TkA01G102410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G102410

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 25940168-25948028 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1315 bp · TkA01G102410|TK1151|cDNA

AAACAATAAGAGCCTTATCTTCTCTATTTCACTCCGAGCAATCTTTGAGTAGCAATTTTATCGTTCTTCACATTATTCAAATCAGAATCCAAAATGTCTGCTGCTTCTTCGTCATTAATCTCCATTGCCAGTTCTTCAAATGCAACTTCTTCACTCCGCAACCCCAAAGCTCTTTACTTACAAACTCCCATAGTCTCAATCTCCAAATCCCACTTCAAAACCCCCAGAATTTCTCTCAATCTCGAAACCAATTACTTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · TkA01G102410|TK1151|CDS

ATGTCTGCTGCTTCTTCGTCATTAATCTCCATTGCCAGTTCTTCAAATGCAACTTCTTCACTCCGCAACCCCAAAGCTCTTTACTTACAAACTCCCATAGTCTCAATCTCCAAATCCCACTTCAAAACCCCCAGAATTTCTCTCAATCTCGAAACCAATTACTTGAAATTCCATTCCTTGCTTCGATCCTCCCTCCCAATTGCCAATTGCTCCTCATCCGGTGAAGCAATTCAAGTCGACGATAACCCAGAAGCAGAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

352 aa · TkA01G102410|TK1151|PROTEIN

MSAASSSLISIASSSNATSSLRNPKALYLQTPIVSISKSHFKTPRISLNLETNYLKFHSLLRSSLPIANCSSSGEAIQVDDNPEAEQVDDNPEAEQVDDNPEAEPSVIEDKLENDEADDDDYTDEEDEDEDEESEPESPEAGRLYIGNLPYAITSSELSQIFGEAGNVNSVEIVYDRVTDRSRGFAFITMASVQEAKEAIRMFNGSQIGGRAVKVNFPEVPRGGEREVMGPKIRSSNRDFIESPNKIYAGNLSWIITSEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G102410`
TK1151 ID	TkA01G102410
OH-1004 ID	LXL04_004841
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G102410

位置 Chr01:25940168-25948028 (-)

描述 Similar to 33 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52380`	可能参与叶绿体RNA的剪接和/或加工。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004841 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G52380

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.963

排名 1 · TkA01G102410 · TK1151

细胞核0.042

排名 2 · TkA01G102410 · TK1151

线粒体0.034

排名 3 · TkA01G102410 · TK1151

细胞质0.021

排名 4 · TkA01G102410 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA01G102410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05887Trypan_PARP78-159 aa

PF06524NOA3686-138 aa

PF28442DUF8400142-216 aa

PF16367RRM_7143-169 aa

PF00076RRM_1144-213 aa

PF22976RRM_10144-214 aa

PF30126YHR127W_C144-216 aa

PF26763Whi3-like_N144-205 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G102410	`PF05887`	Trypan_PARP	78	159	0.088	13.5
TkA01G102410	`PF06524`	NOA36	86	138	5.5	7.0
TkA01G102410	`PF28442`	DUF8400	142	216	1.6e-07	32.2
TkA01G102410	`PF16367`	RRM_7	143	169	0.0022	18.6
TkA01G102410	`PF00076`	RRM_1	144	213	1e-40	138.2
TkA01G102410	`PF22976`	RRM_10	144	214	5.3e-07	30.4
TkA01G102410	`PF30126`	YHR127W_C	144	216	0.0027	18.3
TkA01G102410	`PF26763`	Whi3-like_N	144	205	0.013	16.5
TkA01G102410	`PF28976`	RRM_ACIN1	144	207	0.22	12.4
TkA01G102410	`PF16842`	RRM_occluded	145	215	0.14	12.8
TkA01G102410	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	146	200	0.00063	20.8
TkA01G102410	`PF28441`	RRM_11	148	214	0.014	16.4
TkA01G102410	`PF13893`	RRM_5	152	242	0.00052	20.4
TkA01G102410	`PF11767`	SET_assoc	175	209	0.2	12.0
TkA01G102410	`PF11608`	RRM_MARF1	178	214	0.013	16.4
TkA01G102410	`PF24475`	RBD_DEAH11	182	216	0.00011	23.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39061`	拟南芥	sp\|Q39061\|CP33_ARATH RNA-binding protein CP33, chloroplastic	65.400%	Swiss-Prot	中等置信

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