TkA01G078410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G078410

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 20031513-20036035 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1981 bp · TkA01G078410|TK1151|cDNA

TTGCTAACCGAAGTCCTTGCAAAAGTAAAAACCTAGCCACATACGGAAAGGAGGAGTCGTGTTTAGAAAATATAACTGTCATTTGTTTTCCGGATCATTGTGGACAAAACAAGCGAGAGATTAACCCCAAATCAATCCCCGATCTCAAACTCACCACACACATAAATACACTCTAGATTGGACGATACTAAGTGAAACGCCAAATCTCTTCAATGCCGAGCGATCAAGCCGAGCTCAATTCCGAACAGGTTCTGAGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1362 bp · TkA01G078410|TK1151|CDS

ATGCCGAGCGATCAAGCCGAGCTCAATTCCGAACAGGTTCTGAGGAGGGATATCCCATGGGAGACCTACATGACAACAAAGCTGATCACAGGAACATCCCTTCAGCTATTAAGGCGCTATGACAAAAAGACTGAAAATGACAGGGCACAACTGCTTGACAATGATGGTCCGTCTTATATTCATGTTTTTATTAGCATCTTGCGCGACATACAGAAAGAGGACACAGTTGAATACGTGATGGCTTTAATCGATGAGTTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

453 aa · TkA01G078410|TK1151|PROTEIN

MPSDQAELNSEQVLRRDIPWETYMTTKLITGTSLQLLRRYDKKTENDRAQLLDNDGPSYIHVFISILRDIQKEDTVEYVMALIDELLTASPKRAKLFHDKSLENEDIYEPFLRLLWKGSWFIQEKSSKILTLIVSARPKQSGHSANGQSTDSKKKIISSADVLKGLVDWLCIQLKKPSHPTRSIPTSVNCLSTLLKEPVVRSSFVQADGVKLLVPLISPASTQQSIQLLYETCLCVWLLSYYEPAIEYLATSRALPRLLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G078410`
TK1151 ID	TkA01G078410
OH-1004 ID	LXL04_005171
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G078410

位置 Chr01:20031513-20036035 (-)

描述 Similar to VHA-H: V-type proton ATPase subunit H

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g42050`	液泡ATP酶周边V1复合物的亚基。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0549700`	液泡ATP酶周边V1复合物的亚基。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005171 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0000221 vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G42050

ddi:DDB_G0274553

mmu:108664

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.573

排名 1 · TkA01G078410 · TK1151

细胞核0.248

排名 2 · TkA01G078410 · TK1151

高尔基体0.204

排名 3 · TkA01G078410 · TK1151

溶酶体／液泡0.161

排名 4 · TkA01G078410 · TK1151

细胞膜0.106

排名 5 · TkA01G078410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03224V-ATPase_H_N8-324 aa

PF25598ARM_PUB34-225 aa

PF04078Rcd147-196 aa

PF13646HEAT_257-83 aa

PF11698V-ATPase_H_C59-85 aa

PF24768ARM_ARMC560-102 aa

PF23654ARM_LIN_2nd61-86 aa

PF08216CTNNBL72-87 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G078410	`PF03224`	V-ATPase_H_N	8	324	4.2e-82	276.8
TkA01G078410	`PF25598`	ARM_PUB	34	225	8.2e-05	22.9
TkA01G078410	`PF04078`	Rcd1	47	196	0.0039	17.3
TkA01G078410	`PF13646`	HEAT_2	57	83	0.044	14.8
TkA01G078410	`PF11698`	V-ATPase_H_C	59	85	1.2e-40	139.0
TkA01G078410	`PF24768`	ARM_ARMC5	60	102	0.00024	21.3
TkA01G078410	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	61	86	0.0075	16.6
TkA01G078410	`PF08216`	CTNNBL	72	87	0.0011	18.2
TkA01G078410	`PF04826`	Arm_2	110	131	0.0025	18.1
TkA01G078410	`PF24768`	ARM_ARMC5	158	250	0.00024	21.3
TkA01G078410	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	183	195	0.0075	16.6
TkA01G078410	`PF04078`	Rcd1	185	275	0.0039	17.3
TkA01G078410	`PF13646`	HEAT_2	186	203	0.044	14.8
TkA01G078410	`PF30196`	WRM1_C	187	279	0.11	12.2
TkA01G078410	`PF08216`	CTNNBL	188	222	0.0011	18.2
TkA01G078410	`PF00514`	Arm	205	227	1.8e-05	25.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX65`	拟南芥	sp\|Q9LX65\|VATH_ARATH V-type proton ATPase subunit H	77.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q84ZC0`	水稻	sp\|Q84ZC0\|VATH_ORYSJ Probable V-type proton ATPase subunit H	73.100%	Swiss-Prot	高置信

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