TkA01G142830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G142830

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 36213150-36218390 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2321 bp · TkA01G142830|TK1151|cDNA

AAGATATGGTCCAAGTAGAGTCTAGCTATGGCTGACCGAGTTTCAACACAACCCGTGTAAGATAAGACTCTCTACATACCAAACCAAATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACCTACCCATACACATTCTCTGTTGTTTTCCTCTCTAAAGTGATTTTTCATCTGTTAAAGATTCAAAGGGAACCCAAAAATGATGAAGATGTATACGAGAATTCTATGAAAAAAGTTGTAAACTTCAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1356 bp · TkA01G142830|TK1151|CDS

ATGATGTCTGGTGATGGGTTTTCATCATCTCCTTCATCTCTTTCTGCTTTCATACAGGACCCCATCTCAAACCCTAACCCTAATTCTTCAACATCAGCTAAACGAAAGCGCAACCTCCCCGGCACACCAGATCCAGATGCAGAAGTGATAGCTTTATCTCCGAAATCTCTGATGGCCACGAATCGGTTTATATGCGAGATATGTAACAAAGGGTTTCAGAGAGACCAGAATTTGCAGCTTCATCGAAGAGGACACAATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

451 aa · TkA01G142830|TK1151|PROTEIN

MMSGDGFSSSPSSLSAFIQDPISNPNPNSSTSAKRKRNLPGTPDPDAEVIALSPKSLMATNRFICEICNKGFQRDQNLQLHRRGHNLPWKLKQRNKLEVVKKKVYICPEKTCVHHDPSRALGDLTGVKKHFSRKHGEKKWKCEKCSKKYAVQSDWKAHSKICGTREYKCDCGTLFSRKDSFITHRAFCDALTEENSRMASFPMMSSTANLNFRNDLMMMNSGGGPGGGGVGLRFPGMYGGGMLESNTLDANGGKPRLPIW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G142830`
TK1151 ID	TkA01G142830
OH-1004 ID	LXL04_004470
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.778 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G142830

位置 Chr01:36213150-36218390 (-)

描述 Similar to JKD: Zinc finger protein JACKDAW

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03150`	转录因子，与BIB共同通过快速上调'SCARECROW'（SCR）调控组织边界和不对称细胞分裂，从而控制'SHORT-ROOT'（SHR）的核定位并限制其作用。	暂无已核实直接文献
`At3g45260`	转录因子，与 JKD 一起，通过快速上调 'SCARECROW' (SCR) 来调控根部的组织边界和不对称细胞分裂，从而控制 'SHORT-ROOT' (SHR) 的核定位并限制其作用。	暂无已核实直接文献
`At3g50700`	转录因子，作为赤霉素作用、稳态和信号传导的正调节因子。	暂无已核实直接文献
`At1g55110`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g02670`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004470 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0034504 protein localization to nucleus 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G02080

ath:AT3G45260

ath:AT3G50700

ath:AT5G03150

ath:AT5G66730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.983

排名 1 · TkA01G142830 · TK1151

细胞质0.068

排名 2 · TkA01G142830 · TK1151

细胞膜0.023

排名 3 · TkA01G142830 · TK1151

内质网0.014

排名 4 · TkA01G142830 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA01G142830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20974tRNA-synt_1c_C242-84 aa

PF23250zf_DPOE_259-75 aa

PF04810zf-Sec23_Sec2459-70 aa

PF02892zf-BED61-75 aa

PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD62-72 aa

PF13912zf-C2H2_662-85 aa

PF00096zf-C2H263-85 aa

PF12171zf-C2H2_jaz63-85 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G142830	`PF20974`	tRNA-synt_1c_C2	42	84	0.31	12.6
TkA01G142830	`PF23250`	zf_DPOE_2	59	75	0.05	14.0
TkA01G142830	`PF04810`	zf-Sec23_Sec24	59	70	0.24	12.2
TkA01G142830	`PF02892`	zf-BED	61	75	0.032	15.0
TkA01G142830	`PF22995`	C2CH-3rd_BIRD-IDD	62	72	6.6e-15	55.2
TkA01G142830	`PF13912`	zf-C2H2_6	62	85	0.019	15.7
TkA01G142830	`PF00096`	zf-C2H2	63	85	1.3e-05	26.1
TkA01G142830	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	63	85	0.00051	20.9
TkA01G142830	`PF12874`	zf-met	63	85	0.0015	19.5
TkA01G142830	`PF13894`	zf-C2H2_4	63	85	0.0046	18.3
TkA01G142830	`PF13913`	zf-C2HC_2	63	72	3.1	8.3
TkA01G142830	`PF23447`	DUF7128	64	72	7.6	7.2
TkA01G142830	`PF22996`	C2H2-2nd_BIRD-IDD	101	135	1.4e-21	76.9
TkA01G142830	`PF23447`	DUF7128	109	118	7.6	7.2
TkA01G142830	`PF23250`	zf_DPOE_2	123	151	0.05	14.0
TkA01G142830	`PF02892`	zf-BED	127	150	0.032	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q700D2`	拟南芥	sp\|Q700D2\|IDD10_ARATH Zinc finger protein JACKDAW	53.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q944L3`	拟南芥	sp\|Q944L3\|IDD9_ARATH Zinc finger protein BALDIBIS	87.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SCQ6`	拟南芥	sp\|Q9SCQ6\|IDD2_ARATH Zinc finger protein GAI-ASSOCIATED FACTOR 1	82.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q8H1F5`	拟南芥	sp\|Q8H1F5\|IDD7_ARATH Protein indeterminate-domain 7	80.300%	Swiss-Prot	低置信
`O22759`	拟南芥	sp\|O22759\|IDD12_ARATH Protein indeterminate-domain 12	77.300%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情