RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G099400
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 25156433-25158555 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1173 bp · TkA01G099400|TK1151|cDNA

ATGGACACCAAACTAGTTGTTCCAGTCGTGATTTTTCTCCTCTTCCAGTACTCATCAGCAAAGCTAACATATAACGTCGTTAGTTTTGGAGCTAAATCCAACGGCCGCATAGACTCCAGAAATGCATTCTTGAAAGCATGGAGTTTGGCGTGTGCCTCCACTAAACCCGCCATCATATATGTGCCGACTGGCAGGTACTTGATTGCATCTGCGCTCACATTCTCTGGGCAATCATGTAAGAGCAAAGCCATAACAATTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1173 bp · TkA01G099400|TK1151|CDS

ATGGACACCAAACTAGTTGTTCCAGTCGTGATTTTTCTCCTCTTCCAGTACTCATCAGCAAAGCTAACATATAACGTCGTTAGTTTTGGAGCTAAATCCAACGGCCGCATAGACTCCAGAAATGCATTCTTGAAAGCATGGAGTTTGGCGTGTGCCTCCACTAAACCCGCCATCATATATGTGCCGACTGGCAGGTACTTGATTGCATCTGCGCTCACATTCTCTGGGCAATCATGTAAGAGCAAAGCCATAACAATTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

390 aa · TkA01G099400|TK1151|PROTEIN

MDTKLVVPVVIFLLFQYSSAKLTYNVVSFGAKSNGRIDSRNAFLKAWSLACASTKPAIIYVPTGRYLIASALTFSGQSCKSKAITIKIDGTLVAPSSDKFNRKRQIWIKLYRANHVTISGGSLDAQGGSLWACKSSRKTCPQGATTLGIYHSQNIVISNLRSINSQMFHIVLYACNNAKLKGVSISAPDLSPNTDGIHLLSSTGVTILNSKISTGDDCISIGPGNSNLWIEKVVCGPGHGWKVEEAGVQNVTVKTAKFIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G099400
TK1151 IDTkA01G099400
OH-1004 IDLXL04_004707
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)76.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G099400
位置Chr01:25156433-25158555 (-)
描述Similar to Polygalacturonase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g43860 可能的多聚半乳糖醛酸酶 At2g43860。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004707 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009835 fruit ripening 生物过程
GO:0009846 pollen germination 生物过程
GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程
GO:0048868 pollen tube development 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0031982 vesicle 细胞组分
GO:0043667 pollen wall 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G43860
ghi:107942091
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.866
排名 1 · TkA01G099400 · TK1151
细胞质0.053
排名 2 · TkA01G099400 · TK1151
细胞膜0.033
排名 3 · TkA01G099400 · TK1151
内质网0.033
排名 4 · TkA01G099400 · TK1151
溶酶体／液泡0.025
排名 5 · TkA01G099400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12708Pect-lyase_RHGA_epim25-73 aa
PF00295Glyco_hydro_2851-377 aa
PF12708Pect-lyase_RHGA_epim114-160 aa
PF18889Beta_helix_3116-128 aa
PF23376Fn3_VIN3125-174 aa
PF27800WcaM144-170 aa
PF05048NosD144-215 aa
PF13229Beta_helix146-262 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G099400PF12708Pect-lyase_RHGA_epim25736.1e-1246.5
TkA01G099400PF00295Glyco_hydro_28513771.3e-76258.5
TkA01G099400PF12708Pect-lyase_RHGA_epim1141606.1e-1246.5
TkA01G099400PF18889Beta_helix_31161280.1513.2
TkA01G099400PF23376Fn3_VIN31251740.08213.8
TkA01G099400PF27800WcaM1441700.02613.7
TkA01G099400PF05048NosD1442150.1412.3
TkA01G099400PF13229Beta_helix1462620.0002721.3
TkA01G099400PF05048NosD1522150.1412.3
TkA01G099400PF12708Pect-lyase_RHGA_epim1702676.1e-1246.5
TkA01G099400PF27800WcaM2193360.02613.7
TkA01G099400PF12708Pect-lyase_RHGA_epim2492926.1e-1246.5
TkA01G099400PF13229Beta_helix3153800.0002721.3
TkA01G099400PF05048NosD3243240.1412.3
TkA01G099400PF23376Fn3_VIN33293470.08213.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22818拟南芥sp|O22818|PGLR6_ARATH Probable polygalacturonase At2g4386050.000%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看