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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G148710
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 37675270-37677838 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1926 bp · TkA01G148710|TK1151|cDNA

ATGAATGAAAGCTACAATGCTTCATGTCTCTTTTATAAACCGCCAAATGCCAACCACCTTTCGAAGATGGAGGTTCCTTTATCTGTAACCCTCCAAAAGCTTCCTTTTATCCCATCACAAACCCATGAATTAAAACAGTGGAACTCCACAATCAAGCACCACACGAAGCTAAAAGATGACCGCGCTATACTCACTACATATACGCAGATGGAATCTTTGGGTATTTTGCCGGATAATACCACTTTGCCGCTGGTACTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1926 bp · TkA01G148710|TK1151|CDS

ATGAATGAAAGCTACAATGCTTCATGTCTCTTTTATAAACCGCCAAATGCCAACCACCTTTCGAAGATGGAGGTTCCTTTATCTGTAACCCTCCAAAAGCTTCCTTTTATCCCATCACAAACCCATGAATTAAAACAGTGGAACTCCACAATCAAGCACCACACGAAGCTAAAAGATGACCGCGCTATACTCACTACATATACGCAGATGGAATCTTTGGGTATTTTGCCGGATAATACCACTTTGCCGCTGGTACTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

641 aa · TkA01G148710|TK1151|PROTEIN

MNESYNASCLFYKPPNANHLSKMEVPLSVTLQKLPFIPSQTHELKQWNSTIKHHTKLKDDRAILTTYTQMESLGILPDNTTLPLVLKACGKLQAIEKGKKLHNAILTTNLASDIRIQTALVDFYSKCGMLQNALNVFDEMTERDVVSWNAMISGCVSCSEYQKSLQLFSQMQKDNLKANSVTLVQLLQISGELLELRSGKEIHGYCLRHDFNTNPHVCSSLMGFYIKFDPWIASLVFETLSSRNTITWNTMITGYIDHGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G148710
TK1151 IDTkA01G148710
OH-1004 IDLXL04_004443
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)76.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.816 / OH-1004 84.254
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G148710
位置Chr01:37675270-37677838 (+)
描述Similar to PCMP-H81: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g03580 含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。 暂无已核实直接文献
At3g16610 含五肽重复序列的蛋白质 At3g16610。 暂无已核实直接文献
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x
At5g39350 含五肽重复的蛋白 At5g39350。 暂无已核实直接文献
At3g22690 含五节重复序列蛋白At3g22690。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G57430
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.616
排名 1 · TkA01G148710 · TK1151
质体0.247
排名 2 · TkA01G148710 · TK1151
细胞核0.041
排名 3 · TkA01G148710 · TK1151
细胞质0.029
排名 4 · TkA01G148710 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA01G148710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N33-183 aa
PF13041PPR_247-90 aa
PF01535PPR47-75 aa
PF13812PPR_348-91 aa
PF19189Mtf257-94 aa
PF23276TPR_2458-139 aa
PF06239ECSIT_N58-91 aa
PF17177PPR_long61-146 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G148710PF29070MSC6_N331834.4e-0523.5
TkA01G148710PF13041PPR_247902e-54182.2
TkA01G148710PF01535PPR47752.5e-41137.8
TkA01G148710PF13812PPR_348911.6e-1248.1
TkA01G148710PF19189Mtf257940.04514.2
TkA01G148710PF23276TPR_24581391.9e-1247.9
TkA01G148710PF06239ECSIT_N58910.02514.5
TkA01G148710PF17177PPR_long611465.8e-0523.3
TkA01G148710PF18768RNPP_C1071450.3511.0
TkA01G148710PF10602RPN71081570.000520.5
TkA01G148710PF02758PYRIN1111450.09613.6
TkA01G148710PF13812PPR_31121431.6e-1248.1
TkA01G148710PF14559TPR_191151440.212.7
TkA01G148710PF13428TPR_141161440.1613.5
TkA01G148710PF13041PPR_21181442e-54182.2
TkA01G148710PF01535PPR1181442.5e-41137.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SS60拟南芥sp|Q9SS60|PP210_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0358031.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LUS3拟南芥sp|Q9LUS3|PP237_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1661030.500%Swiss-Prot中等置信
Q9M9E2拟南芥sp|Q9M9E2|PPR45_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic29.800%Swiss-Prot低置信
Q9FLZ9拟南芥sp|Q9FLZ9|PP405_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3935028.400%Swiss-Prot低置信
Q9LUJ2拟南芥sp|Q9LUJ2|PP249_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2269027.800%Swiss-Prot低置信

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