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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G150490
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 38175800-38178394 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1375 bp · TkA01G150490|TK1151|cDNA

TTACTTTGCATTGTGATCGAACGACTGAATGATTATGTGATCTAAGTTTTTGATCGGAAATGAACGAAAGTTAAAGTAAAAAGAAACTCTTTGGTTAATTTTACGTTTCTGTTCTGTTGTATGTTTCCGATTGTTTAAAGAAATTGTATTTCGTGGAGTTTCTGCAACAAATAATCTCGAATTAAGTAGCGGAAATTAGGATTTGCCTCGACTCCTATTGATCACTGAAGATTAAGGATGATGGAAAAATCGACTTCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

756 bp · TkA01G150490|TK1151|CDS

ATGAACTGGCACCTACAAACTGAATTCAACATCCCCCATAGCTTTATGGATTTCTTTGAAGGACTCACATATGAGCATGTCAATTTCATTTTTTCCGACGTCACATATCCTCAGGATAGCACAAACTATACAATGAATACGAGTTCATATAAGTTTGCATACTCTGAACAGGGGAATTTCTCATACTACGATTATTTTAATGCGTATGCCATAAATGATCCGATATATGGCAACAGTGGATTTACTAGACAACTAGAAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

251 aa · TkA01G150490|TK1151|PROTEIN

MNWHLQTEFNIPHSFMDFFEGLTYEHVNFIFSDVTYPQDSTNYTMNTSSYKFAYSEQGNFSYYDYFNAYAINDPIYGNSGFTRQLENTPTIANERSTPLHIQQDGHSTSNSHTNPSNCPQSNHNHNPNQNPGDYHQVMWEDNVDLDNMSYEELLELGEVVGSQSRGLSHEAISLLPISKFKCGFFWRKKSKSERCVICQMEYKRGERQVTLPCKHIYHAGCGSQWLSINKACPICYKEVLINIPKHSEKTK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G150490
TK1151 IDTkA01G150490
OH-1004 IDLXL04_004430
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G150490
位置Chr01:38175800-38178394 (-)
描述Similar to BB: E3 ubiquitin-protein ligase BIG BROTHER
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g63530 E3 泛素蛋白连接酶，以剂量依赖性方式限制器官大小，可能还限制种子大小。
Forever Young: The Role of Ubiquitin Receptor DA1 and E3 Ligase BIG BROTHER in Controlling Leaf Growth and Development.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01410
At3g19910 E3 泛素连接酶，可能参与器官大小调控。 暂无已核实直接文献
At4g34040 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
At2g15530 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0648800 可能的E3泛素蛋白连接酶，作用于HAL3下游，并且对HAL3调控的植物生长必需。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004430 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0046621 negative regulation of organ growth 生物过程
GO:0048437 floral organ development 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:1900057 positive regulation of leaf senescence 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G15530
ath:AT3G19910
ath:AT3G63530
ath:AT4G34040
dosa:Os04g0648800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.515
排名 1 · TkA01G150490 · TK1151
细胞核0.473
排名 2 · TkA01G150490 · TK1151
细胞膜0.085
排名 3 · TkA01G150490 · TK1151
内质网0.073
排名 4 · TkA01G150490 · TK1151
溶酶体／液泡0.068
排名 5 · TkA01G150490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17486Cys_Knot_tox36-48 aa
PF14447Prok-RING_4112-123 aa
PF00097zf-C3HC4113-119 aa
PF13923zf-C3HC4_2116-119 aa
PF17122zf-C3H2C3176-185 aa
PF23555zf-RING_Vps41177-184 aa
PF17486Cys_Knot_tox181-201 aa
PF29452FAR1_N188-233 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G150490PF17486Cys_Knot_tox36480.1712.8
TkA01G150490PF14447Prok-RING_41121230.001419.2
TkA01G150490PF00097zf-C3HC41131191.5e-0525.5
TkA01G150490PF13923zf-C3HC4_21161192.1e-0731.3
TkA01G150490PF17122zf-C3H2C31761850.03514.9
TkA01G150490PF23555zf-RING_Vps411771842.08.8
TkA01G150490PF17486Cys_Knot_tox1812010.1712.8
TkA01G150490PF29452FAR1_N1882330.05514.2
TkA01G150490PF12678zf-rbx11912355.4e-0730.5
TkA01G150490PF13920zf-C3HC4_31922393.5e-0524.2
TkA01G150490PF17120zf-RING_161922335.8e-0523.3
TkA01G150490PF13639zf-RING_21942353.9e-1350.1
TkA01G150490PF13923zf-C3HC4_21942352.1e-0731.3
TkA01G150490PF14634zf-RING_51942360.0002421.7
TkA01G150490PF17123zf-RING_111952219.7e-0729.1
TkA01G150490PF00097zf-C3HC41952351.5e-0525.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L649拟南芥sp|Q8L649|BB_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase BIG BROTHER40.800%Swiss-Prot中等置信
Q9LT17拟南芥sp|Q9LT17|BBR_ARATH E3 ubiquitin ligase BIG BROTHER-related48.100%Swiss-Prot低置信
O49500拟南芥sp|O49500|MBR2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR243.000%Swiss-Prot低置信
Q9ZQF9拟南芥sp|Q9ZQF9|MBR1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR143.100%Swiss-Prot低置信
Q7XTV7水稻sp|Q7XTV7|HIP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP146.500%Swiss-Prot低置信

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