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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G009140
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 2464985-2469948 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4444 bp · TkA01G009140|TK1151|cDNA

ATTTTGAACGCTGACTTGTTACCACCACGCACATCACACACACAATTTGCCATAAAATTGACAAAGTCTGATTTGGAACACGGTTTTGCCCCCAATTTGCCATTGACAAATACCAATAGTTGAACTCCGGTCTCTACAGGGATCTGTCGGCGAAATTCAGTCCACACGTTAACCTCGTTTGCAACACCGCCACCATAAAAGCATGATGCTAATGCTACACGAGGACTGAGGACTGAGGAGCTGCTCGATTCCATCTGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

2466 bp · TkA01G009140|TK1151|CDS

ATGAAAGCGGTTCATGATTTCTTTGCTGATAAATTTTATGAAAAATGGCCCACACGTCCTAAACTCATTAACCCCCTCTTCAAGAAGCTAAACGACAACCAAAGGGAATCATTACACACGCCATTCACAATGGATGAAATGAAACAAGCGGTGTGGAATTGCGGTGGAGATAAAGCACCGGGACCAGACGGATACACTTTCAAAATCCTAAAAAACAAGTGGGAAATCATAAAACAAGATATATTTCGTGCGGTTAAGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

821 aa · TkA01G009140|TK1151|PROTEIN

MKAVHDFFADKFYEKWPTRPKLINPLFKKLNDNQRESLHTPFTMDEMKQAVWNCGGDKAPGPDGYTFKILKNKWEIIKQDIFRAVKHFETRGSIAKGCNSSFITLIPKVKDPLDLGDYRPINLIGCVYKVIAKILATRLKLVVGHVIDEVQSAYIKNRNILDGPLVINEICSWAKTAKEKIFMLKIDFEKAFDSVNWSYLDSIMEQMGFSSQWRKWIYGCLSSSKASILVNGVPTQEFSITKGVRQGDPLSSFLFILAME...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G009140
TK1151 IDTkA01G009140
OH-1004 IDLXL04_014455
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)48.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.026 / OH-1004 40.528
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G009140
位置Chr01:2464985-2469948 (-)
描述Similar to Os01g0810000: Probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g55630 电压无关、大电导和钾选择性液泡膜离子通道。
TPK1 is a vacuolar ion channel different from the slow-vacuolar cation channel.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.065599
TPK1, a Ca(2+)-regulated Arabidopsis vacuole two-pore K(+) channel is activated by 14-3-3 proteins.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03255.x
At1g02510 电压无关、瞬间激活、钾选择性的质膜离子通道。 暂无已核实直接文献
At4g01840 可能的电压非依赖性钾选择性液泡膜离子通道。 暂无已核实直接文献
UniProt: P92555 未表征的线粒体蛋白 AtMg01250。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0752300 高选择性内向整流钾通道，专门位于大液泡的液泡膜中。
Rice two-pore K+ channels are expressed in different types of vacuoles.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081463
Os07g0108800 高选择性内向整流钾通道，特异性位于蛋白贮藏液泡的液泡膜上。
Rice two-pore K+ channels are expressed in different types of vacuoles.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081463
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014455 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006310 DNA recombination 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0009561 megagametogenesis 生物过程
GO:0032197 retrotransposition 生物过程
GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003824 catalytic activity 分子功能
GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能
GO:0009036 type II site-specific deoxyribonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G60360
dosa:Os01g0810000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.663
排名 1 · TkA01G009140 · TK1151
细胞核0.276
排名 2 · TkA01G009140 · TK1151
细胞膜0.136
排名 3 · TkA01G009140 · TK1151
溶酶体／液泡0.030
排名 4 · TkA01G009140 · TK1151
线粒体0.029
排名 5 · TkA01G009140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04574DUF592104-153 aa
PF00078RVT_1107-364 aa
PF13966zf-RVT537-584 aa
PF13966zf-RVT636-718 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G009140PF04574DUF5921041530.1712.4
TkA01G009140PF00078RVT_11073647.5e-33114.8
TkA01G009140PF13966zf-RVT5375841.3e-1558.6
TkA01G009140PF13966zf-RVT6367181.3e-1558.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LBL1拟南芥sp|Q8LBL1|KCO1_ARATH Two-pore potassium channel 160.800%Swiss-Prot高置信
Q9FWX6拟南芥sp|Q9FWX6|KCO4_ARATH Two-pore potassium channel 432.700%Swiss-Prot中等置信
Q9S6Z8拟南芥sp|Q9S6Z8|KCO5_ARATH Two-pore potassium channel 534.200%Swiss-Prot中等置信
P92555拟南芥sp|P92555|M1250_ARATH Uncharacterized mitochondrial protein AtMg0125038.400%Swiss-Prot低置信
Q850M0水稻sp|Q850M0|KCO1_ORYSJ Two pore potassium channel a54.200%Swiss-Prot高置信
Q8LIN5水稻sp|Q8LIN5|KCO2_ORYSJ Two pore potassium channel b52.500%Swiss-Prot高置信

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