TkA01G076870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G076870

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 19646611-19649701 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

607 bp · TkA01G076870|TK1151|cDNA

TTATAACCCGCTTTTTGTAATTTTATCTGATGTCTAGAGAGAGGGACCCGCTGGTGATTGGACGTGTGATTGGAGATGTTCTTGACGGTTTCACAAAGTCGATTAACCTTTCTGTAACGTACAACGATCGGGTGGTTAACAATGGCTGCGAGCTTAAACCCTCTCAGGTCGTCAATCAACCTAGGGCTGATATCGGAGGGGATGACCTCCGAGCTTTTCACACTTTGGTTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAGTCCTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

324 bp · TkA01G076870|TK1151|CDS

ATGTCTAGAGAGAGGGACCCGCTGGTGATTGGACGTGTGATTGGAGATGTTCTTGACGGTTTCACAAAGTCGATTAACCTTTCTGTAACGTACAACGATCGGGTGGTTAACAATGGCTGCGAGCTTAAACCCTCTCAGGTCGTCAATCAACCTAGGGCTGATATCGGAGGGGATGACCTCCGAGCTTTTCACACTTTGGTTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAGTCCTAGTAATCCTAACCTTAGAGAATACTTGCATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

107 aa · TkA01G076870|TK1151|PROTEIN

MSRERDPLVIGRVIGDVLDGFTKSINLSVTYNDRVVNNGCELKPSQVVNQPRADIGGDDLRAFHTLVMVDPDAPSPSNPNLREYLHWLVTDIPADHGCTFWARSCVL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G076870`
TK1151 ID	TkA01G076870
OH-1004 ID	LXL04_005194
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.654 / OH-1004 45.972 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G076870

位置 Chr01:19646611-19649701 (+)

描述 Similar to HD3A: Protein HEADING DATE 3A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65480`	移动花促进信号（花刺激或开花激素）的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At4g20370`	可能通过干扰激酶及其效应器形成与磷酸化配体的复合物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0157700`	可能的移动促花信号，从叶子移动到茎尖分生组织并诱导开花。	Hd3a, a rice ortholog of the Arabidopsis FT gene, promotes transition to flowering downstream of Hd1 under short-day conditions.2002 · DOI: 10.1093/pcp/pcf156 Hd3a protein is a mobile flowering signal in rice.2007 · DOI: 10.1126/science.1141753 Hd3a and RFT1 are essential for flowering in rice.2008 · DOI: 10.1242/dev.008631 A gene network for long-day flowering activates RFT1 encoding a mobile flowering signal in rice.2009 · DOI: 10.1242/dev.040170
`Os06g0157500`	可能的移动促花信号，从叶子移动到茎尖分生组织并诱导开花。	Hd3a and RFT1 are essential for flowering in rice.2008 · DOI: 10.1242/dev.008631 A gene network for long-day flowering activates RFT1 encoding a mobile flowering signal in rice.2009 · DOI: 10.1242/dev.040170 OsFTIP1-Mediated Regulation of Florigen Transport in Rice Is Negatively Regulated by the Ubiquitin-Like Domain Kinase OsUbDKγ4.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00728

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005194 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010022 meristem determinacy 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010220 positive regulation of vernalization response 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048572 short-day photoperiodism 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65480

bdi:100831221

bdi:100838275

dosa:Os06g0157500

dosa:Os06g0157700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.518

排名 1 · TkA01G076870 · TK1151

细胞核0.348

排名 2 · TkA01G076870 · TK1151

细胞外0.137

排名 3 · TkA01G076870 · TK1151

线粒体0.130

排名 4 · TkA01G076870 · TK1151

过氧化物酶体0.066

排名 5 · TkA01G076870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01161PBP65-95 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G076870	`PF01161`	PBP	65	95	5.2e-09	37.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SXZ2`	拟南芥	sp\|Q9SXZ2\|FT_ARATH Protein FLOWERING LOCUS T	70.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9S7R5`	拟南芥	sp\|Q9S7R5\|TSF_ARATH Protein TWIN SISTER of FT	67.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q93WI9`	水稻	sp\|Q93WI9\|HD3A_ORYSJ Protein HEADING DATE 3A	68.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VWH2`	水稻	sp\|Q8VWH2\|RFT1_ORYSJ Protein RICE FLOWERING LOCUS T 1	69.700%	Swiss-Prot	高置信

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