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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G028840
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 7395713-7398625 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1540 bp · TkA01G028840|TK1151|cDNA

TTTCAAAGGTAGAAGTAAAAGTTTAATAAAATTTCAGAATCGTGTGCCTCAAACTTGCTTTTCGAAATTCGAGTCTATAGCTTCAATCAATTGATGGGTCTGATCTAAATTGAGAATTCGATTTTGACATCAACGATCTGAATCCTTATCGACCCATTTTTCTGGAAACCGATTCTCCAACTACTAGAGCAGCTCTGTTCCAAAACCCTCAAATTACAGTTGAAGAAATCGCCAATGAAGAATCAGTGTTTAGCATAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1008 bp · TkA01G028840|TK1151|CDS

ATGTTTTGGAGGGAACGTGAAAGGGAGATCAGCAAAGAGCAAAATGGAATCCCTCCTTGTGGGCAGGTTCGAGTTCTTGTGGTTGGGGATTCAGGTGTGGGGAAAACTTCTCTTGTTCATTTGATAGTGAAAGGTACAACAACAAAACATCCGCCTCAAACAGTTGGGTGTACAGTAGATGTGAAGCATTTTACATATGGAAGTGCTAGCAGCTCTTCAGATAGTGAAAAAGGAGACAAAGATAGGGAATTCTTCATTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

335 aa · TkA01G028840|TK1151|PROTEIN

MFWREREREISKEQNGIPPCGQVRVLVVGDSGVGKTSLVHLIVKGTTTKHPPQTVGCTVDVKHFTYGSASSSSDSEKGDKDREFFIELWDVSGHDRYTDCRSIFYSQINGVIFVHDLSQRRTKTSLKKWAAEIAATGTFSAPLANGGPGGLPVPYLVIGNKADVAAKEGTRGSSGNLVDMARQWVEKQGLLTSTEELPLIDTFPGTGGLMAAAKEARYDKEAVLKFFRMLVRRRYFSDELPMSSPWSTSIPRPLQRPSDN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G028840
TK1151 IDTkA01G028840
OH-1004 IDLXL04_020019
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)73.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 36.716 / OH-1004 27.746
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G028840
位置Chr01:7395713-7398625 (-)
描述Similar to LIP1: Small GTPase LIP1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g64813 功能性小型GTP酶，作为负调控因子控制昼夜节律的光依赖性周期缩短以及主观夜晚的光诱导相位重置。 暂无已核实直接文献
At5g09910 类小 GTP 酶蛋白 LIP2。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020019 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0012505 endomembrane system 细胞组分
GO:0003924 GTPase activity 分子功能
GO:0005525 GTP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G09910
ath:AT5G64813
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.593
排名 1 · TkA01G028840 · TK1151
细胞核0.240
排名 2 · TkA01G028840 · TK1151
细胞膜0.166
排名 3 · TkA01G028840 · TK1151
高尔基体0.136
排名 4 · TkA01G028840 · TK1151
溶酶体／液泡0.135
排名 5 · TkA01G028840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00493MCM15-44 aa
PF00025Arf22-133 aa
PF00158Sigma54_activat22-51 aa
PF09439SRPRB23-116 aa
PF12775AAA_723-48 aa
PF00735Septin23-50 aa
PF08477Roc24-137 aa
PF00071Ras24-171 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G028840PF00493MCM15440.2111.4
TkA01G028840PF00025Arf221339.7e-0729.1
TkA01G028840PF00158Sigma54_activat22510.212.0
TkA01G028840PF09439SRPRB231160.004617.1
TkA01G028840PF12775AAA_723480.1112.7
TkA01G028840PF00735Septin23500.2611.2
TkA01G028840PF08477Roc241371.5e-1867.9
TkA01G028840PF00071Ras241711e-1661.6
TkA01G028840PF04670Gtr1_RagA241350.0002921.0
TkA01G028840PF01926MMR_HSR1241270.002418.7
TkA01G028840PF00009GTP_EFTU241230.004517.3
TkA01G028840PF20703nSTAND124400.1212.7
TkA01G028840PF00005ABC_tran24470.1413.5
TkA01G028840PF13555AAA_2924390.2911.7
TkA01G028840PF01580FtsK_SpoIIIE24550.3311.1
TkA01G028840PF13191AAA_1625440.002619.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C5J9拟南芥sp|Q9C5J9|LIIP1_ARATH Small GTPase LIP173.700%Swiss-Prot高置信
F4KFD8拟南芥sp|F4KFD8|LIIP2_ARATH Small GTPase-like protein LIP266.800%Swiss-Prot高置信

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