TkA01G015610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G015610

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 4000530-4004136 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1346 bp · TkA01G015610|TK1151|cDNA

AAGCAGTACTATTTTGGTTTTTTTCTATTTAATTTGTTTTACCAACTAATGCCTTGAAACAGGACAATAACATTAAAAAGACTGTAGGATTTTGGCTATAAAGCTTAGCTCCATATCATATTGCTTAAAATTAAATACCTCATTCTCCTTCTCATGGTAGAGGCTGCAATGGAATTCCGATTCAACTTGGATTCTCACACAATTACAAATGTTGATAAGGTTTCCATTTTAAATGCTAACCCTTTATTACTGGAATCGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

603 bp · TkA01G015610|TK1151|CDS

ATGGTAGAGGCTGCAATGGAATTCCGATTCAACTTGGATTCTCACACAATTACAAATGTTGATAAGGTTTCCATTTTAAATGCTAACCCTTTATTACTGGAATCGGTGGTCTCGGAAGGTGTATGCACTGTTCACAATCAGCCGGCTAAATGTAAGCCACTAAAAGAAGCCGACAAGGCAGCATCACTTCCATGTTCTTCCGCTTCTGCGCTGTTTCTTGATCTAGAAATGGCTCATCTATACAAGAGTAGACTCCAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

200 aa · TkA01G015610|TK1151|PROTEIN

MVEAAMEFRFNLDSHTITNVDKVSILNANPLLLESVVSEGVCTVHNQPAKCKPLKEADKAASLPCSSASALFLDLEMAHLYKSRLQNHVQKKNIAFPVYTCEMQGPSHSRLFKARVTIDGATFKGLEFCSTLKDAEHAAAKVAFMALSPDGTQEDDSLYKSLLQEHAQKKGLPLPVYPTNRTGQPHIPSFASTVEIAVTR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G015610`
TK1151 ID	TkA01G015610
OH-1004 ID	LXL04_033551
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 60.000 / OH-1004 93.750 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G015610

位置 Chr01:4000530-4004136 (-)

描述 Similar to DBR4: Double-stranded RNA-binding protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g41070`	结合双链RNA。	Specific interactions between Dicer-like proteins and HYL1/DRB-family dsRNA-binding proteins in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1007/s11103-004-6853-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0508500`	结合双链RNA。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033551 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程

GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003725 double-stranded RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28380

ath:AT3G26932

ath:AT3G62800

dosa:Os05g0150400

dosa:Os09g0508500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.627

排名 1 · TkA01G015610 · TK1151

细胞质0.450

排名 2 · TkA01G015610 · TK1151

细胞膜0.059

排名 3 · TkA01G015610 · TK1151

内质网0.058

排名 4 · TkA01G015610 · TK1151

线粒体0.040

排名 5 · TkA01G015610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14709DND1_DSRM39-62 aa

PF00035dsrm50-62 aa

PF00035dsrm81-144 aa

PF14709DND1_DSRM83-147 aa

PF14954LIX1104-145 aa

PF00035dsrm159-196 aa

PF14709DND1_DSRM160-196 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G015610	`PF14709`	DND1_DSRM	39	62	6.8e-08	33.4
TkA01G015610	`PF00035`	dsrm	50	62	1.5e-19	71.0
TkA01G015610	`PF00035`	dsrm	81	144	1.5e-19	71.0
TkA01G015610	`PF14709`	DND1_DSRM	83	147	6.8e-08	33.4
TkA01G015610	`PF14954`	LIX1	104	145	0.0074	16.4
TkA01G015610	`PF00035`	dsrm	159	196	1.5e-19	71.0
TkA01G015610	`PF14709`	DND1_DSRM	160	196	6.8e-08	33.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GY79`	拟南芥	sp\|Q8GY79\|DRB5_ARATH Double-stranded RNA-binding protein 5	42.100%	Swiss-Prot	中等置信
`B7E321`	水稻	sp\|B7E321\|DRB5_ORYSJ Double-stranded RNA-binding protein 5	46.000%	Swiss-Prot	中等置信

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