TkA01G048910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G048910

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 12626255-12630770 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2542 bp · TkA01G048910|TK1151|cDNA

TAGAAATTGGATCTTGAAGATATTCTATTTAAATATTAACGACTTAACGTGTTTAGTCTCACATATGGGACAAGACTTGGAGCATGATCTCTCTCTCATGGCCATCCCACATGATCTTTAAGCATATATTTTCCTAGACAGGAAGAAGAAAGATGAGTTGTACAATACATACAGAGCTCCGTACAAGTAAATAATGCATCACAACTAGTATACAAGTACCATTATTCATGTATATCAGTAGAGTACTGTTGGAAATATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1194 bp · TkA01G048910|TK1151|CDS

ATGGGTTGTGTAATTTCTCATCTGAGTGCGAAATTCGCCTTCTTTCCTCCGTCTCCGCCGACCTACCAGATAACGAAACGAGACGACGGGAAGCTAACGGCGGTGTACACATCCTCCTCCTTGCCGCTGACATCAGCCGTCGGAGTCGTTGACGACGGCGGATGTGGGTCTTCGTTTGATGTGTTGTCGTTACGCACTAGAAGAGGGAACAAGATTGTAGCTTTTTATCTGAAGAATCCATATGCGAAGCTGACTTTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

397 aa · TkA01G048910|TK1151|PROTEIN

MGCVISHLSAKFAFFPPSPPTYQITKRDDGKLTAVYTSSSLPLTSAVGVVDDGGCGSSFDVLSLRTRRGNKIVAFYLKNPYAKLTLLYSHGNAADLGQLFDLFVQLKANLRVNLMGYDYSGYGASTGKPSELNTYADIEAVYECLQTEYGVSQEDLILYGQSVGSGPTLHLASRLPRLRGVVLHSAILSGLRVVCHVNCTFCFDIYKNVNKIRKVKCPTLVIHGTEDDVVSWLHGNRLWKMAKDPYEPLWIKGGGHCNLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G048910`
TK1151 ID	TkA01G048910
OH-1004 ID	LXL04_005452
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G048910`
位置	Chr01:12626255-12630770 (+)
描述	Similar to abhd17c: Alpha/beta hydrolase domain-containing protein 17C
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005452` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002084 protein depalmitoylation 生物过程 GO:1902473 regulation of protein localization to synapse 生物过程 GO:1902817 negative regulation of protein localization to microtubule 生物过程 GO:1905668 positive regulation of protein localization to endosome 生物过程 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0010008 endosome membrane 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0055038 recycling endosome membrane 细胞组分 GO:0008474 palmitoyl-(protein) hydrolase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	dre:393126 gga:415479 gga:427252 hsa:51104 rno:309399 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.515

排名 1 · TkA01G048910 · TK1151

细胞质0.212

排名 2 · TkA01G048910 · TK1151

内质网0.161

排名 3 · TkA01G048910 · TK1151

溶酶体／液泡0.110

排名 4 · TkA01G048910 · TK1151

细胞核0.110

排名 5 · TkA01G048910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12146Hydrolase_483-188 aa

PF20408Abhydrolase_1185-256 aa

PF00561Abhydrolase_186-186 aa

PF12697Abhydrolase_690-186 aa

PF02129Peptidase_S15117-191 aa

PF00326Peptidase_S9133-173 aa

PF20434BD-FAE147-165 aa

PF02230Abhydrolase_2148-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G048910	`PF12146`	Hydrolase_4	83	188	3.7e-11	43.5
TkA01G048910	`PF20408`	Abhydrolase_11	85	256	0.12	12.8
TkA01G048910	`PF00561`	Abhydrolase_1	86	186	2.4e-08	34.7
TkA01G048910	`PF12697`	Abhydrolase_6	90	186	1.7e-06	29.6
TkA01G048910	`PF02129`	Peptidase_S15	117	191	0.014	15.8
TkA01G048910	`PF00326`	Peptidase_S9	133	173	9.5e-05	22.7
TkA01G048910	`PF20434`	BD-FAE	147	165	0.15	12.2
TkA01G048910	`PF02230`	Abhydrolase_2	148	243	0.061	13.9
TkA01G048910	`PF03959`	FSH1	174	256	0.012	16.0
TkA01G048910	`PF12695`	Abhydrolase_5	197	262	0.15	12.6
TkA01G048910	`PF00326`	Peptidase_S9	206	256	9.5e-05	22.7
TkA01G048910	`PF12697`	Abhydrolase_6	208	260	1.7e-06	29.6
TkA01G048910	`PF20434`	BD-FAE	208	238	0.15	12.2
TkA01G048910	`PF02129`	Peptidase_S15	210	258	0.014	15.8
TkA01G048910	`PF12146`	Hydrolase_4	211	256	3.7e-11	43.5
TkA01G048910	`PF00561`	Abhydrolase_1	212	259	2.4e-08	34.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情