TkA01G099120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G099120

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 25090363-25098251 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2128 bp · TkA01G099120|TK1151|cDNA

AAAAAACATTAATTGTATGCTAGGCAGATTATTTTTGCCGGTAGCGCGAGGCCTTTTTTTTCTCTCAGTCTCACAAATATCACCAATTCCTGCCGATCGTTGCAGATAAAGAATCTTTATTCGAAAATTCCCCCAAATAAAGATTTATCCTTTTGCTTCATCTCGTTGCCCGAAAAGGGTACACACCGTTACCTCTCTTCCCTCTCAAAATTTCACCAATTTCTCATATGATTTTGGTTCATAGTGTCCATACCCATATC...

CDS

下载 CDS FASTA

5106 bp · TkA01G099120|TK1151|CDS

ATGGAGTGGGTCCGCAGGCTCAAGCGATCCCACAAACTCCACTTCATCGCTTTTCAGGAATCGCAATTTACTGACTCCTCAAAAATTCTCTTCGACAATTACTGGGATAGATCTGTTTTTGACTTCGATTTTGTTGATGCCAATGGTCGATCAGGAGGTCTTTACTGTATATGGGACCCCTCCATTTTTAAGAAAAAACAGGTGTTCAAATCCCAATTCTCCTTGATTATTGTGGGTTCTATGCAAGGTTTGACTGAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1701 aa · TkA01G099120|TK1151|PROTEIN

MEWVRRLKRSHKLHFIAFQESQFTDSSKILFDNYWDRSVFDFDFVDANGRSGGLYCIWDPSIFKKKQVFKSQFSLIIVGSMQGLTEDLIIANIYAPHCQTLKNDLWDNLVSIINLLNGPWILMGDFNDVRTPEERMNSRFCERGAKSFNSFITRAGLTEYSMGGRKFTYMTDGGEKLSKIDRMLINDNFLSRWPNASLTALPREFSDHCPLVLSTSFLDFGPSPFRFFNSWLSEPDFHQVVFNTAVTFDFEGPFDKLLPC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G099120`
TK1151 ID	TkA01G099120
OH-1004 ID	LXL04_014780
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.845 / OH-1004 43.963 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G099120

位置 Chr01:25090363-25098251 (-)

描述 Similar to Transposon TX1 uncharacterized 149 kDa protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g35220`	叶绿体中类囊体基粒和组织良好的片层发育所需的膜相关且不依赖于 ATP 的金属蛋白酶。	EGY1 encodes a membrane-associated and ATP-independent metalloprotease that is required for chloroplast development.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02308.x EGY1 plays a role in regulation of endodermal plastid size and number that are involved in ethylene-dependent gravitropism of light-grown Arabidopsis hypocotyls.2008 · DOI: 10.1007/s11103-007-9273-5 Arabidopsis plastid AMOS1/EGY1 integrates abscisic acid signaling to regulate global gene expression response to ammonium stress.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.206508
`At5g35210`	膜结合转录因子，参与质体到细胞核的逆向信号传导所必需。	暂无已核实直接文献
`UniProt: P92555`	未表征的线粒体蛋白 AtMg01250。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0792400`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8AD72`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献
`Os01g0142100`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014780 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0031571 mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0032197 retrotransposition 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程

GO:2000001 regulation of DNA damage checkpoint 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

hsa:55159

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.889

排名 1 · TkA01G099120 · TK1151

线粒体0.058

排名 2 · TkA01G099120 · TK1151

细胞质0.058

排名 3 · TkA01G099120 · TK1151

细胞膜0.054

排名 4 · TkA01G099120 · TK1151

过氧化物酶体0.048

排名 5 · TkA01G099120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03372Exo_endo_phos10-208 aa

PF13966zf-RVT58-99 aa

PF14529Exo_endo_phos_289-211 aa

PF02163Peptidase_M50462-471 aa

PF00078RVT_1492-741 aa

PF13966zf-RVT975-1028 aa

PF27677EGY3_M1298-1382 aa

PF02163Peptidase_M501454-1613 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G099120	`PF03372`	Exo_endo_phos	10	208	9.2e-07	29.6
TkA01G099120	`PF13966`	zf-RVT	58	99	0.053	14.9
TkA01G099120	`PF14529`	Exo_endo_phos_2	89	211	0.00014	22.4
TkA01G099120	`PF02163`	Peptidase_M50	462	471	1.4e-16	61.3
TkA01G099120	`PF00078`	RVT_1	492	741	1.1e-29	104.5
TkA01G099120	`PF13966`	zf-RVT	975	1028	0.053	14.9
TkA01G099120	`PF27677`	EGY3_M	1298	1382	4e-25	88.2
TkA01G099120	`PF02163`	Peptidase_M50	1454	1613	1.4e-16	61.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q949Y5`	拟南芥	sp\|Q949Y5\|EGY1_ARATH Probable zinc metalloprotease EGY1, chloroplastic	69.100%	Swiss-Prot	高置信
`F4JYC8`	拟南芥	sp\|F4JYC8\|PTM_ARATH DDT domain-containing protein PTM	81.800%	Swiss-Prot	低置信
`P92555`	拟南芥	sp\|P92555\|M1250_ARATH Uncharacterized mitochondrial protein AtMg01250	43.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q852K0`	水稻	sp\|Q852K0\|EGY1_ORYSJ Probable zinc metalloprotease EGY1, chloroplastic	77.400%	Swiss-Prot	高置信
`B8AD72`	水稻	sp\|B8AD72\|EGY2_ORYSI Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic	31.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0JQS5`	水稻	sp\|Q0JQS5\|EGY2_ORYSJ Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic	31.400%	Swiss-Prot	中等置信

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