TkA01G170880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G170880

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 43742833-43745427 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1624 bp · TkA01G170880|TK1151|cDNA

GTTGATAAAACCTCGAATAGCACGTGGACTACAAAAAGAAAGAAAAAAAGTTAAATAGAACGAAAGTTCAAACAAACAAACCCTAAATGCTTATTATAGGTACAGCTAACTGCCACGTGCATTGTCCTTCAATGGCGATCAGATTTAGGAGAACCAGCAGCAGCTGCCGCTGCTCATCTACCCCAACTACACGCCTTTAAACTTCATCAAATAAAATCACACTTGCAAACCTTAGTTAATTCATGATAGAGACTGTGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · TkA01G170880|TK1151|CDS

ATGAAGGTGACCGTTACTACTCGGAGCGGAAGAGAATTAATCAATGGCGGTCTCGTCCTTGATAGCTCTGATACCGTTGCTGATTTGCAGGAGGCAATTCATCGGCGAACCAAAAAATACTACCCATCCAGACAACGCCTAACCCTCCCCCTCCAACCCGGATCCAAAGAAAAACCCACCGTCCTCAATTACAAAAAAACCCTCCAAGACTACACCACCGGAAACTCCGACGCCATAACCGTCGTCTTCAAAGACCTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · TkA01G170880|TK1151|PROTEIN

MKVTVTTRSGRELINGGLVLDSSDTVADLQEAIHRRTKKYYPSRQRLTLPLQPGSKEKPTVLNYKKTLQDYTTGNSDAITVVFKDLGPQVSYRTLFFFEYLGPLILYPIFYYFPVIYQFFGYKTQPRVIHPVQTLAMYYWCFHYFKRIMETFFVHRFSHATSPLSNVFRNCAYYWSFGCYIAYYVNHPFYTPVSDVQVKIGLGFGVIMQISNLYCHVILRNLRSPSGNGGYQIPRGFLFNIVTCANYTTEIYQWLGFNVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G170880`
TK1151 ID	TkA01G170880
OH-1004 ID	LXL04_012353
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G170880

位置 Chr01:43742833-43745427 (-)

描述 Similar to ECR: Very-long-chain enoyl-CoA reductase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55360`	催化长链脂肪酸延伸循环的四个反应中的最后一个。	Functional characterization of the Arabidopsis thaliana orthologue of Tsc13p, the enoyl reductase of the yeast microsomal fatty acid elongating system.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh061 Disruptions of the Arabidopsis Enoyl-CoA reductase gene reveal an essential role for very-long-chain fatty acid synthesis in cell expansion during plant morphogenesis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.030155 ECERIFERUM 10 Encoding an Enoyl-CoA Reductase Plays a Crucial Role in Osmotolerance and Cuticular Wax Loading in Arabidopsis.2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.898317

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012353 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006665 sphingolipid metabolic process 生物过程

GO:0006694 steroid biosynthetic process 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程

GO:0035338 long-chain fatty-acyl-CoA biosynthetic process 生物过程

GO:0042761 very long-chain fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0160062 cutin-based cuticle development 生物过程

GO:1905499 trichome papilla formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55360

bta:614105

cel:CELE_C15F1.6

ddi:DDB_G0270270

hsa:9524

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.839

排名 1 · TkA01G170880 · TK1151

细胞质0.085

排名 2 · TkA01G170880 · TK1151

细胞核0.084

排名 3 · TkA01G170880 · TK1151

高尔基体0.071

排名 4 · TkA01G170880 · TK1151

细胞膜0.060

排名 5 · TkA01G170880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00240ubiquitin20-48 aa

PF21696TECR_N21-74 aa

PF00240ubiquitin61-84 aa

PF02544Steroid_dh161-311 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G170880	`PF00240`	ubiquitin	20	48	0.0063	17.0
TkA01G170880	`PF21696`	TECR_N	21	74	0.00067	20.3
TkA01G170880	`PF00240`	ubiquitin	61	84	0.0063	17.0
TkA01G170880	`PF02544`	Steroid_dh	161	311	1.2e-27	97.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2U2`	拟南芥	sp\|Q9M2U2\|TECR_ARATH Very-long-chain enoyl-CoA reductase	77.200%	Swiss-Prot	高置信

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