TkA01G073300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G073300

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 18786414-18790679 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2130 bp · TkA01G073300|TK1151|cDNA

TAGTAACACCAATTGCTAAAAAAGGAAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCGCTCTCGAACCAATATGGCATCTTTGATTTCAATGTCCATCGTAAAAAACTATGGTTTTCCGCCACGTCAGGAGGTTTCCCGAGATTCTAGGATTTCACCCATATTTGGGATGCCTAGGGTTTCTACAAAGAAAACTAGAACGTTGACTGTGAATGTGGCCACCGATTTGCCAGGGATTCAATCTCCGGTTGAGGACAAAGTGGTAGTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · TkA01G073300|TK1151|CDS

ATGGATCCGGGTACGAATGAAAGAAAGGTGATCGGTCGGGTTGATTGCCGCGGTGGGCCGTCACCGGGATGGGTGCATTCATTTCCGGTGACTGAACATTATGTGATTGTGCCGGAGATGCCATTGAGGTATTGTGCCCAGAATTTGCTGAAAGCTGAACCGACACCATTGTATAAGTTCAGATGGTATCCTGAATCTAAAGGATTTATGCATGTTATGTGTAAAGCTAGCGGAAAAATCGTGGCAAGCGTGGAGGTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

290 aa · TkA01G073300|TK1151|PROTEIN

MDPGTNERKVIGRVDCRGGPSPGWVHSFPVTEHYVIVPEMPLRYCAQNLLKAEPTPLYKFRWYPESKGFMHVMCKASGKIVASVEVPLFVTFHFINAYEEKDEEGRITGVIADCCEHHADTTILDNLRLHNLRSWSGEDVLPDARVGRFRIPMDGSEKGELFAALNPDEHGRGMDMCSINPSFLGKPYRYVYACGAERPCNFPNTLTKIDLVDGKAKNWYDEGAVPSEPFFVARPGATEEDDGVVISMISDKNGEGYALI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G073300`
TK1151 ID	TkA01G073300
OH-1004 ID	LXL04_005248
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 52.441 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G073300

位置 Chr01:18786414-18790679 (+)

描述 Similar to CCD8B: Carotenoid cleavage dioxygenase 8 homolog B, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32810`	可能通过裂解 CCD7 产生的 C₂₇ 类胡萝卜素衍生物，参与独脚金内酯生物合成。	MAX4 and RMS1 are orthologous dioxygenase-like genes that regulate shoot branching in Arabidopsis and pea.2003 · DOI: 10.1101/gad.256603 The biochemical characterization of two carotenoid cleavage enzymes from Arabidopsis indicates that a carotenoid-derived compound inhibits lateral branching.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m409004200 Characterization of three members of the Arabidopsis carotenoid cleavage dioxygenase family demonstrates the divergent roles of this multifunctional enzyme family.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02666.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0746400`	通过切割CCD7产生的C(27) 9-顺式-10′-阿朴-β-胡萝卜素醛，参与独脚金内酯生物合成。	暂无已核实直接文献
`Os01g0566500`	可能参与独脚金内酯生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005248 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001523 retinoid metabolic process 生物过程

GO:0009635 response to herbicide 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010223 secondary shoot formation 生物过程

GO:0016121 carotene catabolic process 生物过程

GO:0016124 xanthophyll catabolic process 生物过程

GO:0042572 retinol metabolic process 生物过程

GO:0042574 retinal metabolic process 生物过程

GO:1901601 strigolactone biosynthetic process 生物过程

GO:1901810 beta-carotene metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ag:CAO85888

ath:AT4G32810

dosa:Os01g0566500

dosa:Os01g0746400

mmu:63857

osa:4327933

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.603

排名 1 · TkA01G073300 · TK1151

线粒体0.137

排名 2 · TkA01G073300 · TK1151

细胞膜0.133

排名 3 · TkA01G073300 · TK1151

细胞核0.131

排名 4 · TkA01G073300 · TK1151

质体0.079

排名 5 · TkA01G073300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03055RPE6520-288 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G073300	`PF03055`	RPE65	20	288	9.1e-62	210.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VY26`	拟南芥	sp\|Q8VY26\|CCD8_ARATH Carotenoid cleavage dioxygenase 8, chloroplastic	67.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LIY8`	水稻	sp\|Q8LIY8\|CCD8B_ORYSJ Carotenoid cleavage dioxygenase 8 homolog B, chloroplastic	79.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q93VD5`	水稻	sp\|Q93VD5\|CCD8A_ORYSJ Carotenoid cleavage dioxygenase 8 homolog A, chloroplastic	68.400%	Swiss-Prot	高置信

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