TkA01G026830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G026830

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 6943831-6945930 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

933 bp · TkA01G026830|TK1151|cDNA

CACACATCACACCCACTCACTATCACTCATACTCTCTATGGCTTCCACATGATGCATTTCGAAGAAGCCCTAGCTCTGCTGTTCAATTCAGACCGCCGTTGCTGATTTGGTTCTCGGAGCGAGCTCTGGAATGCATTCTGCAGAATTTATGGGAAGAAACTCAATCTAACACCAAGAACAATGGCAAGACAAGCAGACATGAACATGAACAAAGAAAATGTACATCCTGCTAACATTCAAAAGCCCACTACAAGAATCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

753 bp · TkA01G026830|TK1151|CDS

ATGGCAAGACAAGCAGACATGAACATGAACAAAGAAAATGTACATCCTGCTAACATTCAAAAGCCCACTACAAGAATCACCAGAGCACGTGCTAAAGCCATGGGCATATCTGGAAATTTACCACCATTACACCCTCTGATGAAACAAGAACCCAAACAGGCTCTTCAGCCAAAGTCTAAAAGAGTTTCATCAGATAACAAATCCTTCATTGATGTTAACATTAACTCTAGCTTTCAGTCCAAAAGAAGGGCTGTTTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

251 aa · TkA01G026830|TK1151|PROTEIN

MARQADMNMNKENVHPANIQKPTTRITRARAKAMGISGNLPPLHPLMKQEPKQALQPKSKRVSSDNKSFIDVNINSSFQSKRRAVFKDVTNVTFNDSNIKVNNDIMELKPAVCVTNMVEVGSQGQNGKIIATEDMNKQSIMELREITSQLSIKVDSSYDDQEILDIDSKHKDPQMCSLYAAELYNNLRVTELKWRPSADYMQTVQRDISHEMRGILIDWLVELLLLIVVYLKCTLKNKDFNYLELPACSLP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G026830`
TK1151 ID	TkA01G026830
OH-1004 ID	LXL04_008519
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	33.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.072 / OH-1004 49.888 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G026830

位置 Chr01:6943831-6945930 (-)

描述 Similar to CYCA2-1: Cyclin-A2-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25380`	可能负向调控内循环，并作为内倍体复制中倍性水平的调节因子。	暂无已核实直接文献
`At5g11300`	细胞周期蛋白A2-2。	暂无已核实直接文献
`At1g80370`	细胞周期蛋白A2-4。	暂无已核实直接文献
`At1g15570`	负向调控内循环，并作为内复制中的倍性水平调控因子。	暂无已核实直接文献
`At1g44110`	细胞周期蛋白A1-1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008519 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0010374 stomatal complex development 生物过程

GO:0010389 regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0010444 guard mother cell differentiation 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0044839 cell cycle G2/M phase transition 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:2000123 positive regulation of stomatal complex development 生物过程

GO:0000307 cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15570

ath:AT1G80370

ath:AT5G11300

ath:AT5G25380

dosa:Os12g0502300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.694

排名 1 · TkA01G026830 · TK1151

细胞质0.285

排名 2 · TkA01G026830 · TK1151

细胞膜0.063

排名 3 · TkA01G026830 · TK1151

线粒体0.043

排名 4 · TkA01G026830 · TK1151

内质网0.042

排名 5 · TkA01G026830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00134Cyclin_N150-165 aa

PF00134Cyclin_N183-223 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G026830	`PF00134`	Cyclin_N	150	165	3.9e-07	30.5
TkA01G026830	`PF00134`	Cyclin_N	183	223	3.9e-07	30.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39071`	拟南芥	sp\|Q39071\|CCA21_ARATH Cyclin-A2-1	37.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q147G5`	拟南芥	sp\|Q147G5\|CCA22_ARATH Cyclin-A2-2	34.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C968`	拟南芥	sp\|Q9C968\|CCA24_ARATH Cyclin-A2-4	32.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q38819`	拟南芥	sp\|Q38819\|CCA23_ARATH Cyclin-A2-3	51.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C6Y3`	拟南芥	sp\|Q9C6Y3\|CCA11_ARATH Cyclin-A1-1	50.000%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情