TkA01G138980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G138980

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 35298836-35301154 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1752 bp · TkA01G138980|TK1151|cDNA

TTGGCTCCCAACCCGACCAACGGCCCAACATCTTCATCTTACGACACCGTGCTCGCTAAAGGAATCCAAGATAATTAAAGAAACTCACTTCACCTACGGAACAACACACAAAAGATCTAACAAATTAAGCCCCAATTTTATGTCCGCTCCTTTTCCTTTCTCACCGCATGACTACACATTTCGTGTTTCCACCCATTATCAAACACAAATACGCTCGGATGCATCCTTCAAGCAATCAATTAGGGTTTTGATTCCCTAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1356 bp · TkA01G138980|TK1151|CDS

ATGTGTAGAACAAAAATGGCGGTGGACACAGTTGATTCTAATTTAACAAGGAGGAGGAGCTCTAGAAGGTCGCAAACAACCATGCCTGTAACTCCGACTCGATCATCAAGTAATTCCGAAACACATCTTCATCCATCATCGAGTAATGTTACAGGTAGTAGCTACAGCTACGGAGGTGGCACCGGCTCGAGTTACAGACTCGACAGCTCAATCGCAACCGCTGAAGCGTCCGTTTCCTCCAGAACATCGCTGACCAGCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

451 aa · TkA01G138980|TK1151|PROTEIN

MCRTKMAVDTVDSNLTRRRSSRRSQTTMPVTPTRSSSNSETHLHPSSSNVTGSSYSYGGGTGSSYRLDSSIATAEASVSSRTSLTSLRNSLPENTHIYEFSEIRSATNNFLAKKLSSSSSPSWRCSLRGKEVVVFQRKFRRPIQESELREKLSVIYRSHHMSIIKLLGASISGDYIYLAYDFMSGGNLADCLRNKRNPEFTVLSTWMSRMQIATDLASGLDYIHNNAGLKINLVHKYVKSSSVIVTEPSFNAKICHFGTA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G138980`
TK1151 ID	TkA01G138980
OH-1004 ID	LXL04_004517
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.891 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G138980

位置 Chr01:35298836-35301154 (-)

描述 Similar to LYK3: LysM domain receptor-like kinase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g51940`	假定的赖氨酸结构域（LysM）受体激酶，可能识别微生物来源的含N-乙酰氨基葡萄糖（NAG）的配体。	暂无已核实直接文献
`At2g33580`	可能识别来源于微生物的含N-乙酰葡萄糖胺（NAG）配体。	暂无已核实直接文献
`At1g01540`	可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g01540。	暂无已核实直接文献
`At2g42960`	可能的受体样蛋白激酶 At2g42960。	暂无已核实直接文献
`At3g24400`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004517 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01540

ath:AT1G51940

ath:AT2G19230

ath:AT3G17420

ath:AT5G48740

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.612

排名 1 · TkA01G138980 · TK1151

细胞核0.299

排名 2 · TkA01G138980 · TK1151

细胞质0.278

排名 3 · TkA01G138980 · TK1151

内质网0.034

排名 4 · TkA01G138980 · TK1151

高尔基体0.023

排名 5 · TkA01G138980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase141-421 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr142-263 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr308-423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G138980	`PF00069`	Pkinase	141	421	5.1e-22	79.2
TkA01G138980	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	142	263	6.5e-23	82.1
TkA01G138980	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	308	423	6.5e-23	82.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IB81`	拟南芥	sp\|F4IB81\|LYK3_ARATH LysM domain receptor-like kinase 3	32.000%	Swiss-Prot	中等置信
`O22808`	拟南芥	sp\|O22808\|LYK5_ARATH Protein LYK5	27.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q3EDL4`	拟南芥	sp\|Q3EDL4\|Y1154_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase At1g01540	28.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SJG2`	拟南芥	sp\|Q9SJG2\|Y2296_ARATH Probable receptor-like protein kinase At2g42960	31.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LK03`	拟南芥	sp\|Q9LK03\|PERK2_ARATH Proline-rich receptor-like protein kinase PERK2	29.100%	Swiss-Prot	低置信

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