TkA01G088620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G088620

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 22559171-22560349 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1179 bp · TkA01G088620|TK1151|cDNA

ATGAAGAAAGGGTTTAAGCTTTCAAAACTAATTTCTTTCAGCATTTCCGACTATTGCCATTATCACCAATCTCATATTCGAGCTCGTCGTCCTGTAAATTCTCCATCGTTAATTAGATTGTTCTCATCATCATATAACAATAGGTCCAACGATGGTTACGGCGGTGGTCGATCACCACCAAGACGACGCTCTGGCGATGGATTCAGCACATCAGATCGAACTCCTTCGTCAAGACCTTCCGGCTTCGTTGACAGAAATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1179 bp · TkA01G088620|TK1151|CDS

ATGAAGAAAGGGTTTAAGCTTTCAAAACTAATTTCTTTCAGCATTTCCGACTATTGCCATTATCACCAATCTCATATTCGAGCTCGTCGTCCTGTAAATTCTCCATCGTTAATTAGATTGTTCTCATCATCATATAACAATAGGTCCAACGATGGTTACGGCGGTGGTCGATCACCACCAAGACGACGCTCTGGCGATGGATTCAGCACATCAGATCGAACTCCTTCGTCAAGACCTTCCGGCTTCGTTGACAGAAATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

392 aa · TkA01G088620|TK1151|PROTEIN

MKKGFKLSKLISFSISDYCHYHQSHIRARRPVNSPSLIRLFSSSYNNRSNDGYGGGRSPPRRRSGDGFSTSDRTPSSRPSGFVDRNDDRGAGDNRGRRHEGGKRDFDTNRKPRYDDDNRYRQSNRTDSRKSETNSSYLPFDDDDEQKPQFSPSSQVKDTKLQDVDGFLDRFKLGFDEEKSNSVSDKLDTGEGKVAAEESQSPPPSPEDSDEIFRKMKETGLIPNAVAMLHGLSSDGLVQEAMKLFGVMREKGSIPEVVIY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G088620`
TK1151 ID	TkA01G088620
OH-1004 ID	LXL04_014874
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	93.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 12.500 / OH-1004 9.703 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G088620

位置 Chr01:22559171-22560349 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g38150`	含五重复肽结构蛋白 At4g38150。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014874 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.509

排名 1 · TkA01G088620 · TK1151

线粒体0.369

排名 2 · TkA01G088620 · TK1151

细胞核0.084

排名 3 · TkA01G088620 · TK1151

细胞质0.040

排名 4 · TkA01G088620 · TK1151

细胞膜0.014

排名 5 · TkA01G088620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N126-162 aa

PF01979Amidohydro_1202-291 aa

PF01535PPR206-220 aa

PF13041PPR_2209-226 aa

PF13812PPR_3211-226 aa

PF13041PPR_2227-253 aa

PF01535PPR227-252 aa

PF29070MSC6_N227-314 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G088620	`PF29070`	MSC6_N	126	162	8.1e-05	22.6
TkA01G088620	`PF01979`	Amidohydro_1	202	291	0.24	11.3
TkA01G088620	`PF01535`	PPR	206	220	4.5e-23	80.5
TkA01G088620	`PF13041`	PPR_2	209	226	1.6e-28	99.2
TkA01G088620	`PF13812`	PPR_3	211	226	4.5e-12	46.6
TkA01G088620	`PF13041`	PPR_2	227	253	1.6e-28	99.2
TkA01G088620	`PF01535`	PPR	227	252	4.5e-23	80.5
TkA01G088620	`PF29070`	MSC6_N	227	314	8.1e-05	22.6
TkA01G088620	`PF12854`	PPR_1	228	249	8.5e-21	74.1
TkA01G088620	`PF23276`	TPR_24	234	345	6.4e-08	33.3
TkA01G088620	`PF17177`	PPR_long	238	313	2.3e-07	31.1
TkA01G088620	`PF13812`	PPR_3	247	299	4.5e-12	46.6
TkA01G088620	`PF12854`	PPR_1	251	284	8.5e-21	74.1
TkA01G088620	`PF13041`	PPR_2	255	304	1.6e-28	99.2
TkA01G088620	`PF01535`	PPR	258	288	4.5e-23	80.5
TkA01G088620	`PF10037`	MRP-S27	259	320	0.12	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZL5`	拟南芥	sp\|Q9SZL5\|PP356_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g38150	63.600%	Swiss-Prot	低置信

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