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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G029140
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 7482909-7483619 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

675 bp · TkA01G029140|TK1151|cDNA

ATGAAAGACGATGGTCGTCACGACTCGGCCATGTTTGAAGAGTTAACTACGCTACCGCTACAGCTCCGCCACCTCCAAATGGCGGAATACGGCGACTCGTATGATGTTGCGGAGAAGGAAGGAGATGTAGAAATGGACGATTACTTCTGTATGTATGAGTTCAAGGTGAAGAGGTGTGCACGAGGGAGGTCACACGACTGGACTGACTGTCCGTACACTCATTCCGGAGAGAAAGCTCGACGTCGTGATCCACGTAAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

675 bp · TkA01G029140|TK1151|CDS

ATGAAAGACGATGGTCGTCACGACTCGGCCATGTTTGAAGAGTTAACTACGCTACCGCTACAGCTCCGCCACCTCCAAATGGCGGAATACGGCGACTCGTATGATGTTGCGGAGAAGGAAGGAGATGTAGAAATGGACGATTACTTCTGTATGTATGAGTTCAAGGTGAAGAGGTGTGCACGAGGGAGGTCACACGACTGGACTGACTGTCCGTACACTCATTCCGGAGAGAAAGCTCGACGTCGTGATCCACGTAAGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

224 aa · TkA01G029140|TK1151|PROTEIN

MKDDGRHDSAMFEELTTLPLQLRHLQMAEYGDSYDVAEKEGDVEMDDYFCMYEFKVKRCARGRSHDWTDCPYTHSGEKARRRDPRKFHYSGNPCPEFRKGSCMKGDLCESAHGVFECWLHPSRYRTQPCKDGVHCSRRICFFAHTPEQLRILPPSQHHQDGSPRRLATDFSPSTYFSSSSSPTSTLYFPHCSTPMDSPPMSPVSSLDLVSSMRNLQIGLERPGG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G029140
TK1151 IDTkA01G029140
OH-1004 IDLXL04_005626
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.661 / OH-1004 70.393
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G029140
位置Chr01:7482909-7483619 (+)
描述Similar to Os01g0192000: Zinc finger CCCH domain-containing protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g25900 含锌指CCCH结构域蛋白23。 暂无已核实直接文献
At2g19810 含锌指CCCH结构域蛋白20。 暂无已核实直接文献
At4g29190 含锌指CCCH结构域蛋白49。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0195200 含锌指CCCH结构域蛋白35。 暂无已核实直接文献
Os01g0192000 参与延缓叶片衰老。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005626 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
GO:0061157 mRNA destabilization 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G19810
ath:AT2G25900
ath:AT4G29190
dosa:Os01g0192000
dosa:Os05g0195200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.525
排名 1 · TkA01G029140 · TK1151
细胞质0.498
排名 2 · TkA01G029140 · TK1151
线粒体0.066
排名 3 · TkA01G029140 · TK1151
细胞膜0.045
排名 4 · TkA01G029140 · TK1151
内质网0.025
排名 5 · TkA01G029140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16131Torus40-75 aa
PF25512zf-CCCH_AtC3H2348-81 aa
PF18345zf_CCCH_457-62 aa
PF18044zf-CCCH_458-62 aa
PF25542zf-CCCH_1267-75 aa
PF18345zf_CCCH_469-74 aa
PF14608zf-CCCH_269-74 aa
PF25427zf-CCCH_UNK69-80 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G029140PF16131Torus40750.1813.1
TkA01G029140PF25512zf-CCCH_AtC3H2348818.3e-2070.9
TkA01G029140PF18345zf_CCCH_457620.01116.5
TkA01G029140PF18044zf-CCCH_458620.2212.1
TkA01G029140PF25542zf-CCCH_1267750.910.0
TkA01G029140PF18345zf_CCCH_469740.01116.5
TkA01G029140PF14608zf-CCCH_269741.310.4
TkA01G029140PF25427zf-CCCH_UNK69802.19.0
TkA01G029140PF00642zf-CCCH70740.0215.5
TkA01G029140PF00642zf-CCCH921130.0215.5
TkA01G029140PF25543zf-CCCH_tandem92920.08313.7
TkA01G029140PF18044zf-CCCH_4931120.2212.1
TkA01G029140PF14608zf-CCCH_2931081.310.4
TkA01G029140PF18345zf_CCCH_4941120.01116.5
TkA01G029140PF16131Torus941140.1813.1
TkA01G029140PF25427zf-CCCH_UNK991142.19.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82307拟南芥sp|O82307|C3H23_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2364.300%Swiss-Prot高置信
O82199拟南芥sp|O82199|C3H20_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2078.500%Swiss-Prot低置信
Q9M0G2拟南芥sp|Q9M0G2|C3H49_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 4978.300%Swiss-Prot低置信
Q6L4N4水稻sp|Q6L4N4|C3H35_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 3574.600%Swiss-Prot中等置信
Q9FU27水稻sp|Q9FU27|C3H2_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 273.000%Swiss-Prot中等置信

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