TkA01G010080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G010080

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 2742485-2743024 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

540 bp · TkA01G010080|TK1151|cDNA

TATCAGCAAAATATTTCAGATTATCACACCAGCGTATCATTGTGCTCAAAAGATTCAACCCGTTTGTTCTCTGTTTACGGTCCGCCTTGCAAACGCCAACGAATCAGCGATTCATATGTTCTCTTCTTCGAAGAGGACCAAAACCCATCGATCGAAGTTCTTCCTCATGAATGCATTTACGAAATCCTCCGGCGTTTGCCCGGCGGTCAATCCCGGAACGCCTCTGCCTGTGTTTCAAAGCGTTGGCTCACAGTTCTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

540 bp · TkA01G010080|TK1151|CDS

TATCAGCAAAATATTTCAGATTATCACACCAGCGTATCATTGTGCTCAAAAGATTCAACCCGTTTGTTCTCTGTTTACGGTCCGCCTTGCAAACGCCAACGAATCAGCGATTCATATGTTCTCTTCTTCGAAGAGGACCAAAACCCATCGATCGAAGTTCTTCCTCATGAATGCATTTACGAAATCCTCCGGCGTTTGCCCGGCGGTCAATCCCGGAACGCCTCTGCCTGTGTTTCAAAGCGTTGGCTCACAGTTCTAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

179 aa · TkA01G010080|TK1151|PROTEIN

YQQNISDYHTSVSLCSKDSTRLFSVYGPPCKRQRISDSYVLFFEEDQNPSIEVLPHECIYEILRRLPGGQSRNASACVSKRWLTVLSNIRTFEIDNVSSTDVEMISPENDGFLTRCLEGKKATDGRLAAIAVGTSACGGLGKLSIRATNKVTKTGFTAIARGCPSLKVLSLCNLPSIED

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G010080`
TK1151 ID	TkA01G010080
OH-1004 ID	LXL04_032368
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	43.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.089 / OH-1004 29.174 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G010080

位置 Chr01:2742485-2743024 (-)

描述 Similar to EBF1: EIN3-binding F-box protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25350`	SCF(EBF1)型E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白（可能包括EIN3和EIL1）的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	EIN3-dependent regulation of plant ethylene hormone signaling by two arabidopsis F box proteins: EBF1 and EBF2.2003 · DOI: 10.1016/s0092-8674(03)00968-1
`At2g25490`	SCF(EBF1)型E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白（可能包括EIN3和EIL1）的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	EIN3-dependent regulation of plant ethylene hormone signaling by two arabidopsis F box proteins: EBF1 and EBF2.2003 · DOI: 10.1016/s0092-8674(03)00968-1

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032368 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010105 negative regulation of ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25490

ath:AT4G15475

ath:AT5G25350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.858

排名 1 · TkA01G010080 · TK1151

细胞质0.128

排名 2 · TkA01G010080 · TK1151

质体0.044

排名 3 · TkA01G010080 · TK1151

细胞膜0.043

排名 4 · TkA01G010080 · TK1151

内质网0.029

排名 5 · TkA01G010080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box11-17 aa

PF12937F-box-like51-87 aa

PF00646F-box54-88 aa

PF19729LRR_FBXL1872-121 aa

PF19729LRR_FBXL18151-177 aa

PF00646F-box171-174 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G010080	`PF00646`	F-box	11	17	0.00037	21.0
TkA01G010080	`PF12937`	F-box-like	51	87	0.0012	19.3
TkA01G010080	`PF00646`	F-box	54	88	0.00037	21.0
TkA01G010080	`PF19729`	LRR_FBXL18	72	121	0.18	11.0
TkA01G010080	`PF19729`	LRR_FBXL18	151	177	0.18	11.0
TkA01G010080	`PF00646`	F-box	171	174	0.00037	21.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q708Y0`	拟南芥	sp\|Q708Y0\|EBF2_ARATH EIN3-binding F-box protein 2	58.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SKK0`	拟南芥	sp\|Q9SKK0\|EBF1_ARATH EIN3-binding F-box protein 1	50.600%	Swiss-Prot	高置信

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