TkA01G136710 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G136710

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 34705636-34708897 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2187 bp · TkA01G136710|TK1151|cDNA

CTCAAACCCTCAAACTTTTGAGGCGTCGTCTTCCCTTTTCTCTCTTCACACCGACTCCATCTACCTATCGGCCGGTGATTCTTTTCGCGGAGGCTAGGCTTTCAAAATCTCGACCAATCTTTAGATCTTTCACTTTCCGATCTCAAGATGGTGTCTGATGCGAGCAAAAAGAAGGCGCTCCAGTTCGGATAACTTGTCCAATGGGATGGGGTCGCTTGTGATTTCTGACCGTACATGTACCGGCGTTCTTTGCTCTCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1521 bp · TkA01G136710|TK1151|CDS

CAAACCCTCAAACTTTTGAGGCGTCGTCTTCCCTTTTCTCTCTTCACACCGACTCCATCTACCTATCGGCCGGTGATTCTTTTCGCGGAGGCTAGGCTTTCAAAATCTCGACCAATCTTTAGATCTTTCACTTTCCGATCTCAAGGTACCGATCTGATCGAATATCGTGTTTTTAGGATGGTGTCTGATGCGAGCAAAAAGAAGGCGCTCCAGAAGAAGGCAGCAGCCGCTGCCAAGAGAGGAGGTAAGGCAGCCGCCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

506 aa · TkA01G136710|TK1151|PROTEIN

QTLKLLRRRLPFSLFTPTPSTYRPVILFAEARLSKSRPIFRSFTFRSQGTDLIEYRVFRMVSDASKKKALQKKAAAAAKRGGKAAAAATSAKAAAIGTMNGSTSSDNLSNGMGSLVISDRTCTGVLCSHPLSRDIRIESLSLTFHGHDLIVDTELELNYGRRYGLLGLNGCGKSTLLTSIGMRELPIPEHMDIFHLTREIEASDMSSLEAVMNCDEERLKLEAEVERLAALDAGGGEALDRIYERLDAMDASTAEKRAAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G136710`
TK1151 ID	TkA01G136710
OH-1004 ID	LXL04_004539
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.549 / OH-1004 72.862 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G136710

位置 Chr01:34705636-34708897 (+)

描述 Similar to ABCF1: ABC transporter F family member 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60790`	ABC转运蛋白F家族成员1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004539 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000056 ribosomal small subunit export from nucleus 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0043335 protein unfolding 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60790

bta:513061

hsa:10061

hsa:114483834

mmu:27407

sce:YER036C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.515

排名 1 · TkA01G136710 · TK1151

细胞核0.301

排名 2 · TkA01G136710 · TK1151

质体0.119

排名 3 · TkA01G136710 · TK1151

线粒体0.111

排名 4 · TkA01G136710 · TK1151

过氧化物酶体0.077

排名 5 · TkA01G136710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13514AAA_27136-181 aa

PF00005ABC_tran153-307 aa

PF13479AAA_24161-214 aa

PF03308MeaB161-182 aa

PF13555AAA_29162-177 aa

PF03193RsgA_GTPase162-180 aa

PF01926MMR_HSR1163-203 aa

PF13304AAA_21164-248 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G136710	`PF13514`	AAA_27	136	181	0.0078	16.5
TkA01G136710	`PF00005`	ABC_tran	153	307	1.9e-29	103.7
TkA01G136710	`PF13479`	AAA_24	161	214	0.003	18.0
TkA01G136710	`PF03308`	MeaB	161	182	0.093	12.4
TkA01G136710	`PF13555`	AAA_29	162	177	9.6e-06	26.0
TkA01G136710	`PF03193`	RsgA_GTPase	162	180	0.023	15.2
TkA01G136710	`PF01926`	MMR_HSR1	163	203	0.016	16.1
TkA01G136710	`PF13304`	AAA_21	164	248	6.2e-11	43.5
TkA01G136710	`PF02463`	SMC_N	164	349	1.5e-06	28.6
TkA01G136710	`PF13173`	AAA_14	164	196	0.0053	17.5
TkA01G136710	`PF00931`	NB-ARC	164	194	0.028	14.7
TkA01G136710	`PF05729`	NACHT	165	180	0.021	15.4
TkA01G136710	`PF13521`	AAA_28	165	229	0.022	15.7
TkA01G136710	`PF13481`	AAA_25	165	180	0.11	12.9
TkA01G136710	`PF19263`	DUF5906	165	182	0.16	13.4
TkA01G136710	`PF00004`	AAA	165	181	0.18	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJH6`	拟南芥	sp\|Q9FJH6\|AB1F_ARATH ABC transporter F family member 1	81.400%	Swiss-Prot	高置信

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