TkA01G098840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G098840

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 25000975-25002607 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1147 bp · TkA01G098840|TK1151|cDNA

AGGATTCATGCGTAGCCAATTGTTAAACCCTACTACTGAAACTCCACTTCTGCTCAAAGCTTTCTAGGGTCTTGAATCAATTGGTCAATCATGTCTAATTTGGATATGTCCCTCGATGATATGATAAAGATGAACAAGAAATCAAAAGGGTCTGAAAACCCCAGATCCAAAGCTCGTAATTCCGGTCCAGGACCCTCTCGCCGTTTGCCCAATCGTGCCTCCAAAAGGTCGACACCATATGGCGCTCAAAAGGTCGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

771 bp · TkA01G098840|TK1151|CDS

ATGTCTAATTTGGATATGTCCCTCGATGATATGATAAAGATGAACAAGAAATCAAAAGGGTCTGAAAACCCCAGATCCAAAGCTCGTAATTCCGGTCCAGGACCCTCTCGCCGTTTGCCCAATCGTGCCTCCAAAAGGTCGACACCATATGGCGCTCAAAAGGTCGAAGCACCAGAAACAACATGGGGGCACGAAATGTTTGAAGGTAACGCTACAGCACACTCTGTAAGATCAAACAGGATGTCGACCGGAATAGAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

256 aa · TkA01G098840|TK1151|PROTEIN

MSNLDMSLDDMIKMNKKSKGSENPRSKARNSGPGPSRRLPNRASKRSTPYGAQKVEAPETTWGHEMFEGNATAHSVRSNRMSTGIETGTKLLIANLDYGVSNDDIKELFAEVGDIKRASIHYDRSGRSKGTAEVVFSRRRDAEMAIKKYDNVQLDGKPMKIELVGTNMGNDNPHANNQYGNQNGAPTRGGVMGRLRGAPRAVRGGGGGGGGGGGRGRGGGRGRGRGRGGERGGEKVSAEDLDADLEKYHSGSMQTD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G098840`
TK1151 ID	TkA01G098840
OH-1004 ID	LXL04_004892
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G098840

位置 Chr01:25000975-25002607 (+)

描述 Similar to ALY1: THO complex subunit 4A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59950`	参与剪接和未剪接 mRNA 核输出的输出适配器。	暂无已核实直接文献
`At5g02530`	参与剪接和未剪接 mRNA 核输出的输出适配器。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004892 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006405 RNA export from nucleus 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0016071 mRNA metabolic process 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0000346 transcription export complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G02530

ath:AT5G59950

mmu:56009

tgu:100190053

xla:734364

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.893

排名 1 · TkA01G098840 · TK1151

细胞质0.254

排名 2 · TkA01G098840 · TK1151

细胞膜0.019

排名 3 · TkA01G098840 · TK1151

线粒体0.017

排名 4 · TkA01G098840 · TK1151

内质网0.015

排名 5 · TkA01G098840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13865FoP_duplication3-16 aa

PF13865FoP_duplication20-44 aa

PF08777RRM_354-71 aa

PF13893RRM_581-174 aa

PF00076RRM_191-159 aa

PF30126YHR127W_C91-162 aa

PF08777RRM_395-163 aa

PF13865FoP_duplication181-196 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G098840	`PF13865`	FoP_duplication	3	16	4.6e-08	34.3
TkA01G098840	`PF13865`	FoP_duplication	20	44	4.6e-08	34.3
TkA01G098840	`PF08777`	RRM_3	54	71	0.016	16.0
TkA01G098840	`PF13893`	RRM_5	81	174	0.099	13.1
TkA01G098840	`PF00076`	RRM_1	91	159	3.7e-16	59.5
TkA01G098840	`PF30126`	YHR127W_C	91	162	0.013	16.2
TkA01G098840	`PF08777`	RRM_3	95	163	0.016	16.0
TkA01G098840	`PF13865`	FoP_duplication	181	196	4.6e-08	34.3
TkA01G098840	`PF13865`	FoP_duplication	199	253	4.6e-08	34.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L773`	拟南芥	sp\|Q8L773\|THO4A_ARATH THO complex subunit 4A	60.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8L719`	拟南芥	sp\|Q8L719\|THO4B_ARATH THO complex subunit 4B	53.600%	Swiss-Prot	中等置信

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