TkA01G050460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G050460

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 13053380-13056563 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

998 bp · TkA01G050460|TK1151|cDNA

CAAAAAGAAGCTTCGAGAAAGCGCGGAAATTGAGCTTACTTACACGTGTACATCTTTGACAACGCAAATTCGCCCCTCTTCCTTCTGTAACTCATTTTCAAATCCAAGCCGTCAGTTCGGATTCTTTCTGAAAACCCTAAAATATTTGATTGATTTTGATCTTTTCTCTCAAAAGATTGAGTGATTCTTGTTTTTATGGCATATGTCATCGATCAGAACGGTAGAGTTGCTATTGTTCCAAATTATTCACCAGTAAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · TkA01G050460|TK1151|CDS

ATGGCATATGTCATCGATCAGAACGGTAGAGTTGCTATTGTTCCAAATTATTCACCAGTAAACTTCATAAACCCTAATTTCGTACGTAATCATCATCCTCAACAATTGTACCCCCTGCAATTTGCTTTGCATCCCGCTGTAATTGCTCAGATTGGACTGGATAGGTCAATCTCTCTCAAGGAGCTTATAAAGGATGAGGGTCTTGTGCCTTCTCAAGAGGAAGAACAGAGGCGGAACAATGTCATTCGAAAACTTCGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

483 aa · TkA01G050460|TK1151|PROTEIN

MAYVIDQNGRVAIVPNYSPVNFINPNFVRNHHPQQLYPLQFALHPAVIAQIGLDRSISLKELIKDEGLVPSQEEEQRRNNVIRKLRETVTTWIKKVARLHGLPPNHIRAASATILTYGSCGLGVYNAESDIDALCVGPWFASLTEDFFVILHDMLAKRVEVSDIHCIKDAKVPLMRFKFEGIAVDLPYAQLQVTTVPENVDTLNFLYLNGRIDETSWKSLSGVRANNSILQLVPNVEIFQELLRCVKLWAKRRGVYGNLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G050460`
TK1151 ID	TkA01G050460
OH-1004 ID	LXL04_005439
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G050460

位置 Chr01:13053380-13056563 (+)

描述 Similar to PAPS3: Nuclear poly(A) polymerase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06560`	必需蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g32850`	必需蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g25850`	必需蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g17980`	必需蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005439 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0031123 RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0045824 negative regulation of innate immune response 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048451 petal formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005847 mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17980

ath:AT2G25850

ath:AT3G06560

ath:AT4G32850

ddi:DDB_G0288259

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.511

排名 1 · TkA01G050460 · TK1151

细胞核0.479

排名 2 · TkA01G050460 · TK1151

细胞膜0.070

排名 3 · TkA01G050460 · TK1151

线粒体0.049

排名 4 · TkA01G050460 · TK1151

内质网0.047

排名 5 · TkA01G050460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20750PAP_NTPase55-233 aa

PF22600MTPAP-like_central69-187 aa

PF01909NTP_transf_2112-150 aa

PF20352DUF6647123-169 aa

PF04928PAP_central239-372 aa

PF04926PAP_RNA-bind380-417 aa

PF04926PAP_RNA-bind438-466 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G050460	`PF20750`	PAP_NTPase	55	233	6.1e-42	144.4
TkA01G050460	`PF22600`	MTPAP-like_central	69	187	2e-07	31.9
TkA01G050460	`PF01909`	NTP_transf_2	112	150	0.00011	23.2
TkA01G050460	`PF20352`	DUF6647	123	169	0.14	12.6
TkA01G050460	`PF04928`	PAP_central	239	372	2.4e-31	109.2
TkA01G050460	`PF04926`	PAP_RNA-bind	380	417	2e-06	28.4
TkA01G050460	`PF04926`	PAP_RNA-bind	438	466	2e-06	28.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56XM9`	拟南芥	sp\|Q56XM9\|PAPS3_ARATH Nuclear poly(A) polymerase 3	56.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VYW1`	拟南芥	sp\|Q8VYW1\|PAPS4_ARATH Nuclear poly(A) polymerase 4	39.300%	Swiss-Prot	中等置信
`O82312`	拟南芥	sp\|O82312\|PAPS2_ARATH Nuclear poly(A) polymerase 2	39.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LMT2`	拟南芥	sp\|Q9LMT2\|PAPS1_ARATH Nuclear poly(A) polymerase 1	39.500%	Swiss-Prot	中等置信

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