TkA01G167500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G167500

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 42819315-42821400 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2008 bp · TkA01G167500|TK1151|cDNA

TTATTCGATTTCAAGGTACATATTTCCGTAATGAACTTTTGTCAAAGGTCAAGTTTCTTTATTGGTCATTTTGCAAAGTTCAAGTCTTGAATTTAAGATACCTACAATTTCAGGGTTTCTTTCATAAATAATACCCTTTTCTTCAAGATCGTCGACACCCCCAGCCAACATTTCATCCCTAGCTTGTAATCAGTAATCGCCCCTTTCAGATGTCTGCAAATTTCTCTAATGGGTCTCTTCATTTCCATTCGGTAACCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1497 bp · TkA01G167500|TK1151|CDS

ATGTCTGCAAATTTCTCTAATGGGTCTCTTCATTTCCATTCGGTAACCACAACCCACATGAAATTTACTCACATTTCACCACTCAATTACAGATTCAGTCATCAATTTCCTCATAAGAAACCTACCAGATACACCGTTATCTGCAGTTCAAGTACTCGACCCAAGAGAAATTCGAAACCTGAAGAAAACGCAGAGGCTCTCGAATTAGTACGGACCCTCATGAAAAATTTCAACTACGACAAACCATTGGTGTCTACACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

498 aa · TkA01G167500|TK1151|PROTEIN

MSANFSNGSLHFHSVTTTHMKFTHISPLNYRFSHQFPHKKPTRYTVICSSSTRPKRNSKPEENAEALELVRTLMKNFNYDKPLVSTLNKYVKLVRTEHCFLLFEELGKSDKWLQCLEVFRWMQKQRWYVADNGVYSKLISVMGKKGQTRLAMWLFSEMRNSGCRPDTSVYNALITAHLHSKDKSKALSKALGYFDKMKGTERCKPSIVTYNILLRASAQAKNITQVENLFQDLEESIATPDIFTFNGVMDAYGKNGMIIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G167500`
TK1151 ID	TkA01G167500
OH-1004 ID	LXL04_032299
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	27.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 41.767 / OH-1004 43.515 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G167500

位置 Chr01:42819315-42821400 (-)

描述 Similar to EMB2750: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39620`	对胚胎发育必不可少。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0750400`	通过促进叶绿体中II类内含子的剪接，参与质体翻译机器的生物发生。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003727 single-stranded RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06430

ath:AT3G53170

ath:AT5G48730

zma:100126361

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.419

排名 1 · TkA01G167500 · TK1151

线粒体0.333

排名 2 · TkA01G167500 · TK1151

细胞核0.083

排名 3 · TkA01G167500 · TK1151

细胞质0.018

排名 4 · TkA01G167500 · TK1151

细胞膜0.009

排名 5 · TkA01G167500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_33-27 aa

PF02758PYRIN59-78 aa

PF00637Clathrin63-112 aa

PF20431E_motif67-82 aa

PF29070MSC6_N83-109 aa

PF01535PPR88-108 aa

PF13041PPR_2103-125 aa

PF01535PPR106-120 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G167500	`PF13812`	PPR_3	3	27	2.8e-36	124.1
TkA01G167500	`PF02758`	PYRIN	59	78	0.025	15.5
TkA01G167500	`PF00637`	Clathrin	63	112	0.066	13.7
TkA01G167500	`PF20431`	E_motif	67	82	0.23	12.4
TkA01G167500	`PF29070`	MSC6_N	83	109	1.6e-18	67.7
TkA01G167500	`PF01535`	PPR	88	108	9.9e-41	135.9
TkA01G167500	`PF13041`	PPR_2	103	125	7.5e-46	154.7
TkA01G167500	`PF01535`	PPR	106	120	9.9e-41	135.9
TkA01G167500	`PF23276`	TPR_24	117	232	1.3e-12	48.5
TkA01G167500	`PF13041`	PPR_2	134	177	7.5e-46	154.7
TkA01G167500	`PF01535`	PPR	134	163	9.9e-41	135.9
TkA01G167500	`PF12854`	PPR_1	134	159	3.6e-29	100.9
TkA01G167500	`PF13812`	PPR_3	135	176	2.8e-36	124.1
TkA01G167500	`PF00637`	Clathrin	135	198	0.066	13.7
TkA01G167500	`PF17177`	PPR_long	143	281	3.7e-14	53.3
TkA01G167500	`PF06239`	ECSIT_N	144	175	0.0053	16.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SV96`	拟南芥	sp\|Q9SV96\|PP358_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39620, chloroplastic	72.400%	Swiss-Prot	高置信
`A3ABE1`	水稻	sp\|A3ABE1\|PPR5_ORYSJ Pentatricopeptide repeat-containing protein PPR5 homolog, chloroplastic	76.500%	Swiss-Prot	高置信

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