TkA01G006560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G006560

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 1696424-1701298 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1958 bp · TkA01G006560|TK1151|cDNA

ACCATTTTGTAGTTTACTCTAAAACTCAGGAAATTGGCAGTAATAAAATGACGAAAAACTTATTTTCTATAAATACCAGAGATGCTCCTGCTTTATTGTCTCTATTCACCATTTTTGGCTTCTTTCTCTTTCTCTCTCCCTCTCGGTCGTATTTGAATATATATGCTACAACCACCTGCAACTGTGCCGGGAGACAGCGCCATTCCAACCCCTTCCTTCTGCCAGACTTGTCAACAATCAAACCGTACTAATTTCCATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

888 bp · TkA01G006560|TK1151|CDS

ATGCTGACGTGTATAACGTGCTCAAAGCAGCAGGTAGACGATGGAGGCGAGGAAGTGGGGGCGCGTGGGACACCCGCCACCAAAGACGCCGTCAAAAATCTCACTACACAGATGAAGGACATGGCGTTAAAAGTTTCCGGTTCTTCAAAAGGAAAACCACCCACCGGTCCAAGCAACAAAAACTACTACAAACCCTACACGGACTTCGACGCAATATCTAAATCCATAAAGTATCCCGAAAGTTCAACTTCAGTCCCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

295 aa · TkA01G006560|TK1151|PROTEIN

MLTCITCSKQQVDDGGEEVGARGTPATKDAVKNLTTQMKDMALKVSGSSKGKPPTGPSNKNYYKPYTDFDAISKSIKYPESSTSVPPVWDFNSNNGGYEPPRQSGHLVLDDDDDPIEWMAQVEPGVQITFVSLPNGGNDLKRIRFNREMFDKWQAQRWWGENYDRIMELYNVQRFNCQALETPSRSEDGGRESCYSKVGSVKESPMMRNHNSYYNAGDASRTTTSSRDEVSVSNASDVDSEWIEEDEPGVYITIRQLVDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G006560`
TK1151 ID	TkA01G006560
OH-1004 ID	LXL04_005929
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G006560

位置 Chr01:1696424-1701298 (-)

描述 Similar to BRX: Protein BREVIS RADIX

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35600`	可能作为根部细胞增殖和伸长的调节剂。	Characterization of the plant-specific BREVIS RADIX gene family reveals limited genetic redundancy despite high sequence conservation.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.075382
`At1g31880`	作为调节根和茎中细胞增殖及伸长的调控因子。	暂无已核实直接文献
`At1g54180`	蛋白质 Brevis radix 样 3。	暂无已核实直接文献
`At3g14000`	蛋白质Brevis radix样2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0700700`	蛋白质Brevis radix样2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005929 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010088 phloem development 生物过程

GO:0010315 auxin export across the plasma membrane 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0048756 sieve cell differentiation 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31880

ath:AT1G54180

ath:AT2G35600

ath:AT3G14000

dosa:Os02g0700700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.353

排名 1 · TkA01G006560 · TK1151

细胞核0.319

排名 2 · TkA01G006560 · TK1151

细胞膜0.302

排名 3 · TkA01G006560 · TK1151

质体0.192

排名 4 · TkA01G006560 · TK1151

内质网0.045

排名 5 · TkA01G006560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13713BRX_N24-47 aa

PF08381BRX117-170 aa

PF08381BRX240-294 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G006560	`PF13713`	BRX_N	24	47	6.5e-08	32.9
TkA01G006560	`PF08381`	BRX	117	170	2.4e-52	174.9
TkA01G006560	`PF08381`	BRX	240	294	2.4e-52	174.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82281`	拟南芥	sp\|O82281\|BRXL1_ARATH Protein Brevis radix-like 1	58.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q17TI5`	拟南芥	sp\|Q17TI5\|BRX_ARATH Protein BREVIS RADIX	55.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q5HZ09`	拟南芥	sp\|Q5HZ09\|BRXL3_ARATH Protein Brevis radix-like 3	48.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GYL9`	拟南芥	sp\|Q8GYL9\|BRXL2_ARATH Protein Brevis radix-like 2	43.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6ZIK7`	水稻	sp\|Q6ZIK7\|BRXL2_ORYSJ Protein Brevis radix-like 2	41.000%	Swiss-Prot	中等置信

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