TkA01G178110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G178110

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 45650273-45652471 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1656 bp · TkA01G178110|TK1151|cDNA

ATGAACTCATTGGTTGGTGAGATCCCCGGAGATGGGTTTGGTAACCTCACCGGACTGGTTCATCTTGACATGATCAAGAACCAGTTCACGGGTCCAATCCCACCATCGATTCAAAACCTAAGCAAGTTAGAAACCCTTCAGCTCAAGAACAACATGCTCGCCGGAGAAATCCCAACATGGTTATTCAACATCACAACTTTAAAGAAATTGATCATCGGAGGAAAAGGTAACCGCTTATTTTGGAACAATAAAGCAAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1656 bp · TkA01G178110|TK1151|CDS

ATGAACTCATTGGTTGGTGAGATCCCCGGAGATGGGTTTGGTAACCTCACCGGACTGGTTCATCTTGACATGATCAAGAACCAGTTCACGGGTCCAATCCCACCATCGATTCAAAACCTAAGCAAGTTAGAAACCCTTCAGCTCAAGAACAACATGCTCGCCGGAGAAATCCCAACATGGTTATTCAACATCACAACTTTAAAGAAATTGATCATCGGAGGAAAAGGTAACCGCTTATTTTGGAACAATAAAGCAAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

551 aa · TkA01G178110|TK1151|PROTEIN

MNSLVGEIPGDGFGNLTGLVHLDMIKNQFTGPIPPSIQNLSKLETLQLKNNMLAGEIPTWLFNITTLKKLIIGGKGNRLFWNNKAKIVPKCKLEQISMSSCGFSGRIPEWISSQKDLNLLDLSQNQLEGNFPVWLARMDIGSIILSDNKLTGSLPPSLFESLSLSILALSRNNFSGELPENIGTARAIMVLMLSGNNFSGQIPMSISNIYRLLLLDLSRNRFSGDKFPVFGDNPLLAYIDLSNNNFSGEVPATFSTETQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G178110`
TK1151 ID	TkA01G178110
OH-1004 ID	LXL04_004227
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.385 / OH-1004 58.140 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G178110

位置 Chr01:45650273-45652471 (+)

描述 Similar to RLP46: Receptor-like protein 46

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g04220`	类受体蛋白46。	暂无已核实直接文献
`At1g74170`	受体样蛋白 13。	暂无已核实直接文献
`At1g58195`	类受体蛋白9b。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004227 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006898 receptor-mediated endocytosis 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010200 response to chitin 生物过程

GO:0016045 detection of bacterium 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0052544 defense response by callose deposition in cell wall 生物过程

GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71400

ath:AT3G05660

ath:AT4G04220

ath:AT5G25910

ath:AT5G46330

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.855

排名 1 · TkA01G178110 · TK1151

内质网0.090

排名 2 · TkA01G178110 · TK1151

细胞质0.056

排名 3 · TkA01G178110 · TK1151

细胞核0.037

排名 4 · TkA01G178110 · TK1151

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · TkA01G178110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855LRR_83-53 aa

PF12799LRR_47-28 aa

PF23598LRR_148-127 aa

PF23211LRR_LRWD114-73 aa

PF00560LRR_119-40 aa

PF12799LRR_419-53 aa

PF13516LRR_619-31 aa

PF14337Abi_alpha21-51 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G178110	`PF13855`	LRR_8	3	53	3.5e-36	123.5
TkA01G178110	`PF12799`	LRR_4	7	28	2.9e-26	91.6
TkA01G178110	`PF23598`	LRR_14	8	127	9.8e-29	100.9
TkA01G178110	`PF23211`	LRR_LRWD1	14	73	0.04	14.3
TkA01G178110	`PF00560`	LRR_1	19	40	3.4e-53	166.8
TkA01G178110	`PF12799`	LRR_4	19	53	2.9e-26	91.6
TkA01G178110	`PF13516`	LRR_6	19	31	0.23	12.3
TkA01G178110	`PF14337`	Abi_alpha	21	51	0.011	16.5
TkA01G178110	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	29	70	1.8e-07	31.8
TkA01G178110	`PF25013`	LRR_Zer-1	37	69	1.1e-09	39.3
TkA01G178110	`PF14337`	Abi_alpha	37	127	0.011	16.5
TkA01G178110	`PF23952`	LRR_EndoS	38	51	2.1	9.3
TkA01G178110	`PF13516`	LRR_6	41	51	0.23	12.3
TkA01G178110	`PF00560`	LRR_1	42	63	3.4e-53	166.8
TkA01G178110	`PF12799`	LRR_4	42	72	2.9e-26	91.6
TkA01G178110	`PF24758`	LRR_At5g56370	42	72	0.00085	19.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JGB6`	拟南芥	sp\|F4JGB6\|RLP46_ARATH Receptor-like protein 46	52.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C6A6`	拟南芥	sp\|Q9C6A6\|RLP13_ARATH Receptor-like protein 13	34.000%	Swiss-Prot	低置信
`A0A1P8ATR9`	拟南芥	sp\|A0A1P8ATR9\|RLP9B_ARATH Receptor-like protein 9b	32.200%	Swiss-Prot	低置信

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