TkA01G117400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G117400

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 29742476-29744421 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1448 bp · TkA01G117400|TK1151|cDNA

CTATCCACAAAGCGAAAATGGCGACCCCACAAATTTCTTCAATCTCAATTTCAAAACCGCTTTTTACTCTTACACGCATACTACAGATTACACAATAATCAATCAAAGAGGCAGAGTCCCAATTTCCCCCTTTTTCGACTTTGACTAAACGCAATCCAAAAACCTTCCATTGAATCTTCATCTTGCATCTCAAAAAACCCATTTCTCTACATCAATTCGAATTCGTGAATCTCAGGAATCACTGGAACGAAACCATGGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

861 bp · TkA01G117400|TK1151|CDS

ATGGCTAAGATTATAAGTAACAATTACATGATTTCGACCTGTAATCATGGTTTAGCTTGCAATAAACTGGACAAATTGTCTCCTGTAATGGTAAAGATGCCGACGACTTTTTCAAAATCGGCAACATCTTTGACTCTCCGATCATCCACCGACGGTGATTTCTTTGGTCGGAAGGTGGCTTTAGGTGGTCAACAAAAAAGGACCTGTACACAAGCTGCTGCTGCATCTGATGTTAAGATGAGTTTAAGCATCGGGAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

286 aa · TkA01G117400|TK1151|PROTEIN

MAKIISNNYMISTCNHGLACNKLDKLSPVMVKMPTTFSKSATSLTLRSSTDGDFFGRKVALGGQQKRTCTQAAAASDVKMSLSIGKSLRWWEKNLQPNMKEITGAEDLVESLLRAGDKLVVVDFFSPGCGGCKALHPKICQIAEMNPDVQFLQVNYEDHKSMCYSLNVHVLPFFRFYRGAEGRVCSFSCTNATIKKFRDALAKYKPDRCGLAPPKGLEEKELVALGSNRDLSFVYTPKEVPQTVPVSVPVSVEHSHPLPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G117400`
TK1151 ID	TkA01G117400
OH-1004 ID	LXL04_004735
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G117400

位置 Chr01:29742476-29744421 (-)

描述 Similar to At1g08570: Thioredoxin-like 1-1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08570`	硫醇-二硫氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献
`At2g33270`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献
`At5g61440`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0326500`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献
`Os07g0684100`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004735 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045454 cell redox homeostasis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0016671 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08570

ath:AT2G33270

ath:AT5G61440

dosa:Os03g0326500

dosa:Os07g0684100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.964

排名 1 · TkA01G117400 · TK1151

细胞核0.036

排名 2 · TkA01G117400 · TK1151

线粒体0.027

排名 3 · TkA01G117400 · TK1151

细胞质0.019

排名 4 · TkA01G117400 · TK1151

细胞膜0.018

排名 5 · TkA01G117400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28846Countin_N2-25 aa

PF00085Thioredoxin111-181 aa

PF13098Thioredoxin_2115-156 aa

PF13905Thioredoxin_8117-165 aa

PF28846Countin_N179-207 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G117400	`PF28846`	Countin_N	2	25	0.089	13.8
TkA01G117400	`PF00085`	Thioredoxin	111	181	1.5e-13	51.3
TkA01G117400	`PF13098`	Thioredoxin_2	115	156	0.012	16.6
TkA01G117400	`PF13905`	Thioredoxin_8	117	165	0.011	16.8
TkA01G117400	`PF28846`	Countin_N	179	207	0.089	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64654`	拟南芥	sp\|O64654\|TRL11_ARATH Thioredoxin-like 1-1, chloroplastic	66.800%	Swiss-Prot	高置信
`O22779`	拟南芥	sp\|O22779\|TRL13_ARATH Thioredoxin-like 1-3, chloroplastic	70.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9XFI1`	拟南芥	sp\|Q9XFI1\|TRL12_ARATH Thioredoxin-like 1-2, chloroplastic	63.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q10M18`	水稻	sp\|Q10M18\|TRL12_ORYSJ Thioredoxin-like 1-2, chloroplastic	57.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z4N3`	水稻	sp\|Q6Z4N3\|TRL11_ORYSJ Thioredoxin-like 1-1, chloroplastic	69.100%	Swiss-Prot	中等置信

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