TkA01G098470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G098470

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 24868179-24870324 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1174 bp · TkA01G098470|TK1151|cDNA

GTTAAAATAAAATTTTGAAATTGCAAACTAACCCAATCCAGATTACTAATATTTGGCCATATATTTTACTATTACTATAAAAGAAATATAAAAATGAAATAACATCAACGGCCGACCGCTGCTGACGTATCAGAGACGCTTCCCATCTTTCTCTTCCTCTCTGTCTCCCTCTCATGTCTTCAGATCTCCTTCTCTGTTCTCTGTGATCTGGAACAACATTAGAAGTTACCAGTTCTCCTAGGGTTTTTTTTGCTCAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

675 bp · TkA01G098470|TK1151|CDS

ATGGCTGCTCCACCAGCCAGAGCTCGAGCGGATTACGATTACCTCATTAAGCTTCTTTTAATCGGCGACAGTGGGGGCAACGAGCGTTTTAATTGTGTTGGTAAGAGTTGTCTCCTTTTACGTTTCTCAGATGGTTCCTTCACCACTAGTTTCATTACAACCATAGGTATTGATTTTAAGATAAGGACCATTGAGCTTGATGGAAAACGAATCAAACTACAAATCTGGGACACTGCTGGCCAAGAACGATTCAGAACAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

224 aa · TkA01G098470|TK1151|PROTEIN

MAAPPARARADYDYLIKLLLIGDSGGNERFNCVGKSCLLLRFSDGSFTTSFITTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGILLVYDVTDESSFNNIRNWIRNIEQHASDNVNKILVGNKADMDESKRAVPTSKGQALADEYGIKFFETSAKTNMNVEEVFFSIARDIKHRLSESDSKPEPQTIKINQADQGAGTSSSQGGGSSSCCG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G098470`
TK1151 ID	TkA01G098470
OH-1004 ID	LXL04_004897
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G098470

位置 Chr01:24868179-24870324 (-)

描述 Similar to RABE1A: Ras-related protein RABE1a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53610`	参与从高尔基体到质膜的膜转运。	暂无已核实直接文献
`At3g46060`	参与从高尔基体到质膜的膜转运。	暂无已核实直接文献
`At5g03520`	参与从高尔基体到质膜的膜转运。	暂无已核实直接文献
`At3g09900`	参与从高尔基体到质膜的膜转运。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004897 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09900

ath:AT3G46060

ath:AT3G53610

ath:AT5G03520

bvg:104900163

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.499

排名 1 · TkA01G098470 · TK1151

细胞质0.488

排名 2 · TkA01G098470 · TK1151

细胞膜0.166

排名 3 · TkA01G098470 · TK1151

内质网0.166

排名 4 · TkA01G098470 · TK1151

溶酶体／液泡0.151

排名 5 · TkA01G098470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00071Ras17-185 aa

PF08477Roc17-138 aa

PF00025Arf32-177 aa

PF01926MMR_HSR133-136 aa

PF03193RsgA_GTPase33-41 aa

PF00009GTP_EFTU56-180 aa

PF03193RsgA_GTPase118-181 aa

PF22077C2c1_Nuc-II136-192 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G098470	`PF00071`	Ras	17	185	1.5e-64	217.2
TkA01G098470	`PF08477`	Roc	17	138	4.5e-31	108.3
TkA01G098470	`PF00025`	Arf	32	177	1.2e-13	51.6
TkA01G098470	`PF01926`	MMR_HSR1	33	136	0.0023	18.8
TkA01G098470	`PF03193`	RsgA_GTPase	33	41	0.085	13.4
TkA01G098470	`PF00009`	GTP_EFTU	56	180	6e-07	29.9
TkA01G098470	`PF03193`	RsgA_GTPase	118	181	0.085	13.4
TkA01G098470	`PF22077`	C2c1_Nuc-II	136	192	0.13	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O24466`	拟南芥	sp\|O24466\|RAE1A_ARATH Ras-related protein RABE1a	90.800%	Swiss-Prot	高置信
`P28186`	拟南芥	sp\|P28186\|RAE1C_ARATH Ras-related protein RABE1c	90.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZD4`	拟南芥	sp\|Q9LZD4\|RAE1D_ARATH Ras-related protein RABE1d	84.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SF91`	拟南芥	sp\|Q9SF91\|RAE1E_ARATH Ras-related protein RABE1e	85.100%	Swiss-Prot	高置信

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