TkA01G167480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G167480

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 42809160-42815980 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2830 bp · TkA01G167480|TK1151|cDNA

ATCGCGACAGCTGTACCAATCATAGATAATCATGCTCTCCCTATCTCTGAAATATACGTGAGTTCGGCCCGATTTTTGTTAGTCAATCTGTCGACTAGGTTCTGTGTGTCTGTGGATGACTACATATACAGCGGACCTGTATATATAAGCGGCGGTATCGATGAGCAGACAGTGAAACCCTACACCTGAGAGCCGTGACTCGTGAACGAGTTTCCTCATCCCTGTTTGCATTTAAGACCACCGCAGGCACCAAATCACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2169 bp · TkA01G167480|TK1151|CDS

ATGGCGGCGATCGATCCAACTCGTGGTTTCCTTAAAGATGTTAAGCGTATCGTAATCAAGGTTGGGACAGCTGTCGTCACCCGAGAGGACGGAAGGCTTGCGCTCGGAAGACTCGGAGCTCTCTGTGAGCAGATTCAAATACTAAATTCTCAAGGATTTGAGGTGATCTTGGTCTCATCAGGTGCTGTTGGTGCAGGTAGACAACGTCTCAGATACAGGAAATTAGTCCACAGCAGCTTTGCGGACCTTCAAAAGCCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

722 aa · TkA01G167480|TK1151|PROTEIN

MAAIDPTRGFLKDVKRIVIKVGTAVVTREDGRLALGRLGALCEQIQILNSQGFEVILVSSGAVGAGRQRLRYRKLVHSSFADLQKPQVELDGKACAAVGQNGLMALYDTLFSQLDVTSAQLLVTDNDFRSPEFRKQLTETVDSLLSYKVIPVFNENDAVSTRRAPYEDSSGIFWDNDSLAALLALELKADLLVLLSDVDGLYSGPPSDPQSKLIYTYIKEKLENTITFGDKSRLGRGGMTAKVKAAVYASQAGIPVIITS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G167480`
TK1151 ID	TkA01G167480
OH-1004 ID	LXL04_012398
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G167480

位置 Chr01:42809160-42815980 (+)

描述 Similar to Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55610`	P5CS 在脯氨酸生物合成中起关键作用，从而在植物中实现渗透调节。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0455500`	P5CS 在脯氨酸生物合成中起关键作用，从而在植物中实现渗透调节。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012398 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009269 response to desiccation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0055129 L-proline biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39800

ath:AT3G55610

dosa:Os05g0455500

osa:4338979

sly:544281

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.687

排名 1 · TkA01G167480 · TK1151

细胞核0.308

排名 2 · TkA01G167480 · TK1151

线粒体0.104

排名 3 · TkA01G167480 · TK1151

过氧化物酶体0.072

排名 4 · TkA01G167480 · TK1151

细胞膜0.059

排名 5 · TkA01G167480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00696AA_kinase15-260 aa

PF05141DIT1_PvcA32-63 aa

PF23746Gp41_Mu280-311 aa

PF00171Aldedh294-558 aa

PF23746Gp41_Mu323-365 aa

PF00171Aldedh604-662 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G167480	`PF00696`	AA_kinase	15	260	3.3e-39	135.7
TkA01G167480	`PF05141`	DIT1_PvcA	32	63	0.32	11.2
TkA01G167480	`PF23746`	Gp41_Mu	280	311	0.11	13.4
TkA01G167480	`PF00171`	Aldedh	294	558	8.1e-11	41.8
TkA01G167480	`PF23746`	Gp41_Mu	323	365	0.11	13.4
TkA01G167480	`PF00171`	Aldedh	604	662	8.1e-11	41.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P54888`	拟南芥	sp\|P54888\|P5CS2_ARATH Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B	75.500%	Swiss-Prot	高置信
`O04226`	水稻	sp\|O04226\|P5CS1_ORYSJ Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase 1	75.200%	Swiss-Prot	高置信

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