TkA01G056420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G056420

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 14584409-14592761 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2385 bp · TkA01G056420|TK1151|cDNA

ATGACGCAATTTGGTGATGGCTCGGCCGTGCCTGTCAACTCCGAGGTAAAATCTACCATCCCCGAGATTTTGCGTTTGTCCGGTACGAAGCATTCTCTGGAAAGTACTTCGCCCAACATCGGTTCCCAGACGGGAGGTGGCGATCGTAGTTTCTCTAGCTCAGGTGATACCGAGCCGATTGATGTGGACTCCGTGCCGGACGATAGTTTGGTTCGGACGAGCTATCGCGTCCGCCGACGGATGGACTCTCTTTTAAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2385 bp · TkA01G056420|TK1151|CDS

ATGACGCAATTTGGTGATGGCTCGGCCGTGCCTGTCAACTCCGAGGTAAAATCTACCATCCCCGAGATTTTGCGTTTGTCCGGTACGAAGCATTCTCTGGAAAGTACTTCGCCCAACATCGGTTCCCAGACGGGAGGTGGCGATCGTAGTTTCTCTAGCTCAGGTGATACCGAGCCGATTGATGTGGACTCCGTGCCGGACGATAGTTTGGTTCGGACGAGCTATCGCGTCCGCCGACGGATGGACTCTCTTTTAAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

794 aa · TkA01G056420|TK1151|PROTEIN

MTQFGDGSAVPVNSEVKSTIPEILRLSGTKHSLESTSPNIGSQTGGGDRSFSSSGDTEPIDVDSVPDDSLVRTSYRVRRRMDSLLKKGVSFQPSSSSQSEPSPSVEERKKSVDIVCRSVDESIGVVLPAPLVVMRQKLEAGSEMEFLEVTDDSRGGTTAVSNPCAASMGGGDEKKPVFMPLVDAIPGFLRPPVPIKSPTIPSAVEVSTEEALERARALILEGMSSLHGAVTRSRAKDVYYETEYRKAMTALDEVKKHCRA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G056420`
TK1151 ID	TkA01G056420
OH-1004 ID	LXL04_015781
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 28.463 / OH-1004 96.170 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G056420

位置 Chr01:14584409-14592761 (+)

描述 Similar to At5g47030: ATP synthase subunit delta', mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47030`	线粒体膜ATP合酶(F(1)F(0) ATP合酶或复合物V)在膜两侧存在质子梯度的情况下将ADP合成ATP，该质子梯度由呼吸链的电子传递复合物产生。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015781 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015986 proton motive force-driven ATP synthesis 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0045259 proton-transporting ATP synthase complex 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0046933 proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G47030

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.726

排名 1 · TkA01G056420 · TK1151

细胞质0.245

排名 2 · TkA01G056420 · TK1151

线粒体0.120

排名 3 · TkA01G056420 · TK1151

质体0.027

排名 4 · TkA01G056420 · TK1151

细胞膜0.020

排名 5 · TkA01G056420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28968PMD1-like225-279 aa

PF23649FKBP15232-301 aa

PF24423OVT1240-316 aa

PF11083Relaxase_C244-273 aa

PF27578ODF2_N249-297 aa

PF08614ATG16249-349 aa

PF10473CENP-F_leu_zip256-385 aa

PF28968PMD1-like285-369 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G056420	`PF28968`	PMD1-like	225	279	0.86	9.7
TkA01G056420	`PF23649`	FKBP15	232	301	0.81	10.0
TkA01G056420	`PF24423`	OVT1	240	316	2.7	9.2
TkA01G056420	`PF11083`	Relaxase_C	244	273	7.1	7.6
TkA01G056420	`PF27578`	ODF2_N	249	297	1.7	9.6
TkA01G056420	`PF08614`	ATG16	249	349	9.1	7.1
TkA01G056420	`PF10473`	CENP-F_leu_zip	256	385	0.027	15.3
TkA01G056420	`PF28968`	PMD1-like	285	369	0.86	9.7
TkA01G056420	`PF11083`	Relaxase_C	301	399	7.1	7.6
TkA01G056420	`PF23649`	FKBP15	304	390	0.81	10.0
TkA01G056420	`PF27578`	ODF2_N	320	410	1.7	9.6
TkA01G056420	`PF24423`	OVT1	330	396	2.7	9.2
TkA01G056420	`PF08614`	ATG16	348	389	9.1	7.1
TkA01G056420	`PF02823`	ATP-synt_DE_N	654	693	8.2e-08	32.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q96252`	拟南芥	sp\|Q96252\|ATP4_ARATH ATP synthase subunit delta', mitochondrial	59.500%	Swiss-Prot	低置信

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