TkA01G030370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G030370

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 7802624-7806449 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2131 bp · TkA01G030370|TK1151|cDNA

TAAAGCTTCCACTCCGTATACTGTAGCTGTAGCCTAAGGGCACTTTGGTAATTCGCTGGATAAGCCGTACGTCTGTTGTGCCAAATATATATTTTCTTTCCAGCCCCACGATTTCATTCTCTCGATCCTCAAGCTTTTCTAGGGTTTTCGTAACCTTTTGCCTCTCTTTGCCCTCCACCATTCGATGGCTGAGGAAGCACATTATTCGTCCGGAGCGGACTACGCCACCACGAAGCGTAAGTACGATGACTCTGCTACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1947 bp · TkA01G030370|TK1151|CDS

ATGGCTGAGGAAGCACATTATTCGTCCGGAGCGGACTACGCCACCACGAAGCGTAAGTACGATGACTCTGCTACCCCACCTCCGCCCTCATCTGGCCGTCGAGCCACTGGATTTTCCGCACCCATCATTCCTTCACAGTCTCCTGACTCCGCACCGGCGTACAACAACGTACCTCCACCGGCAGATGAGATCGAACTCGCTAAACAGAAGGCTCAGGAGATCGCTGCTCGTCTCTTCAACACCGCCGAGGCCGAAGTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

648 aa · TkA01G030370|TK1151|PROTEIN

MAEEAHYSSGADYATTKRKYDDSATPPPPSSGRRATGFSAPIIPSQSPDSAPAYNNVPPPADEIELAKQKAQEIAARLFNTAEAEVRKRPKFENGGGGGGYDSNDNKGFSSGPTDYSQRPYSATASVSSAYGYGSPGKKIDIPNGRVGVIIGKGGETIKYLQLQSGAKIQVTRDMDADPHSLTRTVELTGSSESVAKAEQLIKDVLAEAESGGSGIVSRRMPGESGGAEQFVMKVPNNKVGLIIGKGGETIKSMQANTGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G030370`
TK1151 ID	TkA01G030370
OH-1004 ID	LXL04_005641
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G030370`
位置	Chr01:7802624-7806449 (-)
描述	Similar to KHSRP: Far upstream element-binding protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005641` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0010586 miRNA metabolic process 生物过程 GO:0010989 negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance 生物过程 GO:0043488 regulation of mRNA stability 生物过程 GO:0045019 negative regulation of nitric oxide biosynthetic process 生物过程 GO:0051028 mRNA transport 生物过程 GO:0061014 positive regulation of mRNA catabolic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:8570 mmu:16549 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.927

排名 1 · TkA01G030370 · TK1151

细胞质0.259

排名 2 · TkA01G030370 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA01G030370 · TK1151

内质网0.019

排名 4 · TkA01G030370 · TK1151

线粒体0.017

排名 5 · TkA01G030370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00013KH_1139-204 aa

PF07650KH_2140-172 aa

PF13083KH_KhpA-B140-162 aa

PF26594KH_NusA_2nd140-174 aa

PF22675KH-I_KHDC4-BBP147-171 aa

PF22891KH_PNO1_2nd147-173 aa

PF21800KH_KRR1_2nd150-207 aa

PF23050KH_N4BP1_1st177-204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G030370	`PF00013`	KH_1	139	204	1.3e-39	134.5
TkA01G030370	`PF07650`	KH_2	140	172	2.5e-09	37.5
TkA01G030370	`PF13083`	KH_KhpA-B	140	162	7.2e-07	29.8
TkA01G030370	`PF26594`	KH_NusA_2nd	140	174	0.3	11.7
TkA01G030370	`PF22675`	KH-I_KHDC4-BBP	147	171	2.6e-07	31.1
TkA01G030370	`PF22891`	KH_PNO1_2nd	147	173	0.016	15.8
TkA01G030370	`PF21800`	KH_KRR1_2nd	150	207	0.043	14.5
TkA01G030370	`PF23050`	KH_N4BP1_1st	177	204	0.13	13.0
TkA01G030370	`PF23248`	KH_PARP14_2	179	209	0.087	13.3
TkA01G030370	`PF28723`	DUF8449	183	205	0.097	13.1
TkA01G030370	`PF24668`	KH_Vigilin	184	202	0.042	14.4
TkA01G030370	`PF24471`	KH_DEAH11	185	207	0.0094	16.3
TkA01G030370	`PF13083`	KH_KhpA-B	226	256	7.2e-07	29.8
TkA01G030370	`PF26594`	KH_NusA_2nd	230	265	0.3	11.7
TkA01G030370	`PF00013`	KH_1	232	298	1.3e-39	134.5
TkA01G030370	`PF07650`	KH_2	233	265	2.5e-09	37.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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