TkA01G030810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G030810

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 7921272-7926184 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1818 bp · TkA01G030810|TK1151|cDNA

ATGAAGGTGTATGTGGACCAGTATAATGAGCCAATCTTCGACTGGATTGAGGCGGATGATGGAGAAGAGGAAGGTAGTGAAGATCTTGACTGTGAGGAAGATGAAGATTCCGTGTTTTCTGATCCAGAATCTGTTGATCATGAAGAAGATGGTGAATTGGATGCCAACAATCACACAACAACCGATCAATTCTTAAACATCTTGTGTCCATCAGCCCCTCTCAATGAAGATAAGCATGATGATCTACCTCAATACCCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3171 bp · TkA01G030810|TK1151|CDS

ATGGCTCTTCTCCTATCGCTTAAACTACCATCCACGTCACCATCACCGTTACCGCCACAATCACCACCGCCCCTCCTTCTTTCTCCGCTTACCTCCTCCTTATTCCCCCACACAATCAAACCCTCCAAATCCAATCACCACCGCCAAACCCGCTTCTCCTACAGCAATCGAGACCCGCCGGATCCAGGCTGCCCCGTCCCACCAGAGCAACAACCCATCAACGAGTACCAATCTCTCTCCACTTCCTCCCCTTTCTCCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1056 aa · TkA01G030810|TK1151|PROTEIN

MALLLSLKLPSTSPSPLPPQSPPPLLLSPLTSSLFPHTIKPSKSNHHRQTRFSYSNRDPPDPGCPVPPEQQPINEYQSLSTSSPFSWASGDFVEYCSRLLVTGVGFAMFVGLPVSWYGSVGVGWEPVQRILGAVCSGIFATTLAVVRMYLGWAYVGNRLLSATVEYEETGWYDGQIWVKTAEVLARDRLLGSFTVKPVLSRLKNTLVALALSLFVFIVLLVNTESQKVAASMASGGEPGGRAVVGSYNDESARSFEPEAF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G030810`
TK1151 ID	TkA01G030810
OH-1004 ID	LXL04_011904
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	85.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 68.845 / OH-1004 86.962 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G030810

位置 Chr01:7921272-7926184 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67370`	在低铁条件下生长所需。	Systems and trans-system level analysis identifies conserved iron deficiency responses in the plant lineage.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.102491

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011904 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.546

排名 1 · TkA01G030810 · TK1151

细胞核0.286

排名 2 · TkA01G030810 · TK1151

线粒体0.082

排名 3 · TkA01G030810 · TK1151

细胞质0.035

排名 4 · TkA01G030810 · TK1151

细胞膜0.029

排名 5 · TkA01G030810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06799CGLD27-like64-207 aa

PF26130PB1-like279-376 aa

PF03108DBD_Tnp_Mut471-536 aa

PF10551MULE670-766 aa

PF00872Transposase_mut685-776 aa

PF26130PB1-like877-908 aa

PF04434SWIM921-946 aa

PF16588zf-C2H2_101027-1044 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G030810	`PF06799`	CGLD27-like	64	207	2e-52	177.8
TkA01G030810	`PF26130`	PB1-like	279	376	2.1e-06	28.6
TkA01G030810	`PF03108`	DBD_Tnp_Mut	471	536	1.8e-08	34.6
TkA01G030810	`PF10551`	MULE	670	766	1.1e-15	58.5
TkA01G030810	`PF00872`	Transposase_mut	685	776	8.4e-07	28.9
TkA01G030810	`PF26130`	PB1-like	877	908	2.1e-06	28.6
TkA01G030810	`PF04434`	SWIM	921	946	1.2e-07	31.8
TkA01G030810	`PF16588`	zf-C2H2_10	1027	1044	0.94	10.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN15`	拟南芥	sp\|Q9FN15\|GLD27_ARATH Protein CONSERVED IN THE GREEN LINEAGE AND DIATOMS 27, chloroplastic	48.200%	Swiss-Prot	中等置信

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