TkA01G022800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G022800

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 5838876-5843020 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2805 bp · TkA01G022800|TK1151|cDNA

CTTCCCTTCAATCTTCACTCTTCGGTTCACGTTCTAATTTCTAACCTAGCCCTAACTTTCTAACCTAGCGAGTAGCGACTGCCGACCTCCAATCCTCCATGGCGCCATCACTCCTTCAGGCTTAGTCGACCAGCGATCGCCGATCGTCACTCCTCAGGCCTCAGTCCCTCACCGTCGACCAGACGATCCTTTTTACTTGTGATTCTGTAAAACGCTGCCTCATCTCCTTCGTTCTTCTCCAAAACTCTCATCTGCGCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1440 bp · TkA01G022800|TK1151|CDS

ATGCCGTCAATCGGCGGCGTTAGATCGTCACCTGAGAAACGGCGGCTGAGATCTAATTCAGATTTGGTGGATGATACAGTTATCAGTACTCCATCCAAGCCATGCTTCCCGCTGAAAACCAAATCTCCTCGTCGTTGTTGCGATGACAGTCCCAACAGAAGGCGAACAAATGTGAATGAAACAGTTGCTATTGATAATATACCTAAAATGAGGAAATCCCCAAAGAAAAAACCGATCTGGAATCCAACAGATTCGGAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

479 aa · TkA01G022800|TK1151|PROTEIN

MPSIGGVRSSPEKRRLRSNSDLVDDTVISTPSKPCFPLKTKSPRRCCDDSPNRRRTNVNETVAIDNIPKMRKSPKKKPIWNPTDSEQLSAVKEALHVSTAPSMPVCREVEQKRIVEFCRQCVEQDKAGSLYVCGCPGTGKSLSMENVNKSLAVWAKETGGELPQVLTINCTSLSTTSEIFNKILENSQPHKKVNNRSTPLRQIQQLYSQKQQSTGTKMMLVIADELDYLITKDRVVLHDLFMLTTLPFSKLILIGIANAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G022800`
TK1151 ID	TkA01G022800
OH-1004 ID	LXL04_005710
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G022800

位置 Chr01:5838876-5843020 (-)

描述 Similar to CDC6B: Cell division control protein 6 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07270`	可能参与DNA复制的起始。	暂无已核实直接文献
`At2g29680`	可能参与DNA复制的起始。	Expression and stability of Arabidopsis CDC6 are associated with endoreplication.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010329

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0856000`	可能参与DNA复制的起始。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000079 regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0007089 traversing start control point of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0030071 regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

GO:0032467 positive regulation of cytokinesis 生物过程

GO:0033314 mitotic DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045737 positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0048146 positive regulation of fibroblast proliferation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07270

ath:AT2G29680

dosa:Os01g0856000

hsa:990

mmu:23834

osa:4324832

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.888

排名 1 · TkA01G022800 · TK1151

细胞质0.150

排名 2 · TkA01G022800 · TK1151

线粒体0.033

排名 3 · TkA01G022800 · TK1151

细胞膜0.020

排名 4 · TkA01G022800 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA01G022800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12499DUF370729-122 aa

PF05673DUF81580-185 aa

PF13191AAA_16105-186 aa

PF05970PIF1109-151 aa

PF00931NB-ARC120-209 aa

PF25201nSTAND6125-206 aa

PF13401AAA_22126-245 aa

PF13245AAA_19127-229 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G022800	`PF12499`	DUF3707	29	122	0.36	12.0
TkA01G022800	`PF05673`	DUF815	80	185	0.28	11.0
TkA01G022800	`PF13191`	AAA_16	105	186	8.3e-05	23.9
TkA01G022800	`PF05970`	PIF1	109	151	0.041	14.2
TkA01G022800	`PF00931`	NB-ARC	120	209	0.011	16.0
TkA01G022800	`PF25201`	nSTAND6	125	206	0.054	14.2
TkA01G022800	`PF13401`	AAA_22	126	245	2.1e-13	51.4
TkA01G022800	`PF13245`	AAA_19	127	229	0.027	15.4
TkA01G022800	`PF00004`	AAA	131	267	0.00084	20.5
TkA01G022800	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	132	231	0.16	11.9
TkA01G022800	`PF22606`	Cdc6-ORC-like_ATPase_lid	285	342	2.3e-10	40.9
TkA01G022800	`PF22703`	Cdc6_lid	292	337	0.00082	19.9
TkA01G022800	`PF17872`	AAA_lid_10	307	340	2.9e-05	24.9
TkA01G022800	`PF13401`	AAA_22	327	381	2.1e-13	51.4
TkA01G022800	`PF13191`	AAA_16	333	347	8.3e-05	23.9
TkA01G022800	`PF09079`	WHD_Cdc6	375	466	1.9e-22	79.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W032`	拟南芥	sp\|Q8W032\|CDC6B_ARATH DNA replication factor CDC6B	58.000%	Swiss-Prot	高置信
`O82387`	拟南芥	sp\|O82387\|CDC6A_ARATH DNA replication factor CDC6	54.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q5N897`	水稻	sp\|Q5N897\|CDC6_ORYSJ DNA replication factor CDC6	60.500%	Swiss-Prot	高置信

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