCCTGGGTTCGCTGCGCCACAGATTCCGGGTTTTGGAAGGTAAGGTTACCACTCTTGATTACGATCATATAGGTCAGCTTATGTTTTGGGAATTGCACATTGAATGTCTAGACCCTTTTCATGTTCCTGAATGTGAGGCATTTGACATCTTTGTTAACGAGAGTCTGTTTGCTGGCAAAGTTAAGATGGTTCTTCAACAGGGACTGCATATGCAACGTCTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

225 aa · TkA01G179830|TK1151|PROTEIN

MFAASLLLQSFVLLGSLRHRFRVLEGKVTTLDYDHIGQLMFWELHIECLDPFHVPECEAFDIFVNESLFAGKVKMVLQQGLHMQRLKVKESEAFRAVASNTGGATAKDLFEDVAEELETKYHYDKTRVKDAMKTKKVSVAPTWTFSDFKDAMQDDVITPPLSDTNFQLVFEDLLKRAKEKEKKEQKRRRRFAKDFTELLDNIKEINESSTWEDCKQLFEESNVYR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G179830`
TK1151 ID	TkA01G179830
OH-1004 ID	LXL04_011787
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	80.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.222 / OH-1004 97.727 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G179830

位置 Chr01:46092616-46094329 (+)

描述 Similar to PRP40A: Pre-mRNA-processing protein 40A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g44910`	结合RNA聚合酶II最大亚基的磷酸化C端结构域（CTD），并作为RNA加工机制的支架（可能）。	暂无已核实直接文献
`At3g19670`	结合最大亚基 RNA 聚合酶 II 的磷酸化 C 端结构域 (CTD)，并作为 RNA 加工机器的支架功能。	Arabidopsis thaliana PRP40s are RNA polymerase II C-terminal domain-associating proteins.2009 · DOI: 10.1016/j.abb.2009.01.004

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011787 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005685 U1 snRNP 细胞组分

GO:0016592 mediator complex 细胞组分

GO:0071004 U2-type prespliceosome 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0070063 RNA polymerase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G44910

ath:AT3G19670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.465

排名 1 · TkA01G179830 · TK1151

细胞质0.441

排名 2 · TkA01G179830 · TK1151

线粒体0.107

排名 3 · TkA01G179830 · TK1151

内质网0.048

排名 4 · TkA01G179830 · TK1151

细胞膜0.046

排名 5 · TkA01G179830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13025DUF388685-91 aa

PF01846FF89-112 aa

PF19269Anticodon_291-133 aa

PF24017Beta-prop_SCAP95-211 aa

PF13025DUF3886114-118 aa

PF25432FF_PRPF40A120-179 aa

PF01846FF136-155 aa

PF13025DUF3886149-200 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G179830	`PF13025`	DUF3886	85	91	0.0033	18.3
TkA01G179830	`PF01846`	FF	89	112	1.4e-06	29.0
TkA01G179830	`PF19269`	Anticodon_2	91	133	0.21	12.7
TkA01G179830	`PF24017`	Beta-prop_SCAP	95	211	0.091	12.3
TkA01G179830	`PF13025`	DUF3886	114	118	0.0033	18.3
TkA01G179830	`PF25432`	FF_PRPF40A	120	179	1.3e-21	76.9
TkA01G179830	`PF01846`	FF	136	155	1.4e-06	29.0
TkA01G179830	`PF13025`	DUF3886	149	200	0.0033	18.3
TkA01G179830	`PF19269`	Anticodon_2	177	223	0.21	12.7
TkA01G179830	`PF01846`	FF	193	220	1.4e-06	29.0
TkA01G179830	`PF25432`	FF_PRPF40A	201	218	1.3e-21	76.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B6EUA9`	拟南芥	sp\|B6EUA9\|PR40A_ARATH Pre-mRNA-processing protein 40A	51.400%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JCC1`	拟南芥	sp\|F4JCC1\|PR40B_ARATH Pre-mRNA-processing protein 40B	41.200%	Swiss-Prot	中等置信

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