TkA01G068560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G068560

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 17566677-17579698 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2218 bp · TkA01G068560|TK1151|cDNA

ATATAGAAATATCACAAAATATAGAGTGGTTTAAGAGTCTCTTTCCCGTGTATATAATACGCACCGTTTTCGTCTTCTTTCGGCCTGCCCGAAACAAAATTTGCTCATCACCCATTCTCTCTTTTCTGTGTCCGTATTCTGTACACGTTCATTACACAGCAAGAAAAACAAATCAAACTCTCCAAATTCCCACTTTTTTTCTTCGAATCCATCACCCAAATCCGCCATGATCATCGCATGCAAGTGGTATTAATCGACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1326 bp · TkA01G068560|TK1151|CDS

ATGATGGACATGAGCGATTACCCAATCCTCAATAAACTAATCGCCGCCGTGAAGAAACCATCATGGGCGTTTCCGCTGCTTCTCTTCACGCTCGTCGTCATTCTCAGCCTTCAAATCACCACCAACGAATCCGGGTTCCCGGAACTCCCCGTTTCCGATCCGGGTATTGCGTTTGAGCTCTTTGGGTCAGATACATGTGACGGGTCGTTGCCGGCGAGGGAGTTCAAGGCGTCGATTGTGGAATTCGGTGGTGTCGGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

441 aa · TkA01G068560|TK1151|PROTEIN

MMDMSDYPILNKLIAAVKKPSWAFPLLLFTLVVILSLQITTNESGFPELPVSDPGIAFELFGSDTCDGSLPAREFKASIVEFGGVGDGVTSNTAAFSAAMKKMRSFEGKGGAQLNVPKGRWVTGSFNLTSNFTLFLEEGAVIMGSEDPKEWPIIEPLPSYGRGRERLGGRHISLIHGDGLTNVVITGQNRTIDARGKMWWDLWWNRTLEHTRGHLLEIMNSRNILISNLTLRNSPFWTIHPVYCSNVVIKDMTILAPLNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G068560`
TK1151 ID	TkA01G068560
OH-1004 ID	LXL04_005298
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.546 / OH-1004 92.857 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G068560`
位置	Chr01:17566677-17579698 (+)
描述	Similar to GSVIVT00026920001: Probable polygalacturonase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005298` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程 GO:0009830 cell wall modification involved in abscission 生物过程 GO:0009901 anther dehiscence 生物过程 GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程 GO:0010227 floral organ abscission 生物过程 GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程 GO:0071555 cell wall organization 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G41850 ath:AT3G15720 ath:AT3G57510 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.357

排名 1 · TkA01G068560 · TK1151

溶酶体／液泡0.227

排名 2 · TkA01G068560 · TK1151

细胞膜0.111

排名 3 · TkA01G068560 · TK1151

细胞质0.110

排名 4 · TkA01G068560 · TK1151

内质网0.108

排名 5 · TkA01G068560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12708Pect-lyase_RHGA_epim78-350 aa

PF00295Glyco_hydro_28174-380 aa

PF24405Pua-like185-250 aa

PF28517CCDC15_C204-248 aa

PF13229Beta_helix206-310 aa

PF13229Beta_helix207-361 aa

PF28517CCDC15_C267-276 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G068560	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	78	350	2e-06	28.5
TkA01G068560	`PF00295`	Glyco_hydro_28	174	380	5.7e-36	125.0
TkA01G068560	`PF24405`	Pua-like	185	250	0.065	13.8
TkA01G068560	`PF28517`	CCDC15_C	204	248	0.52	10.9
TkA01G068560	`PF13229`	Beta_helix	206	310	1.6e-06	28.6
TkA01G068560	`PF13229`	Beta_helix	207	361	1.6e-06	28.6
TkA01G068560	`PF28517`	CCDC15_C	267	276	0.52	10.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情