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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G078560
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 20084691-20087415 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1615 bp · TkA01G078560|TK1151|cDNA

AAAAAACGACCTTTATGAATATAGATAAACGAATTTTTTTGTTTATTGAATTCATCACAACCTAAATAAGTATATACCGTACCGGGATAGTTTTTGTAACTTTCCCCAAAGACCCTCCAGACGGCAGACACCCTTTTGCGATTTCCCCCAGGGAAGGGTCGTCGCCACTCGCCACCACCGTGATTGCTACCGCCGGCGTCCACTACTCCGTCTAGACGCGACTCCTGGTAGAAAATGGAGCAAAGGATAGCTACTTCCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1275 bp · TkA01G078560|TK1151|CDS

ATGGAGCAAAGGATAGCTACTTCCCTAATAATGACAGTGAACGAAAAGAAATTCATCGAGAGCGCGTTACTTTCAGACATTAGGGTTGATGGTCGTCACCCTTTCGACTATAGAACCCTAACTATCACTTTCGGCAGCGAAGATGGTTCATCAGAAGTGCAGCTTGGACAAACTCAAGTGATTGGTTTTGTGACAGCCCAATTAGTTCAACCGTATAGAGATAGACCAAATGAAGGAACATTTGCGATTTACACAGAATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

424 aa · TkA01G078560|TK1151|PROTEIN

MEQRIATSLIMTVNEKKFIESALLSDIRVDGRHPFDYRTLTITFGSEDGSSEVQLGQTQVIGFVTAQLVQPYRDRPNEGTFAIYTEFSPMADPSFETGRPTDFAIELGRIIDRGLRESRAVDTESLCVIAGKLVWSIRIDLHIIDNGGNLVDAANIAALAALSTFRRSECTFGGEDGQELIVHPPHEREPLPLIIHHLPVAVTFGFIGKENIVIIDPTHYEEAIMGGSMTATLNTNGDICAIQKAGGDGVPQSVIMQCLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G078560
TK1151 IDTkA01G078560
OH-1004 IDLXL04_005167
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G078560
位置Chr01:20084691-20087415 (+)
描述Similar to RRP45B: Exosome complex component RRP45B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g60500 可能的 3'->5' 核糖核酸外切酶通过控制 CER3 的表达参与角质层蜡生物合成的调节。
A core subunit of the RNA-processing/degrading exosome specifically influences cuticular wax biosynthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049304
RDR1 and SGS3, components of RNA-mediated gene silencing, are required for the regulation of cuticular wax biosynthesis in developing inflorescence stems of Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.199646
At3g12990 可能的 3'->5' 核糖核酸外切酶参与角质层蜡生物合成的调节。
A core subunit of the RNA-processing/degrading exosome specifically influences cuticular wax biosynthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049304

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005167 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程
GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程
GO:0016075 rRNA catabolic process 生物过程
GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程
GO:0034473 U1 snRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0034475 U4 snRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0034476 U5 snRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G12990
ath:AT3G60500
dre:450057
rno:294975
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.740
排名 1 · TkA01G078560 · TK1151
细胞质0.404
排名 2 · TkA01G078560 · TK1151
线粒体0.029
排名 3 · TkA01G078560 · TK1151
细胞膜0.021
排名 4 · TkA01G078560 · TK1151
内质网0.018
排名 5 · TkA01G078560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01138RNase_PH37-166 aa
PF03725RNase_PH_C197-263 aa
PF01138RNase_PH258-322 aa
PF21811RdfA310-398 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G078560PF01138RNase_PH371669.1e-2898.0
TkA01G078560PF03725RNase_PH_C1972632.6e-1660.1
TkA01G078560PF01138RNase_PH2583229.1e-2898.0
TkA01G078560PF21811RdfA3103980.2112.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M209拟南芥sp|Q9M209|CER7_ARATH Exosome complex component RRP45B55.600%Swiss-Prot高置信
Q9LDM2拟南芥sp|Q9LDM2|CER7L_ARATH Exosome complex component RRP45A69.400%Swiss-Prot中等置信

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