TkA01G090080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G090080

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 22887056-22900807 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2661 bp · TkA01G090080|TK1151|cDNA

TTTAGTTTGAGTATTGTGTTAGTTCAGATTCTCTTTTTACTTTATTTCCATGAGTCGATTGATGATATCAAATAACTTATATTCTTGTATGTATACATTCTTTCCAATGTATATTTCTTGGATATGATGCCATATAGTTGTCATAATTAAATTACTCGCCTAATTGTATTGCACTTTTATATATTTCACGTTTTACTATGTTAATCACGTTCCTGATGTTAATCACGTTCCTGACATATTTCCCTAATCATTAACAATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

5442 bp · TkA01G090080|TK1151|CDS

ATGAGAAGTAAAAGGCTAGAATCTTCCTTCCCCTTAACAGATCGCGACATTGAGAATTCAGGAGAAGGAAGTGGCGATTTTGAGAAGCTTCAAGAACATGAGCTGATTTTCAAAGAAATACAAGGATTGGAGGTGAAATTGAAGAAGATTGAAGTGTTTAAAGGTAAGGAATCATCTCCTATGCTTAAGATTTTCGTTTTTATGGTTGGAGGTTCAAACCCAAGTCAAGTTTTGATAAAATTGGAGGTAGTAGTTCTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1813 aa · TkA01G090080|TK1151|PROTEIN

MRSKRLESSFPLTDRDIENSGEGSGDFEKLQEHELIFKEIQGLEVKLKKIEVFKGKESSPMLKIFVFMVGGSNPSQVLIKLEVVVLMHRKFGSFEVMLARGMKIWSLSIRQFSLYYDDDKKKVVINSIEGPIIGTTALIWPGGRSHRHTDLCHDKLVSLRGSSAKEITRDALLEKVTQEREFRNYMRRATAASLFIQRVWRRYASTKMAAAHLREEWQEMLKCHPVPITRAWISNNLLKPFLFFIRISATRHQRFEDRDV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G090080`
TK1151 ID	TkA01G090080
OH-1004 ID	LXL04_005069
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 60.397 / OH-1004 96.919 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G090080

位置 Chr01:22887056-22900807 (-)

描述 Similar to UPL7: E3 ubiquitin-protein ligase UPL7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53090`	可能的E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005069 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G17205

ath:AT3G53090

hsa:89910

mmu:117146

xtr:780337

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.411

排名 1 · TkA01G090080 · TK1151

细胞膜0.232

排名 2 · TkA01G090080 · TK1151

细胞核0.209

排名 3 · TkA01G090080 · TK1151

线粒体0.174

排名 4 · TkA01G090080 · TK1151

内质网0.150

排名 5 · TkA01G090080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16058Mucin-like563-567 aa

PF00632HECT965-1252 aa

PF02987LEA_41328-1348 aa

PF28971COR151329-1406 aa

PF02987LEA_41360-1391 aa

PF02987LEA_41383-1417 aa

PF28971COR151397-1470 aa

PF02987LEA_41415-1444 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G090080	`PF16058`	Mucin-like	563	567	0.15	13.2
TkA01G090080	`PF00632`	HECT	965	1252	6.4e-84	282.9
TkA01G090080	`PF02987`	LEA_4	1328	1348	4e-99	325.0
TkA01G090080	`PF28971`	COR15	1329	1406	3.6e-12	47.1
TkA01G090080	`PF02987`	LEA_4	1360	1391	4e-99	325.0
TkA01G090080	`PF02987`	LEA_4	1383	1417	4e-99	325.0
TkA01G090080	`PF28971`	COR15	1397	1470	3.6e-12	47.1
TkA01G090080	`PF02987`	LEA_4	1415	1444	4e-99	325.0
TkA01G090080	`PF16058`	Mucin-like	1423	1423	0.15	13.2
TkA01G090080	`PF02987`	LEA_4	1445	1480	4e-99	325.0
TkA01G090080	`PF28971`	COR15	1468	1532	3.6e-12	47.1
TkA01G090080	`PF02987`	LEA_4	1486	1524	4e-99	325.0
TkA01G090080	`PF16058`	Mucin-like	1507	1576	0.15	13.2
TkA01G090080	`PF02987`	LEA_4	1518	1550	4e-99	325.0
TkA01G090080	`PF28971`	COR15	1524	1598	3.6e-12	47.1
TkA01G090080	`PF02987`	LEA_4	1551	1590	4e-99	325.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCQ2`	拟南芥	sp\|Q9SCQ2\|UPL7_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase UPL7	55.900%	Swiss-Prot	高置信

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