TkA01G042080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G042080

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 10812543-10814091 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1085 bp · TkA01G042080|TK1151|cDNA

CCCAATGTCACGTGCTTCTCACGCTCCCCTAATCCATTTCTCTTCCACCTGCACCTCCCTCCTCCCACTGTTACACACAGATATGGCACTCAGTACGCTTTCATCGCTACCACTTAAATCCCTAAAAATCATACCTTCTCATGTCTCCTTCAATCATCTCAACCCAAATCCTTCCTCAAAATCTATAACATGTCGATTAAATCCACAAAATGCCATTTCCACCAAAGGTTTAATTTTGGCTATAGTGTCATCGGATGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

924 bp · TkA01G042080|TK1151|CDS

ATGTCACGTGCTTCTCACGCTCCCCTAATCCATTTCTCTTCCACCTGCACCTCCCTCCTCCCACTGTTACACACAGATATGGCACTCAGTACGCTTTCATCGCTACCACTTAAATCCCTAAAAATCATACCTTCTCATGTCTCCTTCAATCATCTCAACCCAAATCCTTCCTCAAAATCTATAACATGTCGATTAAATCCACAAAATGCCATTTCCACCAAAGGTTTAATTTTGGCTATAGTGTCATCGGATGTTGCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

307 aa · TkA01G042080|TK1151|PROTEIN

MSRASHAPLIHFSSTCTSLLPLLHTDMALSTLSSLPLKSLKIIPSHVSFNHLNPNPSSKSITCRLNPQNAISTKGLILAIVSSDVAENIEPRRWKALVSTALVAAVITFSSDMSALADLNKYEADTRGEFGIGSAAQFGSADLKKTVHVNENFRRANFTSADMRESDFSGSTFNGAYLEKAVAYKANFTGADLSDTLMDRMVLNEANLTNAILVRTVLTRSDLGRAVIEGADFSDAVLDLTQKQALCKYASGTNPVTGVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G042080`
TK1151 ID	TkA01G042080
OH-1004 ID	LXL04_005494
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G042080

位置 Chr01:10812543-10814091 (-)

描述 Similar to TL20.3: Thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12250`	功能未知的五肽重复蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005494 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009543 chloroplast thylakoid lumen 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0031977 thylakoid lumen 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12250

ath:AT2G44920

ath:AT5G53490

cyt:cce_1272

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.982

排名 1 · TkA01G042080 · TK1151

线粒体0.021

排名 2 · TkA01G042080 · TK1151

细胞核0.013

排名 3 · TkA01G042080 · TK1151

细胞质0.010

排名 4 · TkA01G042080 · TK1151

细胞膜0.009

排名 5 · TkA01G042080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13599Pentapeptide_422-51 aa

PF00805Pentapeptide136-175 aa

PF13599Pentapeptide_4138-179 aa

PF23894LD_SV2143-211 aa

PF13576Pentapeptide_3153-181 aa

PF13576Pentapeptide_3153-196 aa

PF00805Pentapeptide161-198 aa

PF13599Pentapeptide_4167-239 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G042080	`PF13599`	Pentapeptide_4	22	51	2.8e-07	31.2
TkA01G042080	`PF00805`	Pentapeptide	136	175	1.1e-21	76.7
TkA01G042080	`PF13599`	Pentapeptide_4	138	179	2.8e-07	31.2
TkA01G042080	`PF23894`	LD_SV2	143	211	0.0033	18.4
TkA01G042080	`PF13576`	Pentapeptide_3	153	181	1.9e-11	44.7
TkA01G042080	`PF13576`	Pentapeptide_3	153	196	1.9e-11	44.7
TkA01G042080	`PF00805`	Pentapeptide	161	198	1.1e-21	76.7
TkA01G042080	`PF13599`	Pentapeptide_4	167	239	2.8e-07	31.2
TkA01G042080	`PF13576`	Pentapeptide_3	185	226	1.9e-11	44.7
TkA01G042080	`PF00805`	Pentapeptide	203	238	1.1e-21	76.7
TkA01G042080	`PF13576`	Pentapeptide_3	204	237	1.9e-11	44.7
TkA01G042080	`PF29042`	DEF258-like	293	305	0.27	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1Q1`	拟南芥	sp\|Q8H1Q1\|TL203_ARATH Thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic	71.900%	Swiss-Prot	高置信

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