TkA01G130660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G130660

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 32996729-33009793 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3346 bp · TkA01G130660|TK1151|cDNA

AAAAAATTGTCAATCCCCAACAAGGATGTAGGGGAAAGGGCTCGGTTTATTTCAAAGATTCTCCTCTTCCTGACACTCCAAACTCGCAACCCTCCAAACACAAACGATCCTGATCTGGTCCACAACGAGCAAACACAATCACCCACCTCCTGCGAACATAAACCGAACCCCGCACTCACACTCAATCAATTACCCTCTCAATCTCTCTCTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACAGCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2832 bp · TkA01G130660|TK1151|CDS

ATGTCTCCGAAGCCATCAGAGAACGGAACGGAAGGCGACGACGAGAGAGAAGAAGACGAGGAAGATACAGAAGAGGACAAGGAGGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAAGATGAGCCGAGGCTTAAGTACCAGCGAATGGGAGGCAACGTGCCTTCTCTTCTATCGAGTGACGCCGCTTCTTGTGTCGCGGTTGCCGAACGGATGATCGCTCTTGGTACTCATGGTGGTACCGTTCATATCCTGGATTTTCTTGGGAACCAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

943 aa · TkA01G130660|TK1151|PROTEIN

MSPKPSENGTEGDDEREEDEEDTEEDKEEEEEEEEDEPRLKYQRMGGNVPSLLSSDAASCVAVAERMIALGTHGGTVHILDFLGNQVKEFRAHTAAVNDLCFDLDGEFIGSCSDDGSVVIISLFTDEKQKFEYHRPMKAIAIDPDYARKESRRFVTGGLAGNLYFNTKKWLGYRDQVLHSGEGPIHAVKWRTSLIAWANDAGVKVYDAANDQRVTFIERPRGSPRPELLLPHLVWQDDALLVIGWGTAIKIASIKTNQAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G130660`
TK1151 ID	TkA01G130660
OH-1004 ID	LXL04_004610
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G130660

位置 Chr01:32996729-33009793 (-)

描述 Similar to VPS41: Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08190`	对液泡组装和液泡运输所必需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004610 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0007034 vacuolar transport 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程

GO:0045055 regulated exocytosis 生物过程

GO:0048193 Golgi vesicle transport 生物过程

GO:0061909 autophagosome-lysosome fusion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08190

dre:563215

hsa:27072

mmu:218035

sly:544040

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.486

排名 1 · TkA01G130660 · TK1151

细胞核0.321

排名 2 · TkA01G130660 · TK1151

溶酶体／液泡0.164

排名 3 · TkA01G130660 · TK1151

高尔基体0.152

排名 4 · TkA01G130660 · TK1151

细胞膜0.130

排名 5 · TkA01G130660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15713PTPRCAP10-49 aa

PF23411Beta-prop_Vps4140-396 aa

PF23752Beta-prop_WDR11_2nd49-100 aa

PF23341PEP5_VPS11_N52-100 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N54-86 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz56-144 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd57-127 aa

PF23414Beta-prop_EML_258-129 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G130660	`PF15713`	PTPRCAP	10	49	4.6	8.4
TkA01G130660	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	40	396	3.8e-97	326.3
TkA01G130660	`PF23752`	Beta-prop_WDR11_2nd	49	100	0.053	12.8
TkA01G130660	`PF23341`	PEP5_VPS11_N	52	100	0.09	12.6
TkA01G130660	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	54	86	0.23	11.2
TkA01G130660	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	56	144	1.3e-05	25.4
TkA01G130660	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	57	127	0.00048	20.2
TkA01G130660	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	58	129	0.00083	19.5
TkA01G130660	`PF24805`	EIF3I	58	144	0.009	15.9
TkA01G130660	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	58	121	0.23	11.2
TkA01G130660	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	59	127	3.3e-09	37.1
TkA01G130660	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	59	130	2.9e-05	24.2
TkA01G130660	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	60	128	5.9e-07	30.1
TkA01G130660	`PF13570`	Beta-prop_ACSF4	62	136	0.033	14.3
TkA01G130660	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	64	145	6.2e-06	26.1
TkA01G130660	`PF24796`	WDR55	64	127	0.00011	22.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93043`	拟南芥	sp\|P93043\|VPS41_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog	72.500%	Swiss-Prot	高置信

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