TkA01G090320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G090320

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 22934185-22937156 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2215 bp · TkA01G090320|TK1151|cDNA

TTATTGGGTCCACAGTCACCTACCTGTACCGTTAATAAAACTCCGAGAACCCTCGATGTCCATTCGGTCTGTCGAAACCATCAGCGCTTTCCTGTCCCGCCTCCGCCTTCATCTCCACTGCCAGCATCACCCTATTCCGCCTCCGGAAACCTACACAGAGCTCAAAATGGAAGCCCTATGTTTCACTCCTTACGTCAAAATACCTAACAATGGCGTCATATTGCATAATGTCAACATAACCAGGAGAAGGAGGTATTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1917 bp · TkA01G090320|TK1151|CDS

ATGTCCATTCGGTCTGTCGAAACCATCAGCGCTTTCCTGTCCCGCCTCCGCCTTCATCTCCACTGCCAGCATCACCCTATTCCGCCTCCGGAAACCTACACAGAGCTCAAAATGGAAGCCCTATGTTTCACTCCTTACGTCAAAATACCTAACAATGGCGTCATATTGCATAATGTCAACATAACCAGGAGAAGGAGGTATTCCGTCTCCGCCACCATGTCCAAGTCAAAGGCGGAGGTCGAATTGCTATCTGCGACGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

638 aa · TkA01G090320|TK1151|PROTEIN

MSIRSVETISAFLSRLRLHLHCQHHPIPPPETYTELKMEALCFTPYVKIPNNGVILHNVNITRRRRYSVSATMSKSKAEVELLSATEASSINAVLRTREQHPPVLRVSSSSLQYESGKLGAVPDHKVEEGNGALSEMEYLTNILSSNRVYDVAIESPLSLAPKLSERLGVNIWLKREDLQPVFSFKLRGAYNMMAKLPKEQLSQGVICSSAGNHAQGVALAAKTLGCDAVIVMPVTTPQIKWESVKRLGATVVLEGDSYD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G090320`
TK1151 ID	TkA01G090320
OH-1004 ID	LXL04_005070
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G090320

位置 Chr01:22934185-22937156 (-)

描述 Similar to TD1: Threonine dehydratase 1 biosynthetic, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g10050`	催化苏氨酸生成α-酮丁酸的两步反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005070 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002213 defense response to insect 生物过程

GO:0006565 L-serine catabolic process 生物过程

GO:0006566 L-threonine metabolic process 生物过程

GO:0006567 L-threonine catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009097 isoleucine biosynthetic process 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程

GO:0051289 protein homotetramerization 生物过程

GO:0080027 response to herbivore 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003941 L-serine ammonia-lyase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G10050

bmj:BMULJ_02699

bmu:Bmul_0562

nau:109229701

sly:100037737

sly:543983

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.844

排名 1 · TkA01G090320 · TK1151

线粒体0.163

排名 2 · TkA01G090320 · TK1151

细胞质0.070

排名 3 · TkA01G090320 · TK1151

过氧化物酶体0.042

排名 4 · TkA01G090320 · TK1151

细胞核0.033

排名 5 · TkA01G090320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00667FAD_binding_143-87 aa

PF00585Thr_dehydrat_C51-87 aa

PF01906YbjQ_163-97 aa

PF00291PALP155-440 aa

PF00107ADH_zinc_N218-270 aa

PF01906YbjQ_1221-254 aa

PF00107ADH_zinc_N396-424 aa

PF00585Thr_dehydrat_C454-544 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G090320	`PF00667`	FAD_binding_1	43	87	0.069	13.4
TkA01G090320	`PF00585`	Thr_dehydrat_C	51	87	2.4e-47	159.4
TkA01G090320	`PF01906`	YbjQ_1	63	97	0.21	12.9
TkA01G090320	`PF00291`	PALP	155	440	1.1e-81	275.1
TkA01G090320	`PF00107`	ADH_zinc_N	218	270	0.034	14.8
TkA01G090320	`PF01906`	YbjQ_1	221	254	0.21	12.9
TkA01G090320	`PF00107`	ADH_zinc_N	396	424	0.034	14.8
TkA01G090320	`PF00585`	Thr_dehydrat_C	454	544	2.4e-47	159.4
TkA01G090320	`PF22190`	TTHA0829-like_ACT	466	511	0.0068	17.1
TkA01G090320	`PF01906`	YbjQ_1	542	553	0.21	12.9
TkA01G090320	`PF00585`	Thr_dehydrat_C	550	636	2.4e-47	159.4
TkA01G090320	`PF22190`	TTHA0829-like_ACT	564	595	0.0068	17.1
TkA01G090320	`PF01906`	YbjQ_1	594	611	0.21	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSS6`	拟南芥	sp\|Q9ZSS6\|THD1_ARATH Threonine dehydratase biosynthetic, chloroplastic	75.700%	Swiss-Prot	高置信

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