TkA01G092600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G092600

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 23407425-23408751 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1244 bp · TkA01G092600|TK1151|cDNA

CAAAACCCATGAATAATCTCTACGATACAATCTCTCTTCTCTTGATTCTATCATCGTTCTCCTTCACTTATGGGTTCGGATCCATGGGTCCTATATCGGCTGTGTTTGGCCAAAATGACTTCTTTTGTGCCATTGATGCAAGTGGGAAGCAAGAAGTTATTTGCTGGGGGAAGAACACGAGTTCGTCTTCTTCGACTTCCTCGGTGTTCGCTATTGATGTCCCGCCCATGGCAGCTTTGAGTGGAGGTTACGGGTTTATG...

CDS

下载 CDS FASTA

723 bp · TkA01G092600|TK1151|CDS

ATGCATCTTGTTGGGACTCTACGGGTTCCACTTCTGATCTTGTTCCTCAGCGATTCCGGTTCGGTTGATTGCTGGGACATCGTTGAAACGTCAGGAAATCGGTTCAGTTCAAAACAGAGTGCTCTGTACTACAATCAAGAAATCAGCTCGCTTTCCTTCAAAAAGATTGTGTCTGGTGAAGGGTTTAGCTGCGGCGCTCTTAAAGATGGTGGGATTAAATGTTGGGGCCCAACGGCCTCGAATTTAGGCGTTCCTAATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

240 aa · TkA01G092600|TK1151|PROTEIN

MHLVGTLRVPLLILFLSDSGSVDCWDIVETSGNRFSSKQSALYYNQEISSLSFKKIVSGEGFSCGALKDGGIKCWGPTASNLGVPNLPEKLLALASGKSSVCGVLESSGEIKCWGDGDSSFSNSSILDPPIGASFVALAIGSQHFCGIRNDNHAIECWGKVNSSSIPKDSGFLSIASSDSITCGIREDDLVLDCWFANTSSPSDDIDPPLQLCSPGLCTPGSLAEKGNSLSTRVFFTNQI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G092600`
TK1151 ID	TkA01G092600
OH-1004 ID	LXL04_004973
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 83.750 / OH-1004 26.447 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G092600

位置 Chr01:23407425-23408751 (+)

描述 Similar to CCR1: Serine/threonine-protein kinase-like protein CCR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09780`	活性低的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At2g39180`	活性低的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004973 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009786 regulation of asymmetric cell division 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0032877 positive regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048439 flower morphogenesis 生物过程

GO:0048829 root cap development 生物过程

GO:0090392 sepal giant cell differentiation 生物过程

GO:0090627 plant epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39180

ath:AT3G09780

ath:AT3G59420

dosa:Os03g0637800

zma:542346

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.271

排名 1 · TkA01G092600 · TK1151

内质网0.164

排名 2 · TkA01G092600 · TK1151

溶酶体／液泡0.156

排名 3 · TkA01G092600 · TK1151

细胞膜0.151

排名 4 · TkA01G092600 · TK1151

细胞质0.146

排名 5 · TkA01G092600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13540RCC1_214-25 aa

PF25390WD40_RLD47-115 aa

PF13540RCC1_253-76 aa

PF25390WD40_RLD86-160 aa

PF13540RCC1_294-118 aa

PF13540RCC1_2136-160 aa

PF13540RCC1_2174-191 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G092600	`PF13540`	RCC1_2	14	25	9.2e-13	48.3
TkA01G092600	`PF25390`	WD40_RLD	47	115	0.00091	19.4
TkA01G092600	`PF13540`	RCC1_2	53	76	9.2e-13	48.3
TkA01G092600	`PF25390`	WD40_RLD	86	160	0.00091	19.4
TkA01G092600	`PF13540`	RCC1_2	94	118	9.2e-13	48.3
TkA01G092600	`PF13540`	RCC1_2	136	160	9.2e-13	48.3
TkA01G092600	`PF13540`	RCC1_2	174	191	9.2e-13	48.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S7D9`	拟南芥	sp\|Q9S7D9\|ACCR1_ARATH Serine/threonine-protein kinase-like protein CCR1	50.500%	Swiss-Prot	高置信
`O80963`	拟南芥	sp\|O80963\|ACCR2_ARATH Serine/threonine-protein kinase-like protein CCR2	43.600%	Swiss-Prot	低置信

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