基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA01G006290
当前版本: TK1151
染色体: Chr01
坐标: 1619695-1627268
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2784 bp · TkA01G006290|TK1151|cDNA
CAATCATAACTATCGGACTCTTTGATGCAATAAACTATAATACCAATTCCATGAAATTAAACCAGACCGTAACTTTCACTTAATAAATGGAGGCAAACATGGAGCCTCGAAATCACCAAGAACCCATCGTGTATATCGCATCATGGTTCTTAACCTTCACACCTGTTTTCTTTCCGATTCTCTCCTCCCAATCCCATACACGAATACCACATCTCTCTTTCTCTCACTACATCTCCACGGCCTCCTTGCATGAGTTTGTA...
CDS
下载 CDS FASTA1962 bp · TkA01G006290|TK1151|CDS
ATGTCATCTGAATCAGCTCCAAAAACAATACTAATCACTGGTGCAGCCGGATTCATAGCCTCCCATGTAACCAAACGTCTTGTGTCAAACTACCCAAATTACAAAATTGTCGCTCTTGACAAGCTTAGTTATTGCTCAAGCCTCAAGAATCTTCAGCCATGTTTCGCATCTTCAAGATTCAAGTTTGTCAAGGCGGATATCGCAAGTTCGGATCTCATCAACTACCTATTGGATGCAGAAGAAATCGACACGATTATGCA...
653 aa · TkA01G006290|TK1151|PROTEIN
MSSESAPKTILITGAAGFIASHVTKRLVSNYPNYKIVALDKLSYCSSLKNLQPCFASSRFKFVKADIASSDLINYLLDAEEIDTIMHFAAETHVDNSFGNSFEFTTNNIYGTHVLLEACKVTRRINRFIHVSTDEVYGESDLETDIGNPEASQLLPTNPYSATKAGAEMLVMAYHRSYGLPIITTRGNNVYGPNQFPEKLIPKFVLLAMRGDPLPIHGNGSNVRSYLFCADVAEAFDVILHKGVIGHVYNIGTKKERSVV...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA01G006290 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA01G006290 |
| OH-1004 ID | LXL04_005936 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Strict |
| 蛋白一致性 (%) | 99.400 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA01G006290 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:1619695-1627268 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to RHM1: Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM1 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009225 nucleotide-sugar metabolic process 生物过程 GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程 GO:0010214 seed coat development 生物过程 GO:0010253 UDP-rhamnose biosynthetic process 生物过程 GO:0010315 auxin export across the plasma membrane 生物过程 GO:0019300 rhamnose biosynthetic process 生物过程 GO:0019305 dTDP-rhamnose biosynthetic process 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0051555 flavonol biosynthetic process 生物过程 GO:0071555 cell wall organization 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G53500 ath:AT1G63000 ath:AT1G78570 ath:AT3G14790 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.627
细胞核0.274
过氧化物酶体0.125
线粒体0.124
细胞膜0.051
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00106adh_short8-76 aaPF04321RmlD_sub_bind9-318 aaPF08659KR9-89 aaPF01370Epimerase10-252 aaPF02719Polysacc_synt_210-281 aaPF16363GDP_Man_Dehyd11-315 aaPF010733Beta_HSD11-235 aaPF07993NAD_binding_412-192 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA01G006290 | PF00106 | adh_short | 8 | 76 | 0.00012 | 22.4 |
| TkA01G006290 | PF04321 | RmlD_sub_bind | 9 | 318 | 2.9e-29 | 102.8 |
| TkA01G006290 | PF08659 | KR | 9 | 89 | 0.37 | 11.4 |
| TkA01G006290 | PF01370 | Epimerase | 10 | 252 | 8.9e-68 | 229.0 |
| TkA01G006290 | PF02719 | Polysacc_synt_2 | 10 | 281 | 6.5e-27 | 95.2 |
| TkA01G006290 | PF16363 | GDP_Man_Dehyd | 11 | 315 | 4.9e-70 | 237.3 |
| TkA01G006290 | PF01073 | 3Beta_HSD | 11 | 235 | 1.6e-23 | 83.9 |
| TkA01G006290 | PF07993 | NAD_binding_4 | 12 | 192 | 1.2e-22 | 81.1 |
| TkA01G006290 | PF13460 | NAD_binding_10 | 14 | 168 | 0.1 | 13.1 |
| TkA01G006290 | PF00106 | adh_short | 158 | 178 | 0.00012 | 22.4 |
| TkA01G006290 | PF04321 | RmlD_sub_bind | 369 | 527 | 2.9e-29 | 102.8 |
| TkA01G006290 | PF16363 | GDP_Man_Dehyd | 398 | 533 | 4.9e-70 | 237.3 |
| TkA01G006290 | PF01370 | Epimerase | 399 | 521 | 8.9e-68 | 229.0 |
| TkA01G006290 | PF02719 | Polysacc_synt_2 | 399 | 462 | 6.5e-27 | 95.2 |
| TkA01G006290 | PF08659 | KR | 417 | 460 | 0.37 | 11.4 |
| TkA01G006290 | PF00106 | adh_short | 419 | 456 | 0.00012 | 22.4 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9LH76 | 拟南芥 | sp|Q9LH76|RHM3_ARATH Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM3 | 72.800% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q9LPG6 | 拟南芥 | sp|Q9LPG6|RHM2_ARATH Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM2 | 72.700% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q9SYM5 | 拟南芥 | sp|Q9SYM5|RHM1_ARATH Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM1 | 73.200% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q9LQ04 | 拟南芥 | sp|Q9LQ04|RMLCD_ARATH Bifunctional dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase/dTDP-4-dehydrorhamnose reductase | 72.700% | Swiss-Prot | 低置信 |
Q9C778 | 拟南芥 | sp|Q9C778|ELP4_ARATH Elongator complex protein 4 | 62.700% | Swiss-Prot | 高置信 |