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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G073490
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 18837482-18838835 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

691 bp · TkA01G073490|TK1151|cDNA

CTGAAGTCAATTACACAACTATTCTATGGTAGTCGGAGCAGACAGTTGAAGGGACTGCAATACAGACAGAGAAATGCCTCCACAACAACCGTGCCGGAACTTCCAGCGTGGATACTGTAAATATGGCGAACACTGCAAGTTTCTTCATGGAAATCAGCAGCAAGCAAAACCGAATCCTTTTGGATTTGGCTCACAAAACGCTACACAATCTCCGCGTACTGATCCCCAACCTCAAAAACCCAACCCGTTTGGGTTCGGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

618 bp · TkA01G073490|TK1151|CDS

ATGCCTCCACAACAACCGTGCCGGAACTTCCAGCGTGGATACTGTAAATATGGCGAACACTGCAAGTTTCTTCATGGAAATCAGCAGCAAGCAAAACCGAATCCTTTTGGATTTGGCTCACAAAACGCTACACAATCTCCGCGTACTGATCCCCAACCTCAAAAACCCAACCCGTTTGGGTTCGGTGTTCAGAACAACTCGCAGACTGGATCTAAACCTAATCAATTCAAGCCTGGTGAAAATAAATGGAGCCGATTTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

206 aa · TkA01G073490|TK1151|PROTEIN

MPPQQPCRNFQRGYCKYGEHCKFLHGNQQQAKPNPFGFGSQNATQSPRTDPQPQKPNPFGFGVQNNSQTGSKPNQFKPGENKWSRFSPINNANPPAPQKQDNQANHVCTDSESCKRQINEDYQHEKPLWKLTCYGHCKYGPCDIIGDISIEELRAAAYDDAKRGMNIQTIVEKERSLVNSKLIEFENLLRNPYIKHLHKIQLLLPK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G073490
TK1151 IDTkA01G073490
OH-1004 IDLXL04_003005
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.689 / OH-1004 52.877
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G073490
位置Chr01:18837482-18838835 (-)
描述Similar to CG1: Zinc finger CCCH domain-containing protein 16
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g75340 含锌指 CCCH 结构域的蛋白 16。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0704300 转录激活因子，可结合双链DNA及单链RNA聚合物poly(rA)、poly(rU)和poly(rG)，但不结合poly(rC)。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003005 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:1900458 negative regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分
GO:0005643 nuclear pore 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G75340
dosa:Os06g0704300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.776
排名 1 · TkA01G073490 · TK1151
细胞质0.342
排名 2 · TkA01G073490 · TK1151
线粒体0.028
排名 3 · TkA01G073490 · TK1151
细胞膜0.028
排名 4 · TkA01G073490 · TK1151
内质网0.023
排名 5 · TkA01G073490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25586zf-CCCH_PAN34-27 aa
PF00642zf-CCCH5-26 aa
PF18044zf-CCCH_46-25 aa
PF14608zf-CCCH_26-26 aa
PF16131Torus6-26 aa
PF18345zf_CCCH_47-25 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L7-25 aa
PF25427zf-CCCH_UNK11-30 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G073490PF25586zf-CCCH_PAN34271.29.6
TkA01G073490PF00642zf-CCCH5263.1e-0834.1
TkA01G073490PF18044zf-CCCH_46255.4e-0626.8
TkA01G073490PF14608zf-CCCH_26260.001319.9
TkA01G073490PF16131Torus6260.008517.4
TkA01G073490PF18345zf_CCCH_47252.5e-0628.1
TkA01G073490PF25585zf-CCCH_DUS3L7250.02115.5
TkA01G073490PF25427zf-CCCH_UNK11300.01715.7
TkA01G073490PF00642zf-CCCH1061163.1e-0834.1
TkA01G073490PF18345zf_CCCH_41081152.5e-0628.1
TkA01G073490PF14608zf-CCCH_21081150.001319.9
TkA01G073490PF27634Amo1_N1131779.4e-0833.2
TkA01G073490PF16131Torus1141140.008517.4
TkA01G073490PF25585zf-CCCH_DUS3L1281420.02115.5
TkA01G073490PF25586zf-CCCH_PAN31321391.29.6
TkA01G073490PF00642zf-CCCH1341413.1e-0834.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FWS3拟南芥sp|Q9FWS3|C3H16_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 1654.400%Swiss-Prot高置信
Q5Z807水稻sp|Q5Z807|C3H46_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 4643.000%Swiss-Prot中等置信

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